Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
42 |
117.4 |
2145065 |
96.9% |
2078567 |
261.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,495,036 |
C→A |
10.6% |
A343E (GCA→GAA) |
nirB → |
nitrite reductase, large subunit, NAD(P)H‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,495,036 | 0 | C | A | 10.6%
| 331.7
/ 2.3
| 134 | A343E (GCA→GAA) | nirB | nitrite reductase, large subunit, NAD(P)H‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/45); new base A (2/16); total (71/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.37e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GGTCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACTGGTGCTGAACGCTATCGAACTGCCGGAAAACCCGGATTCCCTGATCCTGCCAGCACACTCGGGTAGCGGCAAGCCGTCTATCGGTGTTGATAAACTGCCGGACAGCGCGCAAATCTGCTCCTGCTTCGACGTCACCAAAGGT > NC_000913/3494768‑3495307
|
ggTCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAg < 1:204917/275‑1 (MQ=255)
tCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGAGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGAGCACGGTCGCAAGACGGGCGCAGGTCGc > 2:473227/1‑274 (MQ=255)
gACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGt > 2:383019/1‑275 (MQ=255)
aCGTTGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGGAGGCGGTCTTGGTGATGCGCCCGGTCGCACGCCTGGCCCCCGTAGCTACGtt > 2:1020142/1‑275 (MQ=255)
tGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTAcc > 1:566321/1‑275 (MQ=255)
cgTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGACTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTcgacga < 2:671502/275‑1 (MQ=255)
cgTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCAGCGGTGAATGCGACAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCACCGTTTACCTcgccga > 1:837109/1‑275 (MQ=255)
cgTGGGGGTAGT‑GTCATTCATGATTACTGCCAGACGTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCGACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTcgacga < 1:449189/275‑1 (MQ=255)
ggtggggTGTTGGTCATTAATGAGTCCTGCCAGTCTTCCCAGCACGATGTCTACGCCATGGGGGAATGCGCAAGCGGGAACAACCGTGTGTTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTcgacga < 2:914841/272‑1 (MQ=255)
gggTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGCCTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTa < 1:325205/275‑1 (MQ=255)
ggTATG‑GTCATTAATGATTCCGGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCCGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTAACCATATTCTCGGTAGGGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCCGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTa < 1:1011633/274‑1 (MQ=255)
ttATT‑GTCATGAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTaaa < 1:1020143/274‑1 (MQ=255)
tt‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTaaa > 1:480845/1‑272 (MQ=255)
aTTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGCCGAAAGTAAAGAGATCTa > 1:988094/1‑275 (MQ=255)
aTTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTa > 1:140722/1‑275 (MQ=255)
aaTGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAACACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTCGCGCCAAGCGGAAACTGCTGAGCGTAGACGTAGGCGGGATTGGTGATGCGCCCGGTCGCCACCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCCCGACGAACGTAAAGAAGTCTCCaa > 2:789835/1‑275 (MQ=255)
tGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCACAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATCGGTGATGCGCACGGTCGCCCGCACGTCCCCCGTGGCTCGCTTTACCTCGACACAAGTCAAACGCTCTACcaa > 2:278098/1‑274 (MQ=255)
ttCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGCCCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGAGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCCCGTCGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTACAGAGATCTACAACCGc > 1:526054/1‑274 (MQ=255)
ttCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAAAAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTACCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGAGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGTGCAGGTAGCTACGTTTACCTCGACGCAAGTAAAGAGTACTACAAACGcc > 1:310615/1‑275 (MQ=255)
tGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCGGAAACCGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGac > 2:768875/1‑274 (MQ=255)
cAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGt > 1:134280/1‑275 (MQ=255)
tcGATCGGGAGTTGTACGCCAGCGGGGAATGCGAAAGCGTGAACAACCGGGTATTTGTTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGaa < 2:187732/274‑1 (MQ=255)
ccGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACACACGCCCGATTGTCAgagac > 2:1002756/1‑274 (MQ=255)
gATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGAcaacaa > 1:791611/1‑275 (MQ=255)
gATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAACAcaacaa > 1:423768/1‑275 (MQ=255)
gCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACCACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCt < 2:738667/275‑1 (MQ=255)
