Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,142,645 |
G→T |
19.8% |
L39F (TTG→TTT) |
frwC → |
putative enzyme IIC component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,142,645 | 0 | G | T | 19.8%
| 158.5
/ 4.4
| 74 | L39F (TTG→TTT) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/48); new base T (13/3); total (23/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
ATATTACAAAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCGTGGTGCAT > NC_000913/4142412‑4142882
|
atatTACAAAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCCTCCTTGTGTATgg > 1:804074/1‑239 (MQ=255)
atTACAAAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGCCATGTTGTGTGGcc > 1:174339/1‑238 (MQ=255)
atTACAAAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGGTTCCGTCCTGTTGTATGGc > 1:104366/1‑238 (MQ=255)
ttACAAAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCaa < 1:164088/239‑1 (MQ=255)
gttgtaaagggacaggCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTCCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 1:880028/225‑1 (MQ=255)
aaggTCCATAAAATGGGCTTTTTATCCACTTTTTTCACCGCCTGCTATTGCTTATTGTTTCCCCCATCAAAAATATGGACAGGGGCTTTCGAAAGCCCGGGAACAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 2:843330/236‑1 (MQ=255)
aaatttctgTAAATGGCTTTTTTTACCACTGTTTTCCCCGCCTGCTATTGCCCATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGAAAGCCCGGGATCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 2:859027/231‑1 (MQ=255)
aaatgccAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 1:4308/234‑1 (MQ=255)
aaaGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 1:110290/239‑1 (MQ=255)
aaaGGCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCAATGGTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTGCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGATTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGGTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 1:749662/239‑1 (MQ=255)
aattCCCGTAAATTGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGGGATTGCCTATTGTTTCCTCCAACAAAAATATGGACATGGGCTTTCGAAAGCCCGGGAGGAGCGTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcgc < 2:896506/236‑1 (MQ=255)
aGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGAATTTTGCTGGC‑GGTTTCCCTCCTGTTTTCTGGCAAAAGCGCa > 1:535841/1‑239 (MQ=255)
tCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGGTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTTCACCCCGTTGTATGGTACAGGGGCA‑Gt > 1:481194/1‑239 (MQ=255)
aattGGCCTTTTTACCCACTTTTTGCCCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCAACAAAAATATGGACATGGGCTTTCGAAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCgg < 2:535841/235‑1 (MQ=255)
ggCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGAATTTTGCTGGC‑GGATTTCCTCTTGTTTTTTGGACAAGgcgcgatgacggggtcc > 1:376184/1‑226 (MQ=255)
ttttAACCAGTGTGTGCCCCGCCGGCGGTTGCCTAGTGGTTCCTCCATCAAAAATAGGGACAGGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATGTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGc < 1:809868/239‑1 (MQ=255)
ctttttGCCCCGCCTGCGTTTTCCTTTTTGTTCCGCCAACAAAAATATGGCCATGGGCTTGCGCAAGCCCGTGGGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATTCCCGGCAGCAGTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCaaa < 2:376184/236‑1 (MQ=255)
tGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGGATTTTGCTGGC‑GGGTTCTGCCTAGTTTTGTGGAAAAGGAGCG‑GTGGCggggggcggaggcggagacaat > 2:646868/1‑219 (MQ=255)
gTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGGTTTCTTCCTGTTTTATGGCAAAGGGGCA‑AGGGCGGATGT‑CCGAGCCCG‑TCCAAAtt > 1:427275/1‑238 (MQ=255)
tGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAACATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCATTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTTCGGCTCTCTGTTTGTGAAAGGGGGA‑ATGCCGGAGGG‑CGTAGCCggcccacaccaga > 2:859874/1‑227 (MQ=255)
cGCCTGCTATTGCCTTTTTTTTCCTCCATCAAAAATAGGGACATGGGGTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTGCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGaaaaaa < 2:619316/239‑1 (MQ=255)
gCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGTGAGCAGCTTATGCATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGTCGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCCTGC‑GGACTTTGTCATCCTTTATGGGAACCGCGCG‑GTGGCGCGTGC‑CGtttactacctaccactgcacaaa > 2:30362/1‑216 (MQ=255)
gCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTTCTGCATGTTGTTTGGCAAAACGCCA‑ATGGCGGAGGC‑CGTAGcgcacacacaactgaacaa > 1:101015/1‑219 (MQ=255)
gCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCCTGTTGTATGGCCAAGGCGCA‑GGGCCGGAGGC‑CCTAGCCGG‑TCCCAACCTGcaaaa > 1:643443/1‑237 (MQ=255)
gCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGACGGGATTTTGCTGGC‑GGGTTTCTTCTCGTTTTATGGGAAAGGCGCA‑GGGCCGGGAGCGCGT‑GCCGA‑CGCAAAACTGaaaaaaa > 2:693020/1‑238 (MQ=255)
aTTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGGTTCCTGCATGTTGTTTTGGAAAGGCGCG‑GGGCCGGGGGC‑CGGGACCGC‑ACCCAATCTGaaaaaaaatgttgt > 2:649369/1‑231 (MQ=255)
ccTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCTTCACTTTTTTTGGGCAAGGGGCAGGTGCC‑GATGC‑CGGAGGCCA‑TCCAACTTTGGAAAAAATGTTTGattta > 1:236577/1‑236 (MQ=255)
tGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCACGTTTTATGGCAAAGGGGGC‑GTGCCGGATGC‑CGTACGCGA‑TCCCAAATTTAAAAAAATGTTTTatttttcggt > 1:705317/1‑231 (MQ=255)
ttCCTCCTACAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATTCCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGc < 1:190970/239‑1 (MQ=255)
tgtctagaTCAAAAATATGGACAGGGGCTTTCGAAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCGGAAAAATTCCCGTCAGCATTTAATGACGGTCGTCTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGTTATCGGGTGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTTTATGGCAAAGGCGCA‑TTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGc < 1:369994/232‑1 (MQ=255)
tccATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTTCGTCATTTTGTATTGCCAAGGCGCAGGTGCGGGTTG‑‑CGGATCCGAGTCCAACT‑TGGAAAAACATTTTTAGATCGGCGtttggggg > 1:567334/1‑233 (MQ=255)
atatGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGa < 1:290018/239‑1 (MQ=255)
tttGGACATGGGGTTTCCAAAGCCCGGGGGCAGTTTATTAATGGGTTGGTTCAGATCCTGAAAAATCCCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGAt < 2:303030/237‑1 (MQ=255)
atGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTTTATGGCCAAGGGGCG‑GTGCCCGAAGC‑CGTAGCCGA‑TCCCAAATTGAAAAAACTGTTTTATATCGGCGGTTCGGGG‑tttgcgcgcttg > 1:845608/1‑229 (MQ=255)
atGGACAGGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGGTTATGAATGAGTTGGGGTAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATg < 1:892857/239‑1 (MQ=255)
ggaTGGGTTTTCGCAAGCCCGGTAGCAGTTTATAAAAGAGTTGGTGAAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGCGGGTCGTTTCACACATG‑ATTCCCGTCGTGGGATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTGGTATGGCGAAGGCGCG‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTg < 2:831115/236‑1 (MQ=255)
ggCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTTCGGTATGTTTGTTTGCAAAAGGGCG‑GGGTCCGGTGC‑CGCATCCCG‑TCCAAAACTTGAAAAACCGTTTGTTATGCGGGCTGGGGGCGTTGACGcggggggggccct > 2:734300/1‑226 (MQ=255)
ggCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATTGCAAAGGCGCC‑GGTCCGGATGC‑CGCAGCCGG‑TCCCAATCTGAAAAAAATGCTTGGTATCGGCGTTGCCGGG‑TTTACGCTGATGGTGCCttt > 1:29350/1‑238 (MQ=255)
ttccccacccccGGGGCAGTTTTTGAATGGGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCg < 2:474374/231‑1 (MQ=255)
ggaaggCCCGTGGGCAGTTTTAGAATGGGTTGGGTAAAGTCCTGAAAAATACCCGCCAGAATGTAATGGGGGGCGTTTCACACTTG‑ATTCCCTTCGTGGTATGGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCAAGTTTTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGTTGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCa < 2:62450/234‑1 (MQ=255)
ccgggggatgattATGATTGGGTTGGTGCAGATACGGAAAAACACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCCAAAATG‑GTTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCACGCAGCGTAc < 2:174339/227‑1 (MQ=255)
ccGGGGGCCGCTTATGAATGGGGTGGTGCAGATCCTTGAAAATGCCCTGCAGCATTTAATGACGGGCTGTTCATACCGT‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCAGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACa < 2:705317/239‑1 (MQ=255)
ccGGGGGCAGCTTATGAAGGAGTTGGTGCAGATCCGTAAAAATCCCCGTAAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCAGGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTCCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACa < 2:603899/239‑1 (MQ=255)
ccGGGCACAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATGCCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACGCATG‑ATGCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACa < 1:337994/239‑1 (MQ=255)
ccGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTGTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACa < 1:548565/239‑1 (MQ=255)
tATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCa < 1:649369/239‑1 (MQ=255)
gttttGGGGCAGATCCTGAAAATTCCCCGTTAGGTTTTAAGTGCGGGCGGTTCACACATG‑ATTCCCTTCGGGGGATGGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCaga < 2:359892/236‑1 (MQ=255)
gaGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATCCCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCaga < 1:485331/239‑1 (MQ=255)
gATCCTGAAAAATCCCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTgcg < 1:156891/238‑1 (MQ=255)
aCCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTTCGTCATGTTTTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAACCGG‑TCCACATCTGTAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCCTATGGTGCCTTTCCTCTCAGCGGACATCGGGTTTTCCCATTCAGAGCGTTCcgcggcgtcgccgggc > 2:823264/1‑225 (MQ=255)
cGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCGTCGTGGTATCGGGCGGTACTTTGCTGGC‑GGGTTCCGTCATGTTGTATGGCAAGGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCATAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTAt < 1:65965/239‑1 (MQ=255)
gCATTTAATGACGGGCGTTTCCCACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTg < 1:479580/239‑1 (MQ=255)
aTTTAATGACGGGCTTTTCCCACATG‑ATTCCCTTCGGGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGc < 1:823264/238‑1 (MQ=255)
ttttATGACTGTCGTTTCCCA‑ATGTATTCCCTTCGTGGTTTCGGGCGGTTTTTTGCTGGC‑GGTTTCCTTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCCTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCt < 2:374787/239‑1 (MQ=255)
tttAATGACGGGCGTTTCCCACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCt < 1:504755/239‑1 (MQ=255)
tttAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCt < 1:646868/239‑1 (MQ=255)
aaTGGCGGGCGTTTCCCTCTTG‑GTTCCCGTCGTGGTATCGGGGGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGGATGGAAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTggg < 2:29350/239‑1 (MQ=255)
aaTGACGGGCGTTGCACACATG‑ATTCCCGTCGTGGCATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGCGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTggg < 1:859874/239‑1 (MQ=255)
cGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGGTTTCCG‑CATGTTTTATTGCAAAAGCGCA‑GTGCCGGGTGC‑CGTTGCCTA‑ACCCAATCTGTAAAAACTGTTTGAGTTCTGGGCTGCGGGC‑GTGACGCCTGTGGGGCCTTTTCTCCCGCCGCTCATCTGTTATTTCCTTTCCGAGCGGTCTGCGCCGGCCCCGTggccccccgtggccgggggtggg > 2:14471/1‑217 (MQ=255)
cGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGGCCTTTTTTTTGGCCAAGGCGCA‑GTGGCGGATTC‑CCGAGCCGG‑TCCAAATATGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑GTTACCCGGATGGGGCCTTTCCCCCCCGGGGACACTGGTTTTTCCATTGCACAGCGTTTTTCCCTCGCTCCGCGCCCTTTCCGGGCCCgggggggg > 2:842325/1‑234 (MQ=255)
tgcacacaTG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCg < 1:43088/206‑1 (MQ=255)
caTG‑GTTCCCTTCGTGGTTTCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTg < 1:320195/239‑1 (MQ=255)
caTG‑GTTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTAGTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTg < 1:634419/239‑1 (MQ=255)
tG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCg < 1:321206/239‑1 (MQ=255)
tG‑ATTCCCTTCGGGGTAGCGGGCGGTAGTGTGGGCGC‑GGTTTCCGGCATGTGGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGAGGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCg < 1:30362/239‑1 (MQ=255)
aTTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTc < 1:463325/150‑1 (MQ=255)
cccTTCGTGGTATCTGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCAGGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGctt < 1:494871/239‑1 (MQ=255)
cTTCGGGGTATCGGGGGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGcttct < 1:253274/239‑1 (MQ=255)
ttCTTGGTTTGGGGGTGTTTTTTGGTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GGGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGcttctt < 2:481194/239‑1 (MQ=255)
cGTGGTTTCGGGCGGTATTTTGCGGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGt < 1:100822/210‑1 (MQ=255)
c‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATcgg < 1:565967/238‑1 (MQ=255)
ttCCGTCATTTTTTATGGCAAAGGCGCC‑GGGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCTTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCa < 2:236577/239‑1 (MQ=255)
gTCATGTTGAATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGAATGC‑CGTAGCCGT‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCgt < 1:440935/239‑1 (MQ=255)
gTCAGGTTGTATGGCAAAGGGGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCgt < 1:889540/239‑1 (MQ=255)
tgtATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCGTGGTGCAt < 1:687644/239‑1 (MQ=255)
|
ATATTACAAAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATG‑ATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGC‑GGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCA‑GTGCCGGATGC‑CGTAGCCGA‑TCCAAATCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGC‑TTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACATCGGTTATTCCATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCGTGGTGCAT > NC_000913/4142412‑4142882
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
