| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3854888 | 131 (0.790) | 3 (0.020) | 3/496 | 15.5 | 2.4% | coding (967/1185 nt) | emrD | multidrug efflux system protein |
| ? | NC_000913 | = 3854930 | 116 (0.720) | coding (1009/1185 nt) | emrD | multidrug efflux system protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AGTATTTTGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCA‑TCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAAT > NC_000913/3854657‑3855202 | aGTATTTTGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGCTGAATGTCTGGACGCTGCCCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGCGCTGTGGAGCCGCTCCCCTTCCTGTCGGGCACGGCTGgcgc > 3:96643/1‑275 (MQ=255)aGTATTTTGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGGTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCCGGCTTGCTGATGTGGATCCCTGACCGGCTTGGCGTGATGAACGTCTGGACGCTGCTCGGTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTTGGTTCCGGGATTCTGTTTCCGCCGGGTACCAGCGGCTCGATGCAGCCGTTCCCCTTCCTTGCCGGATTGGCTGgcgc > 3:740070/1‑275 (MQ=255) ttGTTTATTCTGCCGATTCTGGCAGCGTTTTTTGGCGCAGGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATTTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcgg < 2:155151/278‑1 (MQ=255) aTTCTGCTGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGCTGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGTTGGATCCCTTCCTCTTCCTGGCGGGCCCGGCTGGCGCGCCGCTCGGCGGGCt > 2:202604/1‑278 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGCTGGAGGTGTTTCCCTGCCGTGCGGGGCCGGCTGGTGGCCCGGTCGGCGGtgt > 2:554665/1‑276 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTTGGCGGTCt > 2:564686/1‑278 (MQ=255) atCTGCCGTGTCCGGCAGCGTTTGTGGGCGTATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTCCGCCACGGTAAGGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGt < 1:153890/274‑1 (MQ=255) gcctgttagcgccgCGTTTTTTGGGGCAGGGGTTTCTGGTGGTCCCAATATACGGTTTTTCCCGTTAATTGGGCAGTCGGTTTTCTGCTGCCTGCTGGCTGGGTTGCTGATGTGGAGCCCCGACTGGTTTGGCGGGATGAATGGCTGGGCGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCaaa < 4:578737/265‑1 (MQ=255) cATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCACCGTTAATGTGGCAGGCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCg < 1:96643/275‑1 (MQ=255) cttgTTGGCCGGACGTCCCCATAACCGCTTATCCACGTTAATGTGGCGGTGCGTTAGCTGGTGCCTTCTGGCTTGCTTGCTGATGTGGTGCCCCGACTGGTTTGGCATAATGAATGTCTGGACGCGGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTCATTTTTCGGTGCGGGGTTGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCAGCCTGGCGGGCACGGGTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCGAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCg < 3:894787/271‑1 (MQ=255) tGGTTTGCCGGCCTTCCCAATAACCGCTTTTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGct < 2:387677/278‑1 (MQ=255) gTTTGCCGGCCGTCCCAATAAACGCTTTTCCACGTTAATGGGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCg < 3:627974/274‑1 (MQ=255) gTTTCCCGGCCGTACCAATAAAGGCTTCTCCAAGTTAATGTGGCGGGCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGAATGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGctct < 2:474743/278‑1 (MQ=255) tttGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGGTGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGct < 1:894360/275‑1 (MQ=255) gTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTGTGCACAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGccctccggggt > 3:129013/1‑268 (MQ=255) tAAACGCTTCTCGACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCaaa < 2:591181/278‑1 (MQ=255) gcgctttccccggTTAATGTGCCAGTCGGTTATCTGCTGCCGGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGGGTGATGAATGTCTGTACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCaaa < 1:16498/263‑1 (MQ=255) cGCTTCTGCACGGTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTGGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGATGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCaaa < 1:601664/274‑1 (MQ=255) tctctcACGTTAATGGTGCTTGCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGACCCCCGATTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGCGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCAAACCgg < 1:290980/270‑1 (MQ=255) tctcCACGTTAATGTGGAAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCCAAACATTGGTTCCGGCTTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCACACCGGTCAg > 2:631729/1‑278 (MQ=255) ctcCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTc > 1:812177/1‑208 (MQ=255) ctcCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCCCTCT‑GCGTTGTTGCCGCAAACCGGTc > 1:592782/1‑275 (MQ=255) 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ccGTTAATGTGGCGGTCGGTTTTCTGCTGCCTGCCGGCTGGCTTGCTGATGTGGGTCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAAGGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAggg < 1:615883/274‑1 (MQ=255) aCGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAggg < 1:129013/275‑1 (MQ=255) cGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGAGGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGc > 1:259225/1‑275 (MQ=255) 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aaTGGGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTTGCTGGCTGTCTGATTTGGATCCCCGGCTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTTTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCT‑GCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGcc < 1:699681/275‑1 (MQ=255) gCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTTATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCTGCTGGCGACCAGCGGCCCGATGGAGACGTTCTCCTTCCTGGCGGGAACGGCTGGCGCGCTGGGCGGCGGTCTGCAACACATTTGTTGCGGCGTGCTGGCGTAGC‑CGCTACCGCTTTTGCCCACAACCCGTCAGTGCAGCGTggggg > 3:589450/1‑274 (MQ=255) gCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGGAAAACATTTGTTCCGGGCTGCTGGCGGCGCCCCCT‑GCGCAGTTCGCGCCAACCGGTCAGGGGCGCCTggggg > 3:398109/1‑274 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |