Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F9 I0 R1
|
131 |
136.1 |
2723430 |
98.1% |
2671684 |
229.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
602,635 |
A→G |
10.9% |
E226G (GAG→GGG) |
pheP → |
phenylalanine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 602,635 | 0 | A | G | 10.9%
| 349.5
/ 2.8
| 119 | E226G (GAG→GGG) | pheP | phenylalanine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/69); new base G (13/2); total (48/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AACGCCGTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTG‑GCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCA > NC_000913/602397‑602867
|
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gCCGTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGa > 1:806263/1‑236 (MQ=255)
cGTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTCCGGCGGTCTGGAGCTg < 1:221308/238‑1 (MQ=255)
gTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGAt < 1:115944/239‑1 (MQ=255)
gTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGAt < 1:701515/239‑1 (MQ=255)
gTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGGAATTATGTTCTCCTTCGGCGGGCTGGGGCTGATTGGGGTTat > 2:955419/1‑238 (MQ=255)
tGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTAc < 2:1193295/238‑1 (MQ=255)
tGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTAc < 1:246692/238‑1 (MQ=255)
tGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCAGCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTAc < 1:137477/238‑1 (MQ=255)
gAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACt > 1:799071/1‑238 (MQ=255)
cGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGGAATTATGTTTTCCTTCGGCGGGCTGGGGCTGGttttgtgtcttatac > 2:435617/1‑226 (MQ=255)
tGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGcc > 1:1136908/1‑236 (MQ=255)
cgcTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATTTTCTCCCTCGGGGGGCTGGGGGTGGTTGGGGTTACTTCCggtta > 2:1235414/1‑235 (MQ=255)
tatGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAgcgcg < 1:813762/239‑1 (MQ=255)
cGACACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTGTGGAGCTGATTGGGGTTACTGGCGCTGAAGCGCGCGag > 1:733215/1‑237 (MQ=255)
gAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATc < 1:1265045/238‑1 (MQ=255)
cGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGaaa > 1:324562/1‑239 (MQ=255)
tCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGc < 2:942882/239‑1 (MQ=255)
gCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCaaa < 2:939290/239‑1 (MQ=255)
gCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCaaa < 1:281008/239‑1 (MQ=255)
gCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCaaa < 2:1349151/239‑1 (MQ=255)
tGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGc < 1:228285/238‑1 (MQ=255)
aTTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGGTTACTGCCGCTGTAGCGCGCGATCCGGGAAAAAGC‑ATTTCAAAAGCggg > 2:652975/1‑238 (MQ=255)
ttAAAGTGCTGGCAATCATCGGGATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGt < 1:987167/238‑1 (MQ=255)
aGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGGCATTTTGTTTTCCTTCGGCGGTCTGGGGCTGGTTGGGGTTTCTTCCCCTGTAGCGGGCGGTCCGGGAAAAAGG‑ATTCCAAAAGCGGGAAATc > 2:542502/1‑239 (MQ=255)
gCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAgg < 1:341706/239‑1 (MQ=255)
ggggCAGTCATCGGTATGAGCGGGTCGGGCCTGGGGCTGGTGTTTTATGATCACGGCGGCGTGAAAACCAGTATCGTCAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGTTACCGGCTTGAATGGGCTGATTTTGTCGCTAGCTGTAATTATGTCCTCCATCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGTATAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAgg < 2:7569/236‑1 (MQ=255)
ctggcgaggatcGGTATGAGCAGCTTTGGGCTGTGGCTGCTGATTTCTGGACGCGGCGGAGAGAATGCCAGTATCGACGACGTGTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCGCCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAGGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATACCAAAGGCGGTAAATCAgg < 2:9196/229‑1 (MQ=255)
tGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAggtg < 2:4820/239‑1 (MQ=255)
ggCAATTCTCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCGGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAggtg < 2:1329968/238‑1 (MQ=255)
gCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTTTGTTTTCCTTCGGCGGGCTTGGGCTGGTTGGGGTTACTGGCGCCTAAGCGCGCGAACCGGGAAAAAGCAATTCCAAAA‑CGGGTAATCAgggggt > 2:1326743/1‑239 (MQ=255)
cAATCATCGGTATGGTCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAggtggt < 2:549789/238‑1 (MQ=255)
cAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAggtggt < 2:761006/238‑1 (MQ=255)
cAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAggtggt < 1:617939/238‑1 (MQ=255)
atcatcGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTa < 2:1318095/239‑1 (MQ=255)
atcatcGGTATGATCGGCTTTGGCCTGGGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTa < 2:959339/239‑1 (MQ=255)
catcGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTTTGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTTGGGTTACTTCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAACGGTAAATCAGGTGGTGTATc > 1:1175330/1‑239 (MQ=255)
catcGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTTATGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATc > 1:967524/1‑239 (MQ=255)
catcGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGGTTGGGGCTGGTTGGGATTACTGCCGCTGTAGCGCGCGATCCGGGAAAAAGG‑ATTCCAAAAGCGGGAAATCCGGGGGGGGATc > 2:379441/1‑239 (MQ=255)
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tGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCctg < 2:967524/239‑1 (MQ=255)
tGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCctg < 1:892834/239‑1 (MQ=255)
tGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCctg < 1:297839/239‑1 (MQ=255)
gATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTGCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATGTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCctgc < 1:519806/239‑1 (MQ=255)
gtCGGCTTGGGCCTGGGGCTGCTGTTTTCTGGTCGGGGCGGCGAGAAAGCCGGTTTCGACACCCTCTGGCGCTACGGTGTTTTCTTCGCCCCCGGCTGGAGGGGGCTGATTTTGTCGCGGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGGGCTGATGGGGATTCCTGCCGCTGAAGCGCGCGACCCGGAAAAAAGC‑TTTCAAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCACCctg < 2:434350/236‑1 (MQ=255)
ggCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTTTGTTTTCCTTCGGCGGGCTGGAGCTGATTGGGGTTTCTTCCGCTGGAGCGGGCGGTCCGGAAAAAAGC‑CTTCCCAAAGCCGGAAATCAGGTGGTGTATTGCATCCTGGTGtt > 2:245476/1‑239 (MQ=255)
cTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCaaa < 1:13980/201‑1 (MQ=255)
cTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGGAATTATGTTTTCCTTCTGCGGTCTGGGGCTGGTTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGAGCCGGGAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTCAATCAGGTGGGGTATCGCATCCTGACGtttt > 2:594334/1‑239 (MQ=255)
tttGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTTATTTTGTTTTCCTTCGGCGGTCTGGGGGCTTTTGGGATTACTGCCGCTTAAGCGCGCGATCCCGGAAAAAGC‑CTTCCACAAACGGGAGATCCGGTGGTGTAACGCATACTTCTGtttt > 2:499039/1‑238 (MQ=255)
tGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACa < 1:1274141/239‑1 (MQ=255)
ggCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACAt < 2:1136908/239‑1 (MQ=255)
ggCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACAt < 1:138360/239‑1 (MQ=255)
ggCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACAt < 1:373462/239‑1 (MQ=255)
tgGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGGATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTc > 1:1267063/1‑239 (MQ=255)
ggCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTTTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCa < 2:980334/239‑1 (MQ=255)
ggCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTc < 1:542502/238‑1 (MQ=255)
tggttgtttCTGGTAACGTCGGCGAGAAAGCTGTGATGGACATCCTCTTGCGGAACGGTGGCTTCTTCGTCACCGCCTTGAATGGGCTGATTTGGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCAGGAGCTGATGGGGATTACTGACGCTGACGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTTCATCGGTTCACtg < 2:132490/233‑1 (MQ=255)
ctgTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCCGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTTTGTTTTCCTTCCGCGGGCTGGGGCTGATTTGGGTTACTGCCGCTGGAGCGCGCGGTCCGGGAAAAAGC‑ATTTCAAAAGCGGTAAATCAGGGGGGGTGTCGCAACCCGCCGTTTTTAATTGGGTCACtggt > 2:10362/1‑239 (MQ=255)
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AACGCCGTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGC‑ATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTG‑GCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCA > NC_000913/602397‑602867
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
