| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | 4284603 = | NA (NA) | 6 (0.080) | 6/266 | 9.7 | 6.0% | noncoding (42/77 nt) | REP320 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP320 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 4284635 = | 94 (1.240) | noncoding (74/77 nt) | REP320 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP320 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATC > NC_000913_3_pae_pgi/4284456‑4284750 | aTAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGc < 2:1353849/149‑1 (MQ=255) aaaTAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCt < 2:97960/149‑1 (MQ=255) aaaTAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCt < 2:497650/149‑1 (MQ=255) aaaTAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCt > 1:434590/1‑149 (MQ=255) aaTAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCCCCCTTATGGGAGAGGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTGCGCGGCATCCGGCAATCAATGCCTg > 1:123187/1‑149 (MQ=255) aTAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGa < 2:1016070/149‑1 (MQ=255) aTAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGa < 1:173152/149‑1 (MQ=255) tAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGAt > 2:405495/1‑149 (MQ=255) 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acaGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCCATCAATACCTGATACGACGCTGTcgcg > 2:751398/1‑149 (MQ=255) acaGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTACCGCTCCCTTGTGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATTTACGCAGGATATGGCGGTGACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGAGGCTGtgacg > 1:973948/1‑145 (MQ=38) caGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGt < 1:1290302/149‑1 (MQ=255) agcttCTCCAGAGGTAATGGAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTc < 2:473009/146‑1 (MQ=255) gtgcgccAGAGGTTAGGGAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTGATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGGCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCtt < 2:1084339/144‑1 (MQ=37) 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ggCGTTTACGCCGCCTCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTAc < 1:394907/149‑1 (MQ=255) ggCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTAc > 2:422802/1‑149 (MQ=255) gCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACg > 1:317806/1‑149 (MQ=255) tttACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCa < 1:886548/149‑1 (MQ=255) tACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAgg < 2:317806/149‑1 (MQ=255) 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aTCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCTTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCaa < 1:580454/149‑1 (MQ=255) aTCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCaa > 2:72304/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAagcagc < 2:415496/123‑1 (MQ=255) tCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAagcagc > 1:415496/1‑123 (MQ=255) tCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGACTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAg > 2:1070227/1‑149 (MQ=255) cGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGCTGGCAGCGTTCATTG‑CTTCTTTTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCg > 1:41459/1‑149 (MQ=25) cGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCAAGGCTTAGCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCCTCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCGCGAATTCGCCAGGATCGGCGAGCg > 2:1013600/1‑149 (MQ=38) ggCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCT‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGAAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCCAGCGt > 1:43203/1‑149 (MQ=255) ggCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGt > 2:1315183/1‑149 (MQ=255) aatcaatGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGa > 2:762800/1‑149 (MQ=255) aatcaatGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGa > 1:1304105/1‑149 (MQ=255) atcaatGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAg < 1:1171694/149‑1 (MQ=255) aatGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGt < 2:743843/148‑1 (MQ=255) aatGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGt > 1:743843/1‑148 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATc > 1:721466/1‑149 (MQ=255) | ATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCG‑GGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCG‑CGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATC > NC_000913_3_pae_pgi/4284456‑4284750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |