| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 3754890 = | NA (NA) | noncoding (31/82 nt) | REP270 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP270 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCGTCGCATCAGGCAATGAATACCCAATGCGA > NC_000913/3754761‑3754959 | gactgaaCACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTATGCGGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTTAAACGTAAATGGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATg > 2:892282/6‑100 (MQ=255)gACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATg > 2:1905566/1‑100 (MQ=255)gACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTACGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATg > 1:143952/1‑100 (MQ=255) tggggctgttctgatataagaagctggtcgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGcc > 2:676560‑M1/98‑100 (MQ=255) aaaaCACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCg < 2:1058382/100‑1 (MQ=255) gggctgttctgatataagaagctggtcgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcggcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCg < 1:892288‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaCACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCgg > 1:1181745/1‑100 (MQ=255) ggctgttctgatataagaagctggtcgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGa < 2:1523646‑M1/6‑1 (MQ=255) ggctgttctgatataagaagctggtcgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGa < 2:2154336‑M1/6‑1 (MQ=255) ggctgttctgatataagaagctggtcgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtacgcctg < 1:2432010‑M1/5‑3 (MQ=255) acacGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGAt < 1:791473/100‑1 (MQ=255) gttctgatataagaagctggtcgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtaggcatgataag > 1:2318733‑M1/91‑92 (MQ=255) cGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATgcg < 2:2965456/100‑1 (MQ=255) gCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTTTTTATGCCGGATgcgg > 2:641118/1‑100 (MQ=255) gCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATgcgg < 1:596974/100‑1 (MQ=255) ccAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTACGCTTTGTTTATGCCGGATgcggc > 1:2849716/1‑98 (MQ=255) aGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCgtg < 2:315849/99‑1 (MQ=255) gAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGGACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTa > 2:1612941/1‑100 (MQ=255) gAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTa < 1:2619419/100‑1 (MQ=255) aaaCGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTAc < 2:228529/100‑1 (MQ=255) cGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGcc < 1:2839669/100‑1 (MQ=255) 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1:1136856‑M1/74‑100 (MQ=255) tCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATcc > 2:1265666/1‑100 (MQ=255) tCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTG‑TTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCg < 2:2716063/100‑1 (MQ=255) tcgcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGc > 1:1572239‑M1/71‑100 (MQ=255) gTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGc < 1:372115/100‑1 (MQ=255) tGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATAAGGCGTACACGCCGCATCCGGcat < 2:1109260/100‑3 (MQ=25) tGGCGTAGTCTGAGTTATTGCGTACGTAGGTTTATAACGTAAATTGTAGCTAAGTTCGCTTTGTTTATGCCGGTTGTGGCGTGTACGCCTTAACCGGACt < 2:2496624/100‑1 (MQ=25) gcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGcc > 1:1497707‑M1/69‑99 (MQ=255) ggCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTa > 1:2945153/1‑100 (MQ=255) gCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAc < 1:2763644/100‑1 (MQ=255) gCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAc > 2:461949/1‑100 (MQ=255) gCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAc > 2:202540/1‑100 (MQ=255) attgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAc > 2:1333289‑M1/67‑100 (MQ=255) gaGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑gg < 2:1837186/98‑1 (MQ=255) gTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCa < 2:2056168/100‑1 (MQ=255) gTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCa < 2:2648307/100‑1 (MQ=255) gTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCa < 1:2462981/100‑1 (MQ=255) tCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAg < 2:450573/100‑1 (MQ=255) tATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑Cg < 1:1369089/100‑1 (MQ=255) tATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑Cg < 1:7614/100‑1 (MQ=255) aTTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGt < 1:1298074/100‑1 (MQ=255) aTTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATAAGGCGTGTAACCCTTATCCGGCCTAA‑GGTCACGTTcc‑‑c > 2:2438822/1‑98 (MQ=37) ttGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTa < 1:667944/100‑1 (MQ=255) ttGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTa > 1:210156/1‑100 (MQ=255) gcgcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAgg < 2:209485/100‑1 (MQ=255) gcgcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAgg < 1:2706251/100‑1 (MQ=255) cgcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGc < 1:202542/100‑1 (MQ=255) cGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGa > 1:1110389/1‑100 (MQ=255) tAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATa > 2:930354/1‑100 (MQ=255) tAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATa < 1:2890382/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |