| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1628277 | 95 (0.990) | 2 (0.020) | 4/248 | NT | 2.1% | intergenic (+14/‑75) | ydfG/rspR | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase/transcriptional repressor for rspAB |
| ? | NC_000913 | = 1628283 | 95 (1.040) | intergenic (+20/‑69) | ydfG/rspR | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase/transcriptional repressor for rspAB | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACATTGTCCA > NC_000913/1628137‑1628431 | gACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTgc < 3:853986‑M2/149‑3 (MQ=255) cGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTgccg > 1:67588‑M2/1‑145 (MQ=255) agcCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGGCAACGCTGCCTGCCCACCTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTgccg > 4:114718‑M2/2‑145 (MQ=255) ccAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTgccggg > 2:258959‑M2/1‑143 (MQ=255) agaagaTGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGtt < 3:213274/149‑1 (MQ=255) aagaTGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTAt < 2:65378/149‑1 (MQ=255) gTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCtt > 3:809348/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTc > 4:62431/1‑149 (MQ=255) cGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACaaaaaa < 1:555971/149‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGGGTGGCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACaaaaaa < 4:700100/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTGTCCACGCTGCCTGCTCACGTCCATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTCCTTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAATAAGTg > 4:382208/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTg < 1:287037/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTg < 1:507716/149‑1 (MQ=255) gtgggtgTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTa > 1:150349/1‑149 (MQ=255) gggtgTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGa > 2:604001/1‑149 (MQ=255) gggtgTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGa < 3:831355/149‑1 (MQ=255) gggtgTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGa < 4:683707/149‑1 (MQ=255) tCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCAt < 2:441733/149‑1 (MQ=255) 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2:616384‑M2/1‑100 (MQ=255) tgcTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAactc > 4:573543/1‑149 (MQ=255) gcTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAactca > 1:104353/1‑149 (MQ=255) gcTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAactca < 2:243480/149‑1 (MQ=255) gcTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAactca < 4:29442/149‑1 (MQ=255) tCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAactcact > 3:255977/1‑149 (MQ=255) aCGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAActcactca > 2:409090/1‑149 (MQ=255) cGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACtcactcac < 3:701250/149‑1 (MQ=255) gTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTca < 2:158501/111‑1 (MQ=255) gTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTca > 1:158501/1‑111 (MQ=255) gTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCAt > 1:546751/1‑131 (MQ=255) gTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCAt < 2:546751/131‑1 (MQ=255) 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aCCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGAt > 4:5261/1‑149 (MQ=255) ccGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGAtt > 2:233382/1‑149 (MQ=255) cAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATc < 4:7351/149‑1 (MQ=255) aGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCg < 3:573543/149‑1 (MQ=255) gTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGt > 4:202399/1‑149 (MQ=255) gTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGt > 1:631620/1‑149 (MQ=255) tttttATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATACAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTAttc > 3:306958/1‑149 (MQ=255) ttttATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTAttct > 4:770848/1‑149 (MQ=255) ttATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATcc > 1:201290/1‑111 (MQ=255) ttATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATcc < 2:201290/111‑1 (MQ=255) taCCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACGAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTtcgtc < 1:82705/149‑1 (MQ=255) gC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACa > 4:698553/1‑149 (MQ=255) gTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACAtt > 4:79637/1‑149 (MQ=255) aaCTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACATTGt > 1:792871/1‑149 (MQ=255) cTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACATTGTcc < 4:355895/149‑1 (MQ=255) tGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACATTGTCCa < 2:631620/149‑1 (MQ=255) | GACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGC‑GTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACATTGTCCA > NC_000913/1628137‑1628431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |