| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 407101 | 66 (1.010) | 4 (0.070) | 4/234 | NT | 5.6% | intergenic (+16/+67) | atoB/USA300HOU_0376 | acetyl‑CoA C‑acetyltransferase/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 407127 | 76 (1.280) | intergenic (+42/+41) | atoB/USA300HOU_0376 | acetyl‑CoA C‑acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
CATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAG > CP000730/406961‑407241 | cATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTAT > 2:597073‑M1/1‑141 (MQ=255)cATCTGGGGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTAT < 1:141633‑M1/141‑1 (MQ=255) tGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATcaca < 1:654989/141‑1 (MQ=255) ggTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaa > 2:179194/1‑141 (MQ=255) ggTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaa > 1:658307/1‑141 (MQ=255) gTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaac < 2:36122/141‑1 (MQ=255) gTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaac > 2:349410/1‑141 (MQ=255) agagTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCTCAACA‑GTat < 1:689742/141‑1 (MQ=255) ttAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTattaatta > 1:627168/1‑141 (MQ=255) ttAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTattaatta > 1:43235/1‑141 (MQ=255) aGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATgccaacatgtaattaatac > 1:764752‑M1/1‑122 (MQ=255) cATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATgccaacatgtaattaatactgttg < 2:526188‑M1/141‑25 (MQ=255) tATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCa > 2:713435‑M2/1‑140 (MQ=255) aTTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCat > 1:512343‑M2/1‑139 (MQ=255) ttGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATgccaacatgtaattaatactgttgtgata < 1:578108‑M1/141‑30 (MQ=255) tGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGGGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCataa < 2:514624‑M2/141‑5 (MQ=255) tCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATgccaacatgtaattaatactgttgtgataacctg < 2:764752‑M1/141‑35 (MQ=255) tCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCataacctg > 1:145512‑M2/1‑133 (MQ=255) aaCTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTAAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCataacctgtt < 1:411032‑M2/141‑11 (MQ=255) aCTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCataacctgttt > 1:242429‑M2/1‑130 (MQ=255) gAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa < 2:298812/141‑1 (MQ=255) aaTGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAt > 2:410989/1‑141 (MQ=255) atgatgAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt < 2:569785/141‑1 (MQ=255) aGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTCTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTAt < 2:621636/141‑1 (MQ=255) gTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATg < 1:135373/141‑1 (MQ=255) ttGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATgg < 2:223649/141‑1 (MQ=255) aaaCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAtt > 2:181779/1‑141 (MQ=255) aaCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAttt > 2:775485/1‑141 (MQ=255) aaCTGGTTTAACATCATCGAGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACATCA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGATTATGGAttt > 1:465347/1‑141 (MQ=255) aCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTa > 2:552785/1‑141 (MQ=255) ggTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTg > 1:289635/1‑141 (MQ=255) gTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTgg < 2:166065/141‑1 (MQ=255) gTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTgg < 2:166094/141‑1 (MQ=255) aCATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAat > 2:410142/1‑141 (MQ=255) atcatTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAatat < 1:95942/141‑1 (MQ=255) atTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAg < 1:557249/141‑1 (MQ=255) atTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAg < 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ggtggCGGCCACGCTATCGCTGCAGTTGTATCCAAGTCTAAATAATAAGAAAACAGCATATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGCAATATTAGCCATTTGATg > 2:662414/1‑141 (MQ=255) gtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATgg < 1:671449/141‑1 (MQ=255) tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGt > 2:373382/1‑141 (MQ=255) tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGt > 1:236952/1‑141 (MQ=255) tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGt > 1:179458/1‑141 (MQ=255) gTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTCATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAt > 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aTCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATg > 2:101337/1‑141 (MQ=255) aTCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑ATATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATg > 1:400520/1‑141 (MQ=255) tCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGc > 2:527256/1‑141 (MQ=255) tCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGc < 2:319364/141‑1 (MQ=255) cTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGctct > 1:118087/1‑141 (MQ=255) cTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGctct > 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1:512343‑M1/1‑2 (MQ=255) tgccaacatgtaattaatactgttgtgataacctgttttcttattatttatactttgatacaactgcagcgatagcttgaccgccaccaatacacaatgatgttaaaccagtttcaacttcatcattcagttgatgcaata > 2:713435‑M1/1‑1 (MQ=255) tCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAg < 2:62253/141‑1 (MQ=255) tCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGAAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAg > 1:490315/1‑141 (MQ=255) | CATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAG > CP000730/406961‑407241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |