| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 34944 | 501 (0.550) | 248 (0.280) +TAA |
63/244 | 32.8 | 33.7% | intergenic (+48/+118) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
| ? | CP016816 | 34945 = | 501 (0.550) | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34825‑34944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGT > CP016816/34945‑35069 ||||| TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGATTAATAAATGATGAACCAAGTACAATGCTAAGTTAAGTTTATTAATAATAA‑AATATTAAACAAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑T‑AAAAAAA < 2:939562/128‑1TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATTAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTTTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑T‑AAAAAAA > 2:1328843/1‑128 CTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACAATGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑T‑AAAAAAAA > 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GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaaaatttcaa > 2:1809002/1‑118 TAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGaa > 2:1896540/1‑126 AGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATAa > 1:1606440/1‑127 GAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑T‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTtaataa > 1:1937946/1‑122 GAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAATAATTTaaataa > 1:570600/1‑122 GAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATATAATaaaaagaaa > 1:623945/1‑119 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CCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAATAAAATAATTTTAATAATAAAAAAAATTt > 2:635443/1‑127 CAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATAATATAAAAAATTtt > 2:1710650/1‑126 AGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTACAAACTATAAAAAATTTTTT > 2:1725390/1‑128 GTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑T‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT‑ATTTTCAAAAAAAAAAAAATTATTTTT > 1:1240088/1‑128 GTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑G‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAATAATAAAATTTGCATAATATAAAAAATTTTTTT > 2:719394/1‑128 aAATGCTAAGTTAAGTTTATTAAAAATAA‑AATATTAAACAAAATAAATTTTGTTTGG‑TTTTTTTATTTAATATT‑T‑A‑‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAA < 2:334034/127‑1 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T‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGT < 2:351750/128‑1 ||||| TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGG‑TTTTTTTATTTACTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34825‑34944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGT > CP016816/34945‑35069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |