| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4250507 = | 155 (1.110) | 6 (0.040) | 5/560 | 18.0 | 3.9% | intergenic (+33/‑196) | malM/yjbI | maltose regulon periplasmic protein/pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| ? | NC_000913 | 4250527 = | 147 (1.080) | intergenic (+53/‑176) | malM/yjbI | maltose regulon periplasmic protein/pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GGACCTTTATTTGGTTCTTCCGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTA > NC_000913/4250211‑4250804 | ccTTTATTTGGTTCTTCCGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGACTGGGATCGACATCTGACCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTATGCGCCACAGGG‑ACGCTTTTTCACCAACCTGTGCTtc > 1:739465/1‑301 (MQ=255) ttATTTGTGTCTTCCACTCCAGCTCCGGTTACGGTAAGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCAGGAACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGtctc < 2:231608/300‑1 (MQ=255) ttcttcCGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCAc > 2:1052280/1‑301 (MQ=255) cGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCttttt > 1:42686/1‑301 (MQ=255) cGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATAAGTAGTGTAAATGGCAAGGGGTACATACGCCCACAAGTG‑CTGAGTTTGCAACCACTGGTGAGCCTCCTGGCGAACtttttt > 1:129959/1‑301 (MQ=255) gCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCtttttt > 2:350875/1‑301 (MQ=255) gCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTAAGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCGGGCCCACCttttgt > 1:683570/1‑299 (MQ=255) cTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACACCCCACAGTG‑CTGATTTTGCACCAACTGGTGCGTCTTCTGTCTCTCCTTTTTTTATTctt > 2:916174/1‑301 (MQ=255) tCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGAGCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGGAAAAGGCAAGGGGTAATTACTCACCACAATT‑CTGATTTGGCAATAACTGGTGTGCTTCATGGCGCACCGTTTCTTATGctcc > 1:570482/1‑299 (MQ=255) ccccgtgcgcgtaggtagCACGGCGGCCACACCTTGGGCTGCACCCGCTACAGCACCGGTGAAGAAAAGCGGGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAAGACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGcttc < 1:540533/291‑1 (MQ=255) ccGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCCCCTTTTTTTATGcttcc > 2:282783/1‑301 (MQ=255) gagctggtaACCCGGCGGAACCAGCGGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTgg < 1:800167/296‑1 (MQ=255) taACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCACGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGAGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGTTTCTTTCTTGGTATATgt > 1:995700/1‑300 (MQ=255) cacGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCgccaggagacgcaccagtt > 2:928439/1‑255 (MQ=255) cacGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGACGCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACTTTTGTTTATGCTTCCGTCCTgggtagggagcg > 1:614016/1‑292 (MQ=255) ggcACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCg > 1:1245171/1‑249 (MQ=255) ggcACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCg < 2:1245505/249‑1 (MQ=255) cACCAGCGGTGGCTGCACCCGACACGGAACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGAAACGGGAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCGTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATAGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTta < 1:350769/301‑1 (MQ=255) aCCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTtat < 2:456316/301‑1 (MQ=255) ccAGCTGAGGCTGCAACCGAAGCGGGACCGGTGACGAAAAGCGAGCCAAAGAGCAACAAGACGGCAAGTTATTTTTATACCTCGATCAAAAACGCTGTCGCGCAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAACACTGCTTGAGGAAGCTGAACGCCTGGGATAGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTtata < 1:798973/301‑1 (MQ=255) aGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTAAGCCCAACAGTG‑CGGATTTTGCAACAACTCGTGCGTCCACTGGCGCACCTTTTTTCATGCTTCCTTCCTGGGTTATGATCGATTTTTTATTGt > 1:398607/1‑301 (MQ=255) ggCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGCG‑CTGATTTTTCAACAACTGGGGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATTGGAGCGATTTTTTATATTAACTc > 1:1093043/1‑300 (MQ=255) 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acaacTTGTGTTTCTCCTGGCGTACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATTATCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGATATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAAt < 2:570655/301‑1 (MQ=255) aacTTGTGCGTCTCCTTGTGAACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAAttt < 2:1097270/301‑1 (MQ=255) ccTGGTGCTTCTCCTGGTTCAACTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGTGCTATGCGCGATTTTTTCTAGGAACTCACGTCTTCTTTACTAAGAGTAACCAATATCTCAGTGCCTTATCAGAGATTATTTTCCTTCTGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTAAATCTGTTATGCAGAGGTTTTAGGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTa < 1:550692/300‑1 (MQ=255) | GGACCTTTATTTGGTTCTTCCGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGGCACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTA > NC_000913/4250211‑4250804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |