| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 407101 | 66 (1.010) | 4 (0.070) | 4/234 | NT | 5.6% | intergenic (+16/+67) | atoB/USA300HOU_0376 | acetyl‑CoA C‑acetyltransferase/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 407127 | 76 (1.280) | intergenic (+42/+41) | atoB/USA300HOU_0376 | acetyl‑CoA C‑acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
TATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAG > CP000730/406988‑407262 | tATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCa > 2:713435‑M2/1‑140 (MQ=255) aTTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCat > 1:512343‑M2/1‑139 (MQ=255) tGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGGGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCataa < 2:514624‑M2/141‑5 (MQ=255) tCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCataacctg > 1:145512‑M2/1‑133 (MQ=255) aaCTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTAAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCataacctgtt < 1:411032‑M2/141‑11 (MQ=255) aCTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCataacctgttt > 1:242429‑M2/1‑130 (MQ=255) gAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa < 2:298812/141‑1 (MQ=255) aaTGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAt > 2:410989/1‑141 (MQ=255) atgatgAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt < 2:569785/141‑1 (MQ=255) aGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTCTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTAt < 2:621636/141‑1 (MQ=255) gTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATg < 1:135373/141‑1 (MQ=255) ttGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATgg < 2:223649/141‑1 (MQ=255) aaaCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAtt > 2:181779/1‑141 (MQ=255) aaCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAttt > 2:775485/1‑141 (MQ=255) aaCTGGTTTAACATCATCGAGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACATCA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGATTATGGAttt > 1:465347/1‑141 (MQ=255) aCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTa > 2:552785/1‑141 (MQ=255) ggTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTg > 1:289635/1‑141 (MQ=255) gTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTgg < 2:166065/141‑1 (MQ=255) gTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTgg < 2:166094/141‑1 (MQ=255) aCATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAat > 2:410142/1‑141 (MQ=255) atcatTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAatat < 1:95942/141‑1 (MQ=255) atTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAg < 1:557249/141‑1 (MQ=255) atTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAg < 1:225515/141‑1 (MQ=255) ttGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGTTCTATTGGGTAATATTAGt > 2:92490/1‑141 (MQ=255) tgtgTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTc > 1:45745/1‑141 (MQ=255) aTTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTg > 1:38939/1‑141 (MQ=255) aTTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTg < 1:528999/141‑1 (MQ=255) tggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGAt < 1:608030/141‑1 (MQ=255) ggtggCGGCCACGCTATCGCTGCAGTTGTATCCAAGTCTAAATAATAAGAAAACAGCATATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGCAATATTAGCCATTTGATg > 2:662414/1‑141 (MQ=255) gtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATgg < 1:671449/141‑1 (MQ=255) tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGt > 1:236952/1‑141 (MQ=255) tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGt > 2:373382/1‑141 (MQ=255) tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGt > 1:179458/1‑141 (MQ=255) gTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTCATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAt > 2:341384/1‑141 (MQ=255) cgaGCTATCGCTAAAGATGTAGCAAAGTATAAATAATGAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCAGAACCTGTTTTTATTTGTTTATGAATTTATTGGGTTATATTATTCATTTGATGGTTTAATTg > 2:196074/3‑141 (MQ=255) cAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTg < 2:43235/141‑1 (MQ=255) aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGc < 2:745085/141‑1 (MQ=255) aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGc > 1:317096/1‑141 (MQ=255) gCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCaa < 1:349410/141‑1 (MQ=255) aTCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATg > 2:101337/1‑141 (MQ=255) aTCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑ATATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATg > 1:400520/1‑141 (MQ=255) tCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGc < 2:319364/141‑1 (MQ=255) tCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGc > 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tGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg < 1:382707/141‑1 (MQ=255) tGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg < 1:382723/141‑1 (MQ=255) gTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGa > 1:729603/1‑141 (MQ=255) aaGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAg > 2:754292/1‑141 (MQ=255) tgtatcaaagtataaaaCAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg < 2:219548/128‑1 (MQ=255) tataAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg < 1:42321/141‑1 (MQ=255) tataAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg < 2:313467/141‑1 (MQ=255) ccataaacaaataaaaaCAGGTTATGCCAACATGTAATTAATAC‑TGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTTGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAAGCCAGGTg > 2:639520/14‑141 (MQ=17) ataaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGc > 2:64358/1‑141 (MQ=255) ataaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGc > 2:530759/1‑141 (MQ=255) aataatAAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATc < 2:301276/141‑1 (MQ=255) ataataAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCt < 1:699655/141‑1 (MQ=255) ataataAGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCt < 2:126963/141‑1 (MQ=255) ataaGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCtttt > 2:647522/1‑141 (MQ=255) aGAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGt > 2:159808/1‑141 (MQ=255) gAAAACAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGtt < 1:601930/141‑1 (MQ=255) aaaCAGGTTATCACAACA‑GTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTa < 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gTATTAATTACATGTTGGCataacctgttttcttattatttatactttgatacaactgcagcgatagcttgaccgccaccaatacacaatgatgttaaaccagtttcaacttcatcattcagttgatgcaataatgtcact > 1:764752‑M2/1‑19 (MQ=255) attaattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAatgat > 1:71117/1‑141 (MQ=255) ttaattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAatgatg < 1:190742/141‑1 (MQ=255) taattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATgg > 2:542737/1‑141 (MQ=255) taCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGcc > 1:531884/1‑141 (MQ=255) cATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCAc < 2:75240/141‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |