| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_vch_tpiA | 1697230 = | 24 (0.850) | 4 (0.150) | 4/260 | 3.3 | 14.6% | noncoding (1697230/4641682 nt) | repeat_region | repeat region |
| ? | NC_000913_3_vch_tpiA | 1697261 = | 25 (0.960) | noncoding (1697261/4641682 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGAGCGCCTATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCA > NC_000913_3_vch_tpiA/1697099‑1697369 | gTGAGCGCCTATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAAcacgcac < 1:54874/149‑1 (MQ=255) cgcCTATCATTGCTGGTGAATGGGGTGAAGGCCCACTCTATTCGCATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTTCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑gttg < 2:41130/149‑1 (MQ=255) tATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAaac > 1:217398/1‑131 (MQ=255) tATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAaac < 2:217398/131‑1 (MQ=255) tGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTc > 1:297630/1‑149 (MQ=255) gAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAAGCGCCTGGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGAATTAAta > 1:471663/1‑148 (MQ=255) ctctATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTg > 1:195022/1‑149 (MQ=255) gTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTAccccgc > 1:386510/1‑147 (MQ=255) gtctGAAATTGGTTAATCAATAGCCGTGATTTTGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAATACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACgg < 2:425697/148‑1 (MQ=255) ctctGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATGTGGCTGCCAGGTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACgg < 2:292908/149‑1 (MQ=255) aaTTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTCAGCAGAGACGTTAATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGTACG‑GTTGTCTACCGGTCCGGTAGTGTATTAATTGTGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGaa < 2:457787/149‑1 (MQ=255) aatGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAAt < 2:99532/147‑1 (MQ=255) aTTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACTGTGGTGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCCCCGGAGACGGTGAGAAt > 2:457404/1‑149 (MQ=255) tGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAAttt < 1:96816/149‑1 (MQ=255) gTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTGCCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCGCCTGTACCCCACCACCGGAGGCGGTGAGAATTTGt > 1:279181/1‑149 (MQ=255) cAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCtt > 1:173003/1‑149 (MQ=255) ggCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCAGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCCCCGGAGCCGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCgcagaa > 1:472436/1‑147 (MQ=255) gCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGcagcag < 2:42757/149‑1 (MQ=255) gCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCCGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGcagcag > 2:227289/1‑149 (MQ=255) aGTTATTTTGCAAAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGGACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGc > 2:434828/1‑149 (MQ=255) tAGCTGGGACGGTGTTGAGTTTACCCCTGCAAGCTACACGCAGG‑TTTGTTTGCCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGGCCCTGCACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGaa < 2:14510/149‑1 (MQ=255) gTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCg > 2:444804/1‑149 (MQ=255) gatgaGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGAGGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAGGGAACAGCGCTGCGttg > 2:85759/1‑148 (MQ=255) gaGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCa > 1:423410/1‑149 (MQ=255) acggaccGGTAAACAAC‑CGTGCGTGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGa < 1:465699/115‑1 (MQ=37) | GTGAGCGCCTATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCA > NC_000913_3_vch_tpiA/1697099‑1697369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |