Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F9 I0 R1
|
131 |
136.1 |
2723430 |
98.1% |
2671684 |
229.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
551,236 |
T→G |
16.6% |
G266G (GGT→GGG) |
ybcF → |
putative carbonate kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 551,236 | 0 | T | G | 16.6%
| 219.2
/ 6.1
| 80 | G266G (GGT→GGG) | ybcF | putative carbonate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/61); new base G (14/2); total (17/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-11 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGG > NC_000913/550999‑551472
|
gCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGt < 2:200419/238‑1 (MQ=255)
atgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCACAGCCGCTGGTTCGATGGGGCCGAACGTAACGGCGGTGTGGGGttgtatgcgaagc > 2:1136896/1‑228 (MQ=255)
atgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAg < 1:646272/238‑1 (MQ=255)
tgacggaGCAGGGAGTGTAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGc < 1:39733/238‑1 (MQ=255)
tgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGc < 2:159687/238‑1 (MQ=255)
tgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGc < 1:971165/238‑1 (MQ=255)
ggAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGCGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAc‑c > 1:277281/1‑238 (MQ=255)
gTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑Ccgc < 2:995791/238‑1 (MQ=255)
gTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCACGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑Ccgc < 2:588139/238‑1 (MQ=255)
gAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑Ccgcg < 2:770990/237‑1 (MQ=255)
gAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑Ccgcg < 1:255867/237‑1 (MQ=255)
aGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGGGGGGGGGGATGTCGGAAACCCGGGGAAAAc‑cccgagggtga > 2:1313091/1‑230 (MQ=255)
tgattgatAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACCGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGGGGGGGGTTATGTCAG‑ACACCGGGGGGAAC‑CCCCGCGGGTT‑ggg > 1:395187/1‑239 (MQ=255)
aGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGCGTGGGTATCTTGG‑CAGTCCGGTTAAAA‑CCGCGTGGCGT‑GGGGGGTTTTcgc > 1:433091/1‑239 (MQ=255)
aTCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGGGGGTATGTCAG‑AAACCGTGGTAAAC‑CCGCGCGGGTT‑GGGGGGGTATCGCGa > 1:320809/1‑239 (MQ=255)
tctcGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCCTCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGaa < 2:899876/239‑1 (MQ=255)
ctcGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAAt < 2:796645/239‑1 (MQ=255)
gccgcTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGGTCTGTCAG‑AAACCGTGGGGAAG‑CCGCGGGGGGT‑GGGGGGGGATCGCGGAttta > 1:111461/1‑237 (MQ=255)
tGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGTGTGGGGCTGTGTG‑AAACCGCGGCGAACACCGGGGGGGTT‑GGGG‑GTGTTCGCGCATTGTAg‑aga > 2:656723/1‑239 (MQ=255)
tGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGGTGTGTCCG‑AAGCCGGGGGCAGC‑CCGCCGGGGCT‑GGGGGGGTGTcgcggagttacagggcggtg > 2:1070460/1‑223 (MQ=255)
tcgcctggaagagTAGTGCAGAGGGAGTGGTGAGCCTCACCGGTGATGTTGCGGTATATTAAAAGTGCGGAACGCGGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCTTCATCGGGTGAGTTAGCGCCATTTGCTAATTCCGATGGTTCGATGGGGCGGAATGTAACGGGGGAGAGTTGTTAGGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGCCATGATAGCGAATTGAAG‑ACACGC‑Tgtc < 2:24277/229‑3 (MQ=255)
cGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑Tggc‑gggcg < 1:1149199/239‑1 (MQ=255)
cGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGGTGTGTCAG‑AGACCGGGGGAAAC‑CACCGGGGGTT‑GGGGGGGGGTCGCGAAATGAAG‑AGGCGG‑Tggg‑ggggg > 1:708740/1‑237 (MQ=255)
aGATTAATGCAGATGGGCTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGAGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑Cg < 2:471698/239‑1 (MQ=255)
gATTAATGCAGATGGACTGGTGTTCCTCACCGATGCTGATGCGATATATGAAAACGGGGGAACGCCGCAGTAACGTGCCATTCGCCGTGCCGCAGCGGATGAGTTAGCGCCACTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGGAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑Cg < 2:590344/238‑1 (MQ=255)
aTTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGtt < 1:151486/163‑1 (MQ=255)
ttAATGCAGATGGATTGGTGATCCTCACCGATGCTGAGGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑Cggg < 1:89707/238‑1 (MQ=255)
ttAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑Cggg < 2:848190/238‑1 (MQ=255)
ttAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑Cg < 1:175282/236‑1 (MQ=255)
aaTGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGAc < 2:22431/239‑1 (MQ=255)
tGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGCGGGGGGATGGCCG‑AAGACGGGGGAAAA‑CCCCGCGGGGT‑GGGGGGTGGTGGCGGATTGTAA‑AGGAGG‑Tggc‑ggggggggggggggggg > 2:956984/1‑225 (MQ=255)
aTGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGGGGGGGTATTTTAG‑AAGCCGGGGGAAAA‑CCCCGGGGGTT‑GGGGGGGTTTTGCGGATTGAAA‑AGAGACGGGGC‑GGGGGAGG‑GGGGGGCCTGttt > 1:247237/1‑237 (MQ=255)
aTGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGGGGGGGTATGTCAG‑AAGCCGTGGGAAAC‑CCGCGGGGGTT‑GGGGGGGTATCGCGGATTGAAG‑AGAAGC‑TGGCGGGGGGAAG‑CGGGGGccggatt > 1:1257092/1‑234 (MQ=255)
aTGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGGGAGTGGTTTTTTCCG‑GAACCGGGGGGAAC‑CCGCGTGGGCT‑GGGGGGGTGTTGCGAATTTAAGAAGACGC‑‑ggg‑gggcgggggggggggcccgcgt > 2:393797/1‑222 (MQ=255)
aCTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGGGTGGGTTTGGTAGAAAGCCG‑GGGAAAC‑CCCCGGGGGTTGGGGGGGTGTTGGCGAATTG‑AG‑AAACGG‑Cggc‑gggcggggacggggcgccggttttc > 2:1287477/1‑218 (MQ=255)
tGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTg < 1:180746/239‑1 (MQ=255)
ccTCACCGATGCTGATGCGGTATTTGAAAACCGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGt < 1:1276351/239‑1 (MQ=255)
ccTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGt < 1:998571/239‑1 (MQ=255)
ccTCACCGATGCTGATGCGGTATAAGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAGC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGt < 1:1136896/239‑1 (MQ=255)
ccGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTCAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCa < 1:1275342/239‑1 (MQ=255)
tGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAg < 1:1097284/239‑1 (MQ=255)
tGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAg < 1:733742/239‑1 (MQ=255)
tataTGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTa < 1:927528/220‑1 (MQ=255)
aaaCTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGc < 1:172610/238‑1 (MQ=255)
aCTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGGGGGTATGTCAG‑AAGCCGGGGTAAAA‑CCGCGTGGGTT‑GGGGGGGTATCCCGAAATGGAA‑GGAAGC‑TGGC‑GGGGGGAGCCGGGGGCCGGTTTTTCCCTGTGGCGTTAGGCTTTAGAATTTTTTGCTTGagggga > 1:1222817/1‑234 (MQ=255)
cTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACg < 1:433121/239‑1 (MQ=255)
ggggAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGGTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGGGGGTT‑GGGGGGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGGGGAG‑AGGGGGCCTGGATTTTGTTGTAGTTGTAGGCATTTAAAATTTGTGCCGGTTGGCACGCt > 1:992441/1‑239 (MQ=255)
aaCGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGa < 2:922004/238‑1 (MQ=255)
aaCGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGa < 2:789949/238‑1 (MQ=255)
aaCGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGa < 1:1070460/238‑1 (MQ=255)
aaCGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATc < 1:1343389/238‑1 (MQ=255)
aaCGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATc < 1:656723/238‑1 (MQ=255)
gCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCt < 1:966742/239‑1 (MQ=255)
gCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCt < 1:1313091/239‑1 (MQ=255)
tGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATc < 1:686289/222‑1 (MQ=255)
cacaCCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCg < 1:956984/238‑1 (MQ=255)
cacCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCAt < 1:335771/239‑1 (MQ=255)
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tGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACCTTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGc < 1:996688/239‑1 (MQ=255)
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cggTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAAt < 2:320809/238‑1 (MQ=255)
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gTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAAt < 1:1267232/229‑1 (MQ=255)
|
GCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAG‑AAGCCGTGGTAAAC‑CCGCGTGGATT‑GGGGCGTTATCGCGAATTGAAG‑AGACGC‑TGGC‑GGGCGAAG‑CGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGG > NC_000913/550999‑551472
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
