| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1131036 = | 29 (1.050) | 3 (0.130) | 3/224 | NT | 12.2% | coding (435/435 nt) | ylbF | hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 1131101 = | 18 (0.750) | intergenic (+65/‑1163) | ylbF/USA300HOU_1059 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TTCAACATTTAATAGATGAAGTTGTTACGAAAATTGCGTACGCTGTTTCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTG > CP000730/1130897‑1131176 | gatatgaatatcattccaggctattatggcgtaaatagtataaatctgatgaatgatttataccaaaaaggtgcacacacgattgtgacagatcgaccagatttagcacaacaattcaaacaaacaatcccgaataaataa > 1:83729‑M1/140‑141 (MQ=255) atattcatatcattccaggctattatggcgtaaatagtataaatctgatgaatgatttataccaaaaaggtgcacacacgattgtgacagatcgaccagatttagcacaacaattcaaacaaacaatcccgaataaataaa < 2:129424‑M1/3‑1 (MQ=255) attcatatcattccaggctattatggcgtaaatagtataaatctgatgaatgatttataccaaaaaggtgcacacacgattgtgacagatcgaccagatttagcacaacaattcaaacatacaatcccgaataaataaaaa < 1:152826‑M1/5‑1 (MQ=255) atgaatatcattccaggctattatggcgtaaatagtataaatctgatgaatgatttataccaaaaaggtgcacacacgattgtgacagatcgaccagatttagcacaacaattcaaacaaacaatcccgaataaataaaaa < 1:205544‑M1/5‑1 (MQ=255) aTAGATGAAGTTGTTACGAAAATTGCGTACGCTGTTTCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATACATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGt > 2:152826/1‑141 (MQ=255) aGATGAAGTTGTTACGAAAATTGCGTACGCTGTTTCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCa < 1:30598/141‑1 (MQ=255) tGAAGTTGTTACGAAAATTGCGTACGCTGTTTCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGaa > 2:298003/1‑141 (MQ=255) aCGAAAATTGCGTACGCTGTTTCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGtt < 1:225020/141‑1 (MQ=255) cGAAAATTGCGTACGCTGTTTCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTa < 1:7800/141‑1 (MQ=255) cGAAAATTGCGTACGCTGTTTCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTa < 1:7791/141‑1 (MQ=255) atctgatgaatgatttataccaaaaaggtgcacacacgattgtgacagatcgaccagatttagcacaacaattcaaacaaacaatcccgaataaatAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCactaacta < 1:256869‑M1/45‑1 (MQ=255) ttCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCa > 1:269519/1‑141 (MQ=255) gatgaatgatttataccaaaaaggtgcacacacgattgtgacagatcgaccagatttagcacaacaattcaaacaaacaatcccgaataaatAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAt > 2:256869‑M1/93‑141 (MQ=255) aGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCt > 1:47897/1‑141 (MQ=255) gAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTg > 1:152090/1‑141 (MQ=255) tGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTGGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTAAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCg < 2:198915/141‑1 (MQ=255) ttataccaaaaaggtgcacacacgattgtgacagatcgaccagatttagcacaacaagtcaaacaaacaatcccgaataaatAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGAt > 1:117998‑M1/83‑141 (MQ=255) aTAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGGCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑tttt > 2:88925/1‑141 (MQ=255) aGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTttta > 2:32671/1‑141 (MQ=255) ggTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTc > 1:230362/1‑141 (MQ=255) aaTCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCggg < 1:215971/141‑1 (MQ=255) ttCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGAttgtt < 2:152781/141‑1 (MQ=255) ttCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACAACTAACTAGCATCTGACTAGATG‑TTTTTATTTATTCGGGAttgtt > 2:255420/1‑141 (MQ=255) cTTTCAAACATCAAATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATAGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGAttgtttg < 2:164642/141‑1 (MQ=255) cAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAAAATAGAGACAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGtttgtttg < 2:118418/141‑1 (MQ=255) tCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgt > 2:19436/1‑141 (MQ=255) tCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgt < 1:68007/141‑1 (MQ=255) cacaTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgtt > 2:189240/1‑141 (MQ=255) cacaTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgtt < 1:243589/141‑1 (MQ=255) aTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATtgttgt > 2:272095/1‑141 (MQ=255) tAGTGGTTCACCGACGGGCAGATCCTATGACTGTTCACTATAAAAAACAAAGAGAAAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 2:219164/141‑1 (MQ=255) cGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGt < 2:119382/141‑1 (MQ=255) cGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGt < 1:298003/141‑1 (MQ=255) tCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCa < 1:188486/141‑1 (MQ=255) tCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCa > 2:110777/1‑141 (MQ=255) cATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGctc > 2:31426/1‑139 (MQ=255) AAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGc < 2:253092‑M1/132‑1 (MQ=255) AAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGc > 1:253092‑M1/1‑132 (MQ=255) AAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTg < 1:138407‑M1/141‑1 (MQ=255) | TTCAACATTTAATAGATGAAGTTGTTACGAAAATTGCGTACGCTGTTTCAGAACATGTCAAAATAGAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTG > CP000730/1130897‑1131176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |