| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 3754890 = | NA (NA) | noncoding (31/82 nt) | REP270 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP270 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGACGCGTAAGCGTCGCATCAGGCAATGAATACCCAATGCGACCAGCTTCTTATATCAGAACAGCCCCAAC > NC_000913/3754792‑3754988 | tGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTCAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCt < 2:2424489/100‑1 (MQ=255)tGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCt < 1:2782371/100‑1 (MQ=255)gcattgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGcc > 1:1497707‑M1/69‑99 (MQ=255) ggCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTa > 1:2945153/1‑100 (MQ=255) gCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAc < 1:2763644/100‑1 (MQ=255) gCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAc < 2:2756657/100‑1 (MQ=255) gCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAc > 2:202540/1‑100 (MQ=255) attgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtagGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAc > 2:1333289‑M1/67‑100 (MQ=255) tgggtattcattgcctgatgcgacgcttacgcgtcttatcatgcctacgggaacctgaccgtatGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑gg > 1:841781‑M1/65‑100 (MQ=255) gTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCa > 1:934238/1‑100 (MQ=255) tCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAg < 2:450573/100‑1 (MQ=255) tGGGTTATTTCGCACGTATGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGt < 1:639450/100‑1 (MQ=255) gggTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGtt > 1:719470/1‑100 (MQ=255) tATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑Cg < 1:1369089/100‑1 (MQ=255) aTTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGt < 1:1298074/100‑1 (MQ=255) aTTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATAAGGCGTGTAACCCTTATCCGGCCTAA‑GGTCACGTTcc‑‑c > 2:2438822/1‑98 (MQ=37) ttGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTa < 1:1448114/100‑1 (MQ=255) ttGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTa > 1:210156/1‑100 (MQ=255) tGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAg > 1:2356230/1‑100 (MQ=255) gcgcACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAgg < 1:2706251/100‑1 (MQ=255) 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tAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATa < 1:2890382/100‑1 (MQ=255) tAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATa > 2:930354/1‑100 (MQ=255) aGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATaa < 1:2380698/100‑1 (MQ=255) gTTTAAAACGTAAATTGTAATAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGa < 1:455958/100‑1 (MQ=255) gTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGa > 1:2260772/1‑100 (MQ=255) gTTTAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGa > 1:1538022/1‑100 (MQ=255) tttAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGAc < 1:2254878/100‑1 (MQ=255) ttAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGAtgcgacg > 2:974057/1‑94 (MQ=255) ttAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGAcg < 2:1211643/100‑1 (MQ=255) ttAAAACGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGAcg < 2:1699607/100‑1 (MQ=255) aaaaCGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGAcgcg > 2:2966614/1‑100 (MQ=255) aaaaCGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGAcgcg > 2:2939445/1‑100 (MQ=255) aaaCGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGACGCGt < 1:940950/100‑1 (MQ=255) cGTAAATTGTAACAACGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGGCCTAC‑GGTCAGGTTCC‑‑CGTAGGCATGATAAGACGCGTAAg > 1:2014728/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |