Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F9 I0 R1
|
131 |
136.1 |
2723430 |
98.1% |
2671684 |
229.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,764,648 |
T→A |
12.5% |
intergenic (‑262/+65) |
sufA ← / ← rydB |
Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,764,648 | 0 | T | A | 12.5%
| 241.2
/ 5.0
| 75 | intergenic (‑262/+65) | sufA/rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/22); new base A (2/8); total (45/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGG > NC_000913/1764410‑1764883
|
tCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGt > 1:467131/1‑239 (MQ=255)
cAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTa < 1:257965/239‑1 (MQ=255)
cATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑g > 1:1209306/1‑239 (MQ=255)
cATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑g > 2:1178236/1‑239 (MQ=255)
tGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑Gtt < 1:972545/239‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑Gt > 1:1199533/1‑238 (MQ=255)
tGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATAAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑Gtt < 1:920266/239‑1 (MQ=255)
tAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAg > 2:593038/1‑239 (MQ=255)
aGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAACCGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGa > 1:772928/1‑239 (MQ=255)
aTAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGa < 1:714797/235‑1 (MQ=255)
aTAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGa > 2:714797/1‑235 (MQ=255)
gagtATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTACAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGaaa < 2:218656/236‑1 (MQ=255)
gATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGaaa < 2:772928/239‑1 (MQ=255)
ttCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGa > 1:1208056/1‑221 (MQ=255)
ttCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGa < 2:1208056/221‑1 (MQ=255)
cccAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCtgt < 2:467131/239‑1 (MQ=255)
cccAGCAAACGCAGGAGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGAAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCATTAAGTCtgt > 2:1180907/1‑239 (MQ=255)
aGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCa > 2:353174/1‑204 (MQ=255)
aGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCa < 1:353174/204‑1 (MQ=255)
cAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGac > 1:1119622/1‑239 (MQ=255)
tACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATaa < 1:715684/201‑1 (MQ=255)
tACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATaa > 2:715684/1‑201 (MQ=255)
gTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑Ct > 1:261981/1‑238 (MQ=255)
gCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCg < 1:115967/239‑1 (MQ=255)
tGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTAtct < 1:593038/239‑1 (MQ=255)
gCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTAtct > 1:592219/1‑238 (MQ=255)
cTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTcc > 1:657368/1‑239 (MQ=255)
gATGTGTGGGTTAACAGGCCCGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGAAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGAGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGc > 1:151267/1‑238 (MQ=255)
gtgGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGa > 1:707015/1‑239 (MQ=255)
gtgGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGGATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGa > 1:3249/1‑239 (MQ=255)
gggTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAg > 1:841726/1‑239 (MQ=255)
cAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGAt > 2:374688/1‑239 (MQ=255)
tAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataa < 2:592219/238‑1 (MQ=255)
aTTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCa < 1:530194/238‑1 (MQ=255)
ctcATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGATGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTaa > 2:861087/1‑238 (MQ=255)
ctcATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTaa > 1:1012491/1‑238 (MQ=255)
tGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGAAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACccgcc > 1:86467/1‑239 (MQ=255)
aGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGttt > 1:223792/1‑239 (MQ=255)
tGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAacac > 2:388411/1‑239 (MQ=255)
tatCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaata > 2:194810/1‑201 (MQ=255)
tatCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaata < 1:194810/201‑1 (MQ=255)
aaGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGAt > 2:928864/1‑189 (MQ=255)
aaGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGAt < 1:928864/189‑1 (MQ=255)
aaGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTa > 2:534299/1‑239 (MQ=255)
aaGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACACCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTa > 1:236/1‑239 (MQ=255)
ggAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTAt < 1:652431/148‑1 (MQ=255)
ggAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTAt > 2:652431/1‑148 (MQ=255)
cATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtatta > 1:306587/1‑239 (MQ=255)
aTTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtattat > 1:567609/1‑239 (MQ=255)
aTTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtattat > 1:554824/1‑239 (MQ=255)
aTTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtattat > 1:173793/1‑239 (MQ=255)
aaaggctggaaaaaaaaaaaaaaagTTGAATTA‑AAATAAACTATTTAAGAGAAAGGTAAAAAAGGGCAGC‑TTTAAAAAAAAAAAAACCCCTTAAGTCTGCGCGACACA‑GTTTAATGGTTTCCCCCCCCACCCGGCGTTTATCCCCGCCATTCTAAGTGTCTTATCTTTTGAAGGGGCGATAAAAATATTTTCATAAATCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAttt < 2:567609/226‑1 (MQ=255)
aaaGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTA‑AAAATAACTATTAAAGAGATAGGTAAAAAAGTGAAGC‑GTTCAGAAAAAAGAAACCCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGTTTC‑CTACCCCATCCGGCGTTTATCTCCGGCCCTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTAAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAttt < 1:1178236/238‑1 (MQ=255)
atgtaaaaaaaaagaaaaagTTGTATAG‑AAAATGAATATTAAAGAGAGAGGAAAAAAAGGACAGC‑TCAAAAAAAAAAGAAACCCCTAAAGTCGGGTCAAACCCGCCTTAGGTTTTT‑CCCCCCCCCCGGGCTCTTTTCCCCGGCACTCTCAGTGCCTTACCTTTAGAGGGGGTAATAAAAATAATCAAAAAAACCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTg < 2:554824/229‑1 (MQ=255)
tgaaaaaaaaaagaaaaag‑TGTAATGAAAAATAATAATTAAAGAGAAAGAAAAAAAAGGGCGGC‑GTTAAAAAAAAAAAAACCCCTAAAGTCTGGGCGACACAGGCTTAAGGTTTT‑CTCCCCCACCCGCCGCTAACCCCCGGCACTCTCAGTGGTTTAGCTTTGGAAGGGGCGATAAGAATAATCTAATAAAGCAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa < 2:223792/231‑1 (MQ=255)
ggtaataaaaaaaaaaaagTTGTTTAA‑AAAATGATTATTAAAAAGATAGATAAAAAA‑TGCCCCTATTAAAAAAAAAAAAACCCCTTAAGTCTGGGCGCAACAGGCTTAAGGTTTT‑CCCCCCCCGCCGGCGTTTCTCTCCGCCCCTCTGAGTGCTTTGTCTTTTGAAGGGGCAATAAAAATAATCTCAAAAAGTCACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa < 2:173793/231‑1 (MQ=255)
gtgATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATACAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGCATAAtttttacaca > 2:901599/1‑234 (MQ=255)
gtgATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACa > 1:283618/1‑239 (MQ=255)
tgatgaAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataat > 1:1021342/1‑181 (MQ=255)
tgatgaAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataat < 2:1021342/181‑1 (MQ=255)
tgatgaAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACaa > 1:173976/1‑239 (MQ=255)
tgatgaAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACaa > 2:782613/1‑239 (MQ=255)
aaagaaaaagTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAg > 1:767235/1‑238 (MQ=255)
aagaaaaatTTGGATTA‑AAAAGGACTATTTAAGAGAAAGCAAAAAAAGGACAGC‑TTTAAGAAAAAAAAACCCCCTTAAGTCTGTGCACCACAGCCTTAAGGGTCT‑CTGCCCCATCCGGGCCTAATCGCCGACCCTCTCGGGGGCTGAGATCTTGAGGGGGTAATAAGAAGATTTCAAAAAAACTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGc < 2:1209306/239‑1 (MQ=255)
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aaaaaaaagTTATATGA‑AAAAAGATAATTAAAGACATAGATAAAAAAGTGGGGC‑CTTAAAAAAAAAGAAACCCCTTAGTTCTGCGGCACACGGTCTAAAGGTTTC‑CACCCCCCTCCGGCGCTTAGCCCCGCCCCTCTCTGTGGAGCAGCCTTTAAAGGGGATAAAAGAATAATCTAAAAAAGAAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGc < 2:3249/236‑1 (MQ=255)
aaaaaagTGGTAATA‑AAAATAATTATGAAAGAAAGAGGAAAAAAAGTGCAGG‑GTTAAAAAAAAAAAACACCTTTAAGTCTGTGCGACAAAGTCTAAGGGGTTT‑CTACCCCACCCGGCGATTATCCCCGCCCTCCTAGGTGGTTTAGCTCTAGAAGGGGGAAAAAGAATAATCTAAAAAAGCAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCgg < 2:385526/238‑1 (MQ=255)
tGTATTG‑AAAATGATTATTTAAGAGATAGGAAAAAAAGTGCAGC‑GTTAAGAAATAAGAAACCCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTCCCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTAAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAAAAATCTAAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAg < 1:193351/239‑1 (MQ=255)
tATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCa > 1:568225/1‑239 (MQ=255)
taaaGAGACAGAAAAAAAGGGGAGGC‑ATTAAGAAAAAAAAAACCCTTTATGTCGGGCCGACCCGGGCTAAAGGTTTT‑CACCCCCCCCCGACTTTTATCCCCGCCACTCTCGGTGCTTTACTTTTTGAAGGGACAATAAAAATAATCACATAAATCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCAt < 2:1315861/237‑1 (MQ=255)
aaGAGAAAGAAAAAAAAGGGCAGC‑TTTAAAAAATAAGAAACCCTAGAAGTCTGTGGGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCACCCGGCTTTTATCTCCGGCACTCGAGGGGGTTTAGCTTTTGAAGGGGAAAAAAGAATAATCTAATAAAGCAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCg < 2:1057336/239‑1 (MQ=255)
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aTAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGaa > 1:1216728/1‑236 (MQ=255)
aGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTgg > 1:316585/1‑239 (MQ=255)
aGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTgg > 1:1189700/1‑239 (MQ=255)
ggTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTgg > 1:1057336/1‑238 (MQ=255)
|
TCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTG‑AAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGC‑GTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTT‑CTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGG > NC_000913/1764410‑1764883
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
