| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2306157 | 48 (1.230) | 4 (0.120) | 4/244 | 4.9 | 9.1% | coding (78/108 nt) | USA300HOU_2165 | hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 2306167 | 38 (1.110) | coding (68/108 nt) | USA300HOU_2165 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCGGCTCAACGTTTGGTAAAACGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATA > CP000730/2306024‑2306296 | aTCGGCTCAACGTTTGGTAAAACGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAggg > 2:36979/1‑141 (MQ=255)aTCGGCTCAACGTTTGGTAAAACGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAggg > 2:396207/1‑141 (MQ=255) gCTCAACGTTTGGTAAAACGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTc > 1:299395/1‑141 (MQ=255) tCAACGTTTGGTAAAACGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCat > 1:44487/1‑141 (MQ=255) 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2:358583/141‑1 (MQ=255) gTAAAACGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAttt > 1:438305/1‑141 (MQ=255) cgcgTTATTATAGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGTGCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAAGTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGAtt < 2:318946/141‑1 (MQ=255) tattatCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACGCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAaca > 2:67243/1‑141 (MQ=255) cGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAAAGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGc > 2:263851/1‑141 (MQ=255) gATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCa < 2:260024/141‑1 (MQ=255) 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2:91783/1‑141 (MQ=255) aaTACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAg > 1:47152/1‑141 (MQ=255) aCATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 1:47764/141‑1 (MQ=255) attattTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACaa > 1:16615/1‑141 (MQ=255) taCTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAAAGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTccc < 1:263851/141‑1 (MQ=255) aCTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCa < 1:127550/141‑1 (MQ=255) tCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCAAAAAAAAAAAAAAAAGGACAACTGTTCCCATa < 2:170046/141‑1 (MQ=255) cAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATaa > 1:124692/1‑141 (MQ=255) aaaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAtt < 1:188775/141‑1 (MQ=255) aaaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAtt > 1:305249/1‑141 (MQ=255) aTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAtttt < 2:145896/141‑1 (MQ=255) aTCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAAc > 2:437562/1‑141 (MQ=255) tCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACa > 1:335061/1‑141 (MQ=255) tCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACa > 1:318021/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTg < 1:194460/141‑1 (MQ=255) cAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCttttt < 1:23062/141‑1 (MQ=255) gAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCGTTTTcaca > 2:360760/1‑141 (MQ=255) 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2:408674/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaTCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAAGTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAACGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGAtgtg < 2:315338/141‑1 (MQ=255) aaaaaTCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGcc < 1:289479/141‑1 (MQ=255) tcattcatGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCaa < 2:409802/141‑1 (MQ=255) cattcatGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCaaa < 2:335282/141‑1 (MQ=255) tGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATATACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAaata > 1:173362/1‑141 (MQ=255) | ATCGGCTCAACGTTTGGTAAAACGAATCGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATA > CP000730/2306024‑2306296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |