| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4250507 = | 155 (1.110) | 6 (0.040) | 5/560 | 18.0 | 3.9% | intergenic (+33/‑196) | malM/yjbI | maltose regulon periplasmic protein/pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| ? | NC_000913 | 4250527 = | 147 (1.080) | intergenic (+53/‑176) | malM/yjbI | maltose regulon periplasmic protein/pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAAC > NC_000913/4250231‑4250825 | cGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATAAGTAGTGTAAATGGCAAGGGGTACATACGCCCACAAGTG‑CTGAGTTTGCAACCACTGGTGAGCCTCCTGGCGAACtttttt > 1:129959/1‑301 (MQ=255) cccAGCTCCGGTTACGGGAGGTAACACGGGGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑GACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTa < 1:493165/300‑1 (MQ=255) tCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGAGCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGGAAAAGGCAAGGGGTAATTACTCACCACAATT‑CTGATTTGGCAATAACTGGTGTGCTTCATGGCGCACCGTTTCTTATGctcc > 1:570482/1‑299 (MQ=255) ccccgtgcgcgtaggtagCACGGCGGCCACACCTTGGGCTGCACCCGCTACAG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGGGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAAGACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGcttc < 1:540533/291‑1 (MQ=255) ccGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCCCCTTTTTTTATGcttcc > 2:282783/1‑301 (MQ=255) cGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAAGGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATAAGCAGTGTACAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCAACTGGG‑CCGATTTTGCAACAACTGGTGCAGCTCCTGGCGCACCTTTTTGTCttcttcac > 2:34369/1‑299 (MQ=255) ttACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAACTGCGCCCAACACTG‑CTGTTTTTGAAACAACTGGTGCGTGTCCTGGCCCACCTTTTTTTAGTCttccttcc > 1:28587/1‑301 (MQ=255) gagctggtaACCCGGCGGAACCAGCGGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTgg < 1:800167/296‑1 (MQ=255) cGGTAGGTAAAACGGCGGCACCAGATGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAAAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTgg < 1:621590/301‑1 (MQ=255) ggtaACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTgg > 2:800402/1‑296 (MQ=255) ggtaACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGCGATGTTGATAAGGCGCGACCTCTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCCCCTGGCGCACCTTTTTTTTTGCTTCCTCTCTgggtt > 1:730135/1‑297 (MQ=255) aagcgccctacgccgCTGTTGCCGCTCCCGCACCGGACACC‑GTGAAGAAAACTCATCCGATGCTCCACGACACAGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACTCTGTCGCGAAAGGTGCTGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTTGGATCTACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGc < 1:680804/287‑1 (MQ=255) cACCAGCGGTGGCTGCACCCGACACGG‑AACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGAAACGGGAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCGTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATAGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTta < 1:350769/301‑1 (MQ=255) aCCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTCATTACGCCCCACAGGG‑CTGATTTTGCAATAAATGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTTTGCttctttcccttgttatgtgctatttctttt > 1:425536/1‑279 (MQ=255) aCCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTtat > 2:1132485/1‑301 (MQ=255) aCCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTtat < 2:456316/301‑1 (MQ=255) ccAGCTGAGGCTGCAACCGAAGCGG‑GACCGGTGACGAAAAGCGAGCCAAAGAGCAACAAGACGGCAAGTTATTTTTATACCTCGATCAAAAACGCTGTCGCGCAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAACACTGCTTGAGGAAGCTGAACGCCTGGGATAGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTtata < 1:798973/301‑1 (MQ=255) aGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTAAGCCCAACAGTG‑CGGATTTTGCAACAACTCGTGCGTCCACTGGCGCACCTTTTTTCATGCTTCCTTCCTGGGTTATGATCGATTTTTTATTGt > 1:398607/1‑301 (MQ=255) gCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGGTTCCTTCCTGGGTTGTGATCGTtttttttttttaatatcc > 2:993327/1‑289 (MQ=255) cctcACCAGCCCCGG‑CACCGGTGAAGAAAACCGAGCAGAGGCGTAACGACACGGAAAGTTATTTTAAGACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAACACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGTGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCAct < 1:239387/298‑1 (MQ=255) tGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTANNNNNNNNCCNNNNNNAAAAACGCTGTCGCNAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTTGGTTCCCTGGCGACCCTTTTGTTTTTCTTCCTTCCTGGGgtagggggcgttttttttgtgtacctcctt > 1:1000947/1‑274 (MQ=255) aCCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGTCGTTAAAACTACTGGATGAAGCTGAACGCCTGAGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGACAAGGGGTAATTACGCCCCACATTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGAGCACCTTTTGTTCTCCTTCTTTCCTTGGATATAAACGATGGTTTATGTTTACTCActtctt > 2:443329/1‑301 (MQ=255) 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aCCTTTTTTTATGCTTTCTTCTTGTGATATTTTCTATTTTTTTTAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTTTCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTaa < 1:273317/300‑1 (MQ=255) ccTTTTTTTATGCTTCCTTTCTGGGATATTAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAAc < 1:186096/301‑1 (MQ=255) ccTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCACCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTACTTTAAAtagatcggaaaaccacacg > 2:1133098/1‑283 (MQ=255) | CGCTCCAGCTCCGGTTACGGTAGGTAACACGGCGGCACCAGCTGTGGCTGCACCCGCTCCGG‑CACCGGTGAAGAAAAGCGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTG‑CTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAAC > NC_000913/4250231‑4250825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |