| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1628277 | 95 (0.990) | 2 (0.020) | 4/248 | NT | 2.1% | intergenic (+14/‑75) | ydfG/rspR | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase/transcriptional repressor for rspAB |
| ? | NC_000913 | = 1628283 | 95 (1.040) | intergenic (+20/‑69) | ydfG/rspR | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase/transcriptional repressor for rspAB | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GTTGCATTGACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACA > NC_000913/1628129‑1628424 | gTTGCATTGACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC > 3:637630‑M1/1‑149 (MQ=255) cATTGACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTaa < 3:312788/149‑1 (MQ=255) aTTGACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTaa < 2:550014/148‑1 (MQ=255) aTTGACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTaa > 1:550014/1‑148 (MQ=255) cGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTgccg > 1:67588‑M2/1‑145 (MQ=255) agcCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGGCAACGCTGCCTGCCCACCTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTgccg > 4:114718‑M2/2‑145 (MQ=255) ccAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTgccggg > 2:258959‑M2/1‑143 (MQ=255) aagaTGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTAt < 2:65378/149‑1 (MQ=255) gTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCtt > 3:809348/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTc > 4:62431/1‑149 (MQ=255) cGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACaaaaaa < 1:555971/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTGTCCACGCTGCCTGCTCACGTCCATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTCCTTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAATAAGTg > 4:382208/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTg < 1:818690/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTg < 1:287037/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTg < 1:507716/149‑1 (MQ=255) gtgggtgTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTa > 1:150349/1‑149 (MQ=255) gggtgTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGa > 3:383390/1‑149 (MQ=255) gggtgTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGa < 3:831355/149‑1 (MQ=255) 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aCCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATcagca > 2:50737/1‑146 (MQ=255) aCCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGAt > 4:5261/1‑149 (MQ=255) ccGTCAGTAATTTTTATACCCGGCgtaactgccgggtataaaaattactgacggtggacattcagtccggcatagctttgggtaaccggcatcatttccagggtattgatattgacgtgagca > 2:616384‑M1/1‑24 (MQ=255) ccGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGAtt > 2:233382/1‑149 (MQ=255) cAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATc < 4:7351/149‑1 (MQ=255) aGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCg < 3:573543/149‑1 (MQ=255) gTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGt > 4:202399/1‑149 (MQ=255) gTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGt > 1:631620/1‑149 (MQ=255) gTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGt > 2:650382/1‑149 (MQ=255) tttttATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATACAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTAttc > 3:306958/1‑149 (MQ=255) ttttATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTAttct > 4:770848/1‑149 (MQ=255) tttATACCCGGCgtaactgccgggtataaaaattactgacggtggacattcagtccgg < 1:361243‑M1/58‑47 (MQ=255) tttATACCCGGCgtaactgccgggtataaaaattactgacggtggacattcagtccgg > 2:361243‑M1/1‑12 (MQ=255) ttATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATcc > 1:201290/1‑111 (MQ=255) ttATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATcc < 2:201290/111‑1 (MQ=255) taCCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACGAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTtcgtc < 1:82705/149‑1 (MQ=255) cccGGCagttacgccgggtataaaaattactgacggtggacattcagtccggcatagctttgggtaaccggcatcatttccagggtattgatattgacgtgagcaggcagcgttgacacccaccagacggcttcgctgacatcttctgg > 2:258959‑M1/1‑6 (MQ=255) cGGCagttacgccgggtataaaaattactgacggtggacattcagtccggcatagctttgggtaaccggcatcatttccagggtattgatattgaggtgggcaggcagcgttgccacccaccagacggcttcgctgacatcttctggct > 4:114718‑M1/1‑4 (MQ=255) cGGCagttacgccgggtataaaaattactgacggtggacattcagtccggcatagctttgggtaaccggcatcatttccagggtattgatattgacgtgagcaggcagcgttgacacccaccagacggcttcgctgacatcttctggcg > 1:67588‑M1/1‑4 (MQ=255) gCagttacgccgggtataaaaattactgacggtggacattcagtccggcatagctttgggtaaccggcatcatttccagggtattgatattgacgtgagcaggcagcgttgacacccaccagacggcttcgctgacatcttctggcgtc < 3:853986‑M1/149‑148 (MQ=255) gC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACa > 4:698553/1‑149 (MQ=255) | GTTGCATTGACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACA > NC_000913/1628129‑1628424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |