Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
871,360 |
A→G |
17.9% |
S132G (AGT→GGT) |
gsiC → |
glutathione ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 871,360 | 0 | A | G | 17.9%
| 113.5
/ 4.3
| 52 | S132G (AGT→GGT) | gsiC | glutathione ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/34); new base G (8/2); total (16/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.39e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCG > NC_000913/871125‑871590
|
gcgtgtGGGGTTGGATCAGCCGCTTTATCACCAGTTCGGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGA‑TTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTAt < 2:264851/234‑1 (MQ=255)
gCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTT‑TTCCCGCCGCCTGGCGTACCCGTGTGGCGGGTCGGTT‑TGGTGTGTCCATTTGGGTGTCgg > 2:764265/1‑239 (MQ=255)
gCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGCCTGGGCGGTTATATTTGGTATGTCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGGCTGGCGTAACCGGTGTCCGGATCGGCT‑TGGTTTGAGCATTGCgggttcgc > 2:906867/1‑233 (MQ=255)
ccGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGGCCTCTGGCGTAACCGTTTGCCGGATGGATT‑TGGGATGACCATTTTGGTG‑Cgggg > 2:695779/1‑239 (MQ=255)
cGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGCCTGGGGGAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GGGTATAAACAGTGTGGTGTCgggg > 2:618361/1‑239 (MQ=255)
tGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGGATTA‑TCGCCCCCGCCCGGCGGAAACGTTGGCCCGGTCGGTT‑GAGTATGGCCCTTTCGGGGTCGGGGa > 2:822298/1‑237 (MQ=255)
tGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TTGCCGCCGTCTTGCGTAAACGTTGTCCGGGTCCATT‑GGGGATGACCTTTGCGGTGTCgggggtt > 2:1268345/1‑236 (MQ=255)
cccAGTTCGGGCACTATAGCGGCAATGGTGGGGCGGGGGATTTTGGCCTTTCGATGGTTGCGGGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGttt < 2:11577/238‑1 (MQ=255)
ccgttcgggccttttatCAGCAATGGTGGGCAGGGGGATTTGGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGGGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTcc < 1:1108265/225‑1 (MQ=255)
tCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGGATTA‑TTGCCGCCGTCTTGCGTAACCGTTGGCCGGGTCGATT‑GGGTATTACCCTTGCGGGGTCGGGGGT‑TCCCTTTCCGGCa > 2:894543/1‑239 (MQ=255)
ttggtccattagctgcgttgctgtgctgGGGGATTTTGGATGGTCGGTGGGGTCGCGACGTACGTTGGCCGATGAGATTGCCAGCCGCGTTGTGCCAACGGTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGGTATATTTGGTATAGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAGCCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCAt < 1:301327/221‑1 (MQ=255)
cTGGCCCTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCAt < 2:959572/239‑1 (MQ=255)
atatCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCCCCGTCTGGCGTAACCGTTTGCCGGGTCGTTTGGGGTATG‑CCATTGCGGGGTCGGGGGTACTC‑TTTCCGGGAttttgcttt > 2:1137367/1‑233 (MQ=255)
tatCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTTGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGGGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTgg > 2:274713/1‑239 (MQ=255)
aGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTT‑TCGCCGCCGTCTGGCGGAACCGTTGGCCGGGCCGCTT‑GGGGATGACCCTTTCGGTGTCGGGGGT‑GTCGTTTCCCGCCTTTGCTCTgggggt > 2:1234119/1‑237 (MQ=255)
aaTGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGGCGATGGTGGCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGAt < 2:962797/236‑1 (MQ=255)
aTGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGGATTA‑TTGCCGCCGTCTTGGGGAACCGTTGGCCGGGTCGAGT‑GAGGTTGACCAATTGGGGGGCGGGGGT‑CTCGTTTTCGGCCCTTGCCTTGGGGCAGCtt > 2:238378/1‑239 (MQ=255)
gCTTTGCAGGGGGGTTTTGGCCTGGCGTTGGTGGCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCtttt < 1:390116/239‑1 (MQ=255)
tgttcggggggTTTTTGGCTTGTCGAGGGTGTCGAGTGTCCCGGTTGCCTATGAGATTGCCAGCCGGTTTATGCAAAGGCTGTGGCTGCCCGTAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCTGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTaa < 1:1010342/233‑1 (MQ=255)
gtgCAGGGGGATTTGGGCCTGTGGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGGTTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATCTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATGGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTaa < 2:1234415/238‑1 (MQ=255)
gCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAAtt < 2:863093/238‑1 (MQ=255)
aTTTGGGCCTGGCGATGGTGTCGGTGCGGCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTAtt < 2:799322/238‑1 (MQ=255)
tGGCCTGTCGGTGGTGTCGCGTTGTCCGGTTGCCGATGAGGTTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCg < 2:443161/239‑1 (MQ=255)
tGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGAGGAGATTGCCAGCCTCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGa < 2:880124/238‑1 (MQ=255)
ttgcgcgTTGTCCGGTTGCCGGTGAGTTTGCCAGCCGTTTTTTGCCAACGCTGGGGGTGACCATACCCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTTGGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggctgg < 1:1137367/236‑1 (MQ=255)
ggtcgtcCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGcc < 2:47284/238‑1 (MQ=255)
tcCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGGAACCGTTGGCCGGGTCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAG‑CTCGTTTCCGGCCTTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTTAGGGATTTTCCGTTGGACTGGGCTGGCTGCCTAccc > 2:269022/1‑238 (MQ=255)
gATGAGATTGCCAGCCGTTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGa < 2:781254/239‑1 (MQ=255)
ttgattgtccATCCGTTTTTTGACGACGTTGGGGCTGCCGAAAAACGGTATGGGAGGGGCGGTTTTTTTTGGTCTGGCGTGGGGAATTA‑TCGTCTCCGGATGGGTTAACCGTTGGTCTGAGTGATT‑GAGTATGCCCAGTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTTTTCGCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTAGCGTGGGAGCAGACa < 1:1185569/231‑1 (MQ=255)
ttGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTgg < 2:147142/239‑1 (MQ=255)
gCCGTTTTATGCCAACGCTGTGGCTGCCCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 2:803029/239‑1 (MQ=255)
gCCGGTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 2:10369/239‑1 (MQ=255)
cggtttATGCCAACGGTGGGGCTGACCATTACCAGTATGGGCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca < 2:362410/233‑1 (MQ=255)
ggttgttccaaggtgggggCTGACCCTTACCAGGATGGGTTGGGGTGTTAGTTTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGGCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACa < 1:894543/222‑1 (MQ=255)
tgtggggtaCCATAACCAGTTTGGTCTGGGGGGTTTTGTTTGGGATGGCGGCGGGAATTA‑GCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTAccctccct < 1:1234119/230‑1 (MQ=255)
tGACCATAACCAGTATTGTTTGGGCGGTTATTTTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCt < 1:269022/238‑1 (MQ=255)
ttttttttGGTGTGGGGGGGGGGTTTG‑TCGCGCCCGTCGGGGGTAACCGTTGGGCGGATCGAGT‑GGGTATGTCCATTGGGGGGTCGGGGTT‑TTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgcg < 1:764265/234‑1 (MQ=255)
tttttgttGGTGTGGGGGGGGGAATTA‑TGGCCGCCGGCGGGGGTAACCGGTGGGCGGATGTGTT‑GAATATGACCAGTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATGCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGGGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgcg < 1:822298/233‑1 (MQ=255)
tataTTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGGCTGGCGTAACCGTTTGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgcg < 2:928717/238‑1 (MQ=255)
taaatTTGGTATGGCGGCGGGAATTG‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgcg < 2:186696/235‑1 (MQ=255)
tatTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCg < 2:234343/138‑1 (MQ=255)
gggTATGGCGGCGGGAATTACCCGCCG‑CGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGCAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTa < 2:793731/238‑1 (MQ=255)
ggcggcGGGAATTA‑TCGCCGCCCTCTGGTGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCCTTTCTGTCTCGGGGGA‑CCCGTTTTCGGCATTTGCTCTTGTGATGCTTTTTATTCAGGGATTTTCCGTTGAACTGCGCTGGTGTCCATCCGTGGGGGCAGACCGTTGGCAGACCTACAATTTTACCTCCCTGCAGCTCCCGGCGGCAGTGGACGCCGTGAGGGGGCGCcttcacccc > 1:898202/1‑232 (MQ=255)
ttGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGGATGCCCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCg < 2:347709/238‑1 (MQ=255)
cgggCTTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GGGTATGGCCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCg < 2:898202/237‑1 (MQ=255)
cTGGTGTAACCTTTGGCCGGATCGATT‑GAGTTTGACCATTGCGGTTTCGGGGAT‑TCCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCg < 2:425931/239‑1 (MQ=255)
gggCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CGCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCg < 2:1187495/237‑1 (MQ=255)
gggCGTAACCGTTGGCCGGATCGAGT‑GAGTATGACCATGGCGGTGTCGGGGAT‑CTGGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCg < 2:819022/237‑1 (MQ=255)
aCCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGGATGACCATTGCGGGGTCGGGGAC‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATGCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCCCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATta < 2:758970/238‑1 (MQ=255)
tGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGTCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCCCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAGACTAAGGTTATATGCg > 2:995678/1‑239 (MQ=255)
tGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTACGGGATTCTCCGTTGAACTGACCTGCCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCCCGGCCGGGACGATGCCGCCGTGGTGGCGCCGTTTACCCCCCCGTCGTTTGTCGAGGTTTTAAG‑GAAGaattgaattat > 1:1122411/1‑229 (MQ=255)
aTCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGGGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAGGATTATATGCGTACcgcg > 2:518219/1‑239 (MQ=255)
|
GCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCG > NC_000913/871125‑871590
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
