Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
896,963 |
A→G |
14.0% |
E277G (GAG→GGG) |
potH → |
putrescine ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 896,963 | 0 | A | G | 14.0%
| 172.0
/ 2.1
| 72 | E277G (GAG→GGG) | potH | putrescine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/30); new base G (7/4); total (38/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAA > NC_000913/896725‑897199
|
tttATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCCCGGTGGCCCGGACCGCATCATGATCGGGCGCGTGCAATGGCAa‑ga > 1:896440/1‑239 (MQ=255)
tATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACGCCATCATGATCGGGCGCGGGCTATGGCAA‑GAGt > 1:158378/1‑239 (MQ=255)
tGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGCTTATTGCCGGATCGATGCTGGGGTTTATACCGGCTGTGGGCGAGTTTGGGATCCCGGAACTGGCCGGTGGCCCGGACCGCATCCGAATCGGGGGAGGGCTTTGGGAA‑GGGATTTTCaaa > 2:717479/1‑238 (MQ=255)
tGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACGGCATTATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGGTTTTTAAt > 1:559260/1‑239 (MQ=255)
tGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCaa > 1:832084/1‑238 (MQ=255)
cgTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGGCCGGACACCATCATGATCGGGCGGGAGCTATGGCAG‑AAGTTTTTCAATAAcccggcccgtccg > 1:716373/1‑228 (MQ=255)
cgTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGAGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGGGTTTGTGATCCCGGAACCGCCCGGTGGCCCGGGCAGCATCATGATCGGGGCCGTGCTATGGCAA‑AGGTTTTTAAAAAACcgcgcaaggcgg > 2:119056/1‑231 (MQ=255)
gTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGAGCTGGATCTCGGTGCACGCTCGTTGAAAACGTTTTTTACTGTGATCGTGCTGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGCTCGGTGATGGGGTTTATACCGGCTGTGGGCGAGGTGGTGCTCCCGGAACTGGTCGGTGGTCCGGGCAGCATCCTTATCGGGCGGGGGCTATGGCAATGGGTTTTTaaacgctcttaatacaca > 2:285357/1‑223 (MQ=255)
tcgtttttagttttCTCTGGTGGAAACAGGGGTGGTTTTCGGTGCACGTACGCGGAAAACGGTCTTTGCTGTGGTGGTGCCGCTGATTAAAGGTGGGATTTTTGCCGGATCGATGCTGGTGGTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACGGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCTCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCt < 2:98246/227‑1 (MQ=255)
attattCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCt < 1:510774/231‑1 (MQ=255)
attattCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTa > 1:635287/1‑239 (MQ=255)
tCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATAATGATCGGGCGGGTGATATGGCAA‑GGGTTTTTCAATAACCGAGACTGGCCGGTGGCCTcggggggcaggac > 1:419869/1‑232 (MQ=255)
ggtggAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTTTGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCCCGCCTGGCCGGGGGCCCcggcggggagggtgtt > 2:510774/1‑227 (MQ=255)
cgcTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGGGTCCCGGACAGCATCATACTCGGGCGCGTGCTCTGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCACGACTAGACGGTGGCCTcgggggggacggacgtaacgttgtacggg > 2:585357/1‑216 (MQ=255)
gATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCGATGGCAA‑GGGTTTTTCAATAACCCCGCTTGGCCGGGGGCCCCGGCGGTAGGGGACCTCATGttcgttcgcttact > 2:647933/1‑227 (MQ=255)
ccggggtgccgcgctgtGAAACTGTTTTTTATTGGGTTCGTGCCGTTGACTAAAGGGGGGTTTATTGCCGGTTCGTGGTTGGTTTTTCTCCCGGCTGTGGGGTAGTTTGGGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGGGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATtgt < 2:449261/223‑1 (MQ=255)
cgctttgctcgccctttgaaaCTTTTTTTTCTGTTTTTGTGCTTCTGAATGAAGGGGGGATTATTCCCGGATCGATGCTGGTGTTTACCCCGGCTGGTGGCGAGTTTTTGATCCCGGAGCTGCTCGGTTGCCCGGACAGCAGCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATtgtg < 2:360555/221‑1 (MQ=255)
gggTGCACGACCCGGGAAATCTTTTTTTTCTGTGATTGTGCCGCTGCCAAAAGGTGGGTTTTTTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTACCCCGGTTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCGCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGTAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGc < 2:642157/238‑1 (MQ=255)
cGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGGAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATtgtg > 1:528933/1‑238 (MQ=255)
ggtgcagtgccGTTGAAATGGTTTTTTACGGTGTTCGTGGCGCTGGCTAAGGGTGGGTTTATTGCCGGATGGATTCTGGTGGTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTGGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGcc < 2:37000/230‑1 (MQ=255)
gcccggccGCTGAAAGCGTTCTTTACGGGGATCGGGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGa < 1:119056/232‑1 (MQ=255)
cACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GGGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGACCTCGGCGGTAGGGGTCATCATGTTGGTGCTGCTAATTGTGCCGaga > 1:433442/1‑237 (MQ=255)
aCGCCCGTTGAAATCGTTTTTTTCTGGGTTCGTGTCGCTGACTAAAGTTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGGGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGAGCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGTACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCATCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATaa < 2:201865/239‑1 (MQ=255)
gTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTACCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGACCTGCTCGGTGGCCCGGCCAGCCTCGTGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GGGTTTTTCAATACCCGCTACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGACGCGGACATCCAGTTTTTGCTCCTAATTTTGcccctatgtgggggttccaaaa > 2:149562/1‑219 (MQ=255)
tgATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGAGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCCGGGGCCTCGGGGGTAGCGATCATCATGTTGCCGCTGCGAAATGTGGCGGTAA‑TGTGGTTCGCCAAACACACGCacaaa > 2:257208/1‑239 (MQ=255)
tgttccGGTGGCTAAAGGGGGGTTTTTTTCCGGGTCGTGGCTGGTGTTTTGCCCGGCTGGGGGCGGGTTTGTGATCCCGGAACTGCCCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑g < 2:744905/235‑1 (MQ=255)
gcttagggTGGGATTTTTGCCGGATGTATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGGGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGGGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAaca < 2:728716/233‑1 (MQ=255)
attaaggggggtttttttGCCGGATCGTGTTTGGTTTTGACCCCGGTTTTGGGCGTGTTTGTGATCCGGGAATGGCTGGGTGGCCCGGACAGCATCATGTTCGGGCTGGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAtca < 2:433442/223‑1 (MQ=255)
ctaagtgggggATTTTTGCCGGAGCGGTGCTGGTGTTTACCCCGGGTGTGGGCGATTTTGTGATCCCGGAACTGCGCGGGGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATATCCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAaca < 2:559260/230‑1 (MQ=255)
cTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAGCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGGGGGCTAGTTTGGGATCCCGGAACGGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAaca < 1:647933/238‑1 (MQ=255)
ggATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGGTCATCAAGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCTATAA‑TGTGGTTCCACAAAAACCCGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑Gaaaccgggggagta > 1:418326/1‑227 (MQ=255)
ggATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGCTCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGGTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGG‑GAAACCGGTTGaaaa > 1:860038/1‑237 (MQ=255)
tatgGCCGGATGGGTTCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAAGTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCAGGATCGGGCGGGTGCTATGGAAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAAttt < 1:310393/239‑1 (MQ=255)
attGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGGTAA‑TTTGGTTCCACAAAAACCAGCAAAAAAGC‑CTGGGA‑GAACACGGATGAAAAAttt > 1:855309/1‑238 (MQ=255)
ggttcgtggttGGTGTTTATCCCGGATGTGGGCGGGTTTGTGATCCCGGAACTGCCCGGTGGCCCGGACAGCATCATGTTCGGGCGCGTTCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTa < 2:896440/229‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGTTTTCCCCGGCTGTGGGCGATGTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAgttcgtt < 2:253179/239‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGACCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAgttcgt < 1:585357/238‑1 (MQ=255)
tgtTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGAGATCATCATGTTGCGGCTGCTAATTTTGCCGGTAA‑GTTGGTTCCCCAAAACCCAGCAAAAAAGC‑GAGGGAGGAACA‑GGAGGAATAAttttacggaggttggttgacccc > 2:538831/1‑219 (MQ=255)
tttATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGC‑GAACACGGATGAAAAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTgg > 1:253179/1‑239 (MQ=255)
tATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGACCTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GTGTTTTTCAATAAACGCGACTGGCCGGCGGCCTCGGCGGTAGTGATCCTCCTGTATCTGCTGCTGCTTGTGGCGATAACTGTGTTGAGAC‑ACCCCCAACAACAACGC‑GCGGGG‑GAAACCGGATGAATAATTTACCGGTTgttagttcccacatgcg > 2:398697/1‑230 (MQ=255)
cccGGCTGTGGGCGATTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGAt < 1:562850/239‑1 (MQ=255)
gCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCCTCATGTTGCTGCTGCTAATTGGGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAAAACGGATGAATAATTTAACGGTAGTTCGTTCGCCCTGGGGGAGtggg > 2:809430/1‑237 (MQ=255)
tgGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTTTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGGTGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGGGAttt > 1:864067/1‑239 (MQ=255)
tgCGTGTTTGTGATCCCGGGACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTGCAATAACCGCGACTTGCCGTGGGCCGCGGCGGCAGAGGTCCTCAAGTGCCTGCTGCTACTTGTGCCGGTAA‑TGTGGGTCCCCAAACACCAGCCAAAAAGA‑GCGGGA‑GAAAACCAGTTGAGAATTAACCCGGCTTTCGTTCCCCCGGGCCGAGTGGGATTTtg > 2:517366/2‑239 (MQ=255)
tttggtctCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGAGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTgctgct < 1:789347/231‑1 (MQ=255)
tttGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTgctgct < 1:257208/238‑1 (MQ=255)
tgtgATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGAGGAATAATTTACCGGAAGTTCGTTCGCCCTGGCGGGTTGGGATTTTGCTGCTggg > 1:519367/1‑239 (MQ=255)
cccGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGGAGGGATCATCCTGTTGGTGCCGCTAATTGTGCCGATAA‑AGGGGGTCCACAAAAACCGGCAAAAAAGC‑GTGGGG‑GAAACCGGATGAATAAATAAACGGTAATTGGTTCGCCCTGGGGGGTTGGAGTTTTTGTGCTGGGGttt > 2:493809/1‑237 (MQ=255)
ccGGACCTGTCCGGGGGCCCGACCAGCATGATGGTCGGGCGCGTTCTATGGCAA‑GGGTTTTTCAAAACCCGCGCCGGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTAcc < 2:519367/239‑1 (MQ=255)
gactgtctcgtgtgCCCGGGCAGCTTCATGGTCGGGGGGGTGGTATGGGAA‑GGTTTTTTCAATAACCGCGGCGGGGCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCttt < 2:158378/226‑1 (MQ=255)
aaCTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCgg > 1:346390/1‑78 (MQ=255)
aaCTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCgg < 2:346390/78‑1 (MQ=255)
gcccGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGGGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTa < 1:225549/236‑1 (MQ=255)
cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGCTAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GGGGGG‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGGAGTTCGTTCGCCCGGGGGGGTTGTGGTTTTTTTGGTGGGGTTATCCttttctcac > 2:225549/1‑233 (MQ=255)
cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGTGTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GAGGGG‑GAAACAGGATGGATAATTTACCCGTAGGTCGTTCCCCCCGGGGGGTTGTGATTTTTGTTCTGGGCCTTACCTTTctctcc > 2:637339/1‑237 (MQ=255)
cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGATTAATTTTACGGGAATTCGTTCGCCCTGGGGGATTGGGATTTTTCTGCTGGGGTTTACCTTTATCTAc > 2:129548/1‑239 (MQ=255)
cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGTTGGGCTTTACCTTTTTCTa > 1:154661/1‑238 (MQ=255)
cTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGGGGGTCCCCAACCACCAGCAAAAAAACGGTGGGG‑AAACA‑GGAGGGATAATTTACCCGAAGATCGTTCGCCCCGGCGGATTGGGGATTTGCTTTGGGGCTTTACATTTttctcg > 2:296960/1‑237 (MQ=255)
tGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCCGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACCCCAGCAAAAAAGC‑GGTGGA‑GAACACGGATGAAAAATTTACCGGACGTTCGTTTGCCCTGGCGGGTTGGGATTTTGTTGCTGGGCTTTACCTTTTTCTACGCGcc > 2:738787/1‑239 (MQ=255)
ggCCCGGACGGCATCATGACGGGGCGGGTGTTAGGGCAA‑GAGTTTTGCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGcc < 2:864067/238‑1 (MQ=255)
cgCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgc‑tgatg < 1:129548/238‑1 (MQ=255)
aGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgc‑tgatg < 1:809430/239‑1 (MQ=255)
tttgtgggcggggggtggttATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGGGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgc‑tga < 2:635287/215‑1 (MQ=255)
ttttGATCGGGCCCGTGCTATGACAC‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGGAACGGTCATCATGATGTTGCTGCAAATTGGGCCGATAA‑GGTGGTTGCACCAACCCCCAGATAACACC‑GTAGAA‑GAACAAGGGTTAAGAATGTACCGGTAGCTCGCTCCCCCTGGGGGATTTGGATTTTGCGTCTGGGGTTTCCCTTTTCCCCGGCGCCGaggc‑tgatggggt > 2:501658/4‑235 (MQ=255)
tCGGGCGTGTTTTAGGGCAA‑GAGTTTTTCAATGCCCGCCGCTGGGCGGTGGCCTCGGCGGTAGCCATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTTGGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCt < 2:731007/239‑1 (MQ=255)
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ggaaa‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGGGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCt < 1:717479/236‑1 (MQ=255)
aa‑GGGTTTTTCAATACCCGGGGCGGGCCGGGTGCCTCGGGTGTAGCGATCAGCATGTTGCCGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACCGCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCg < 2:528933/238‑1 (MQ=255)
a‑gagTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTTTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAAAACCAGCAAAAAATC‑GGGGGA‑GAACACCGGTGAATAATTTCCCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGTGGATTGTGATTTTCCTCCTCGGCTTTACCTTTCTCCCCGCGCCAATGCGTGA‑GCTTGTTATTTTTTCTTTTAACAGTCCGaa > 2:593637/1‑239 (MQ=255)
|
TTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAA‑GAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAA‑TGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGC‑GTGGGA‑GAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGC‑TGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAA > NC_000913/896725‑897199
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