ccaatggTGCATGGGCAAGCGTGATCAAGCTGGTGCTTGGTCTGGTAGCACCTAGCTACAAAATGTCGCAGGTCGGCGCTGACCATATTCTCGGTAGTGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGGCCTTAGCGTCAAGCCTAAACTGCTGTGCGTAGACGTAGCCGTTATTGGTGATGCGCACGGTCGCTCGCTTTGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGCCTAAAGTCAAGAGCTCTCCAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCt < 2:801571/269‑1 (MQ=255)
ccATTGGTGAATGCGCAAGCGGGAACAACCTGGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGAACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCt < 1:844414/274‑1 (MQ=255)
ccATCTGTGAATGCTCCATGGTGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGAACCTTGCGACAAAATGTCGCAGGTCGCCGTTTACCGTATTCTCGGTAGCGAAACCGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTGGGCGGTATTTGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCt < 2:962184/274‑1 (MQ=255)
ccATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTAAGTTTACCCCCACGAAAGTAAAGAGATCTAAAAAAGCCTGGTTGTCAGGGAAGAACAAAAAACCCCGCTc > 2:881124/1‑275 (MQ=255)
ccATCGGTGAAGGCGCAAGCTGGTACTAGCGTGTATGTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAAGGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATGTTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAATCTGAAACGGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGGGATGCGCACGGTCGAACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCt < 2:625314/274‑1 (MQ=255)
aTCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCGGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGAACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCgg < 1:63310/275‑1 (MQ=255)
cGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTg > 1:740562/1‑275 (MQ=255)
ggTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTg < 2:566321/274‑1 (MQ=255)
tGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTTGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGACAGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATGGTCAGCGCAGACACAAAAACCCTGATCGGTGCGGTACt > 1:419472/1‑275 (MQ=255)
tGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAAACCTGCTCGGTGCGGTACt > 1:31781/1‑275 (MQ=255)
aGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACtgggtgg > 1:461815/1‑271 (MQ=255)
ccGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGCGATCTACAAACGCCTGATTGTCCGCGAAGACAACAAAACCCTGCCCGGTGCGGTAATGGTGGACGATACCAGc > 1:445835/1‑274 (MQ=255)
ttggagtttggcTGGTAGCACCGGGCTACAAAAGGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGa < 2:556960/263‑1 (MQ=255)
gtgtATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGAc < 2:31781/275‑1 (MQ=255)
cTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAAc > 2:642942/1‑273 (MQ=255)
cTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGAGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGACAGTAAAGAGATCTCCAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACCACCAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATGACACCGACTACCGTAAc > 1:472099/1‑273 (MQ=255)
ggTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACATTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGAGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTAAGTTTACCTCGAAGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTCCACGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGGAACctgc > 2:55007/1‑275 (MQ=255)
gTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCATCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTAGGCGAAACCAGCGCCTACGGTAAccctct > 2:187902/1‑271 (MQ=255)
ccTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACgg > 2:431122/1‑260 (MQ=255)
cTGGCTACAAAATGGGTCAGAGCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACTGCTTTGAAGGTGGTGACCTTAGCACCAAGCTGAAGCTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCTCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAAc < 1:949162/273‑1 (MQ=255)
gCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAAc < 1:431122/260‑1 (MQ=255)
cTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACTGGTg < 1:383019/274‑1 (MQ=255)
ggCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAGGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTCCGGAACTGGTGGGCGATACAAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAATTGGGTCTGAACACTa > 2:280434/1‑275 (MQ=255)
cAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTa < 1:758268/157‑1 (MQ=255)
ggtgggcGTGGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCGTTGAAGGTGCTGACCTTATCGCCAAGCGGAAACTGCTGGGCTGAGACGTAGGCGGTATTGGTGAGGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCTACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACTGGTGCTGAACGCTATCGAAc < 1:940937/269‑1 (MQ=255)
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tGACCTTGGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACTGGTGCTGAACGCTATCGAACTGCCGGGAAACCCGGATTCCCTGATCCTGCGAGCACGCCCGGGTAGcc > 2:299800/1‑274 (MQ=255)
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|
GGTCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACTGGTGCTGAACGCTATCGAACTGCCGGAAAACCCGGATTCCCTGATCCTGCCAGCACACTCGGGTAGCGGCAAGCCGTCTATCGGTGTTGATAAACTGCCGGACAGCGCGCAAATCTGCTCCTGCTTCGACGTCACCAAAGGT > NC_000913/3494768‑3495307
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
