| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 165254 = | 470 (0.320) | 1152 (0.880) | 190/222 | 1.4 | 74.5% | intergenic (+218/‑324) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | = 165249 | 374 (0.290) | intergenic (+213/‑329) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
Only 100 of 1744 total aligned reads displayed.
GATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTA > CP016816/165122‑165373 | taataTTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTTTAAAAAATATCtt < 2:1521392‑M2/128‑3 (MQ=255) tttAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATTC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttt < 1:1873252‑M2/128‑8 (MQ=255) ttAGTTTCATTAAATTATAGTACTTGTATGTATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttt > 1:3051048‑M2/1‑120 (MQ=255) tAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttt < 2:2257829‑M2/128‑10 (MQ=255) tAGTTTCATTAATTTATCGCACATGTATTAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTTGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACATGTAAAAAATAGCttttttttt < 2:1782815/128‑1 (MQ=255) tAGGTTCATTAATTTATCGCACTTGTATTTATTACTAATAAAATAATAATTATATATTTTTTTA‑TATTTTTTTTAAATTC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGCACTTGTAAAAAATACCttttttttt < 1:1001110/128‑1 (MQ=255) tttttAATTAATTTATATCACTTTTTTTAATTATTAATAAAATAAAAATATTATCTTTTTATA‑TATTTTTTTTATATTC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTTAAATTGTAAAAAATAGCtttttttttt < 1:1195236/126‑1 (MQ=255) tCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttttttt < 2:1085374‑M2/128‑15 (MQ=255) tCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttttttt < 2:196064‑M2/128‑15 (MQ=255) cATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttttttttt < 2:3200172‑M2/128‑16 (MQ=255) 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GATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGA‑TATTTTTTGTATATGC‑AAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTA > CP016816/165122‑165373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |