Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,625,086 |
T→G |
12.7% |
V64G (GTG→GGG) |
serB → |
3‑phosphoserine phosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,625,086 | 0 | T | G | 12.7%
| 270.8
/ 3.6
| 122 | V64G (GTG→GGG) | serB | 3‑phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/49); new base G (19/3); total (70/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACCGCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAA > NC_000913/4624854‑4625321
|
tGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGCTGGTGAttgt > 2:555488/1‑239 (MQ=255)
gCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGAttgtt < 2:1257774/239‑1 (MQ=255)
gCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGAttgtt < 2:1089914/239‑1 (MQ=255)
gtttATTGTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGAttgtt < 2:187530/236‑1 (MQ=255)
ccTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGCCTGACCCCATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGGGATTGTTGCCGCCTGGTg > 2:68730/1‑239 (MQ=255)
gCTTCGAACGATTTTACAGGATCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCGCTTTCATTAAGTGGTGAGGAAGTGGTGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCGGGATAACAACCGTCGGAGCCAATCCCACGGCCAACCGTGCGGGGCGAGGAGGATTGTGGCGGACTGGAGCgg > 1:81733/1‑238 (MQ=255)
gCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGGGATTGTTGCCGCCTGGGGCGt > 2:95518/1‑239 (MQ=255)
cGATTTTACAGGAGCCTTAAGGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGACTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGGGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAtt < 2:215703/239‑1 (MQ=255)
ttttACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGTCCGGGTCTGCCTCTTTCATTCAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACAGTGAGCGTGGATGGTGATTATTGCCGCCTGACGCGTGGAGGATTATc > 2:517228/1‑239 (MQ=255)
gCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGCCGTAGCGGCGGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACCCAGTCTTACCCAATACCAGAACAAACGGGGGGCGGCGATGGTGGTTGTTGCCGCCTGGGGCGTGGAACATTATCAGGGGATCCg > 1:848846/1‑239 (MQ=255)
ccTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCCGGGCAAACTGGGGGCGGCGAGGGGGATTGTTGCCCCCTGGTGCGGGGGAAGTTAACAggggctttgg > 1:585629/1‑231 (MQ=255)
aaggCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTgg < 2:123641/236‑1 (MQ=255)
tAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGGGGAAGATTTTAAGCGGATTCGTCTGGCCGGt > 2:1052475/1‑238 (MQ=255)
aaCATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGGGCGGCGATGGGGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCCGGtt > 2:1105541/1‑238 (MQ=255)
aCATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGGGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCAGGGtc > 2:1144981/1‑238 (MQ=255)
aCATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGATGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCCATCCCAGAGCAAACTTTGTGCGGCGATGGTAATGTTTGCCGCCTGGGGCCTGGAAGATTATCAGGTGACACGTCttgtgggtgt > 1:935142/1‑229 (MQ=255)
ggggcgactggcctgagagtttctcTTTTTGGCCGGTTCTGCCTTTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCATTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCa < 1:95518/218‑1 (MQ=255)
ggTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTACGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAAATGGGGGCGGCGATGGGGATTGTTGCCGCCTGGTGCGGGGAGGAGTCTCAGGGGATTCGCCTGGCCGGtgacctcacgga > 1:263773/1‑227 (MQ=255)
ggTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGGCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCATTACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGCAGATTACCAGGGGATGCGTCTGGCAGGTGCACTCACCGCa > 2:815974/1‑239 (MQ=255)
ggTGCGACCTGCCTGAAGATGGCTTTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCa < 2:832763/239‑1 (MQ=255)
ttcGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTTTTTCATTAAGGGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑c < 2:585629/236‑1 (MQ=255)
tgggACCTGACTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTGTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑c < 2:10094/235‑1 (MQ=255)
tGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCCCTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTTGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGGCAAACAACGTCTGACCCAAAACCCGATCAAACTGGGGGCGCGGAGGGGGGTTGTTGCCGCCTGGCGCGTGTGGGGTTTACAGGGGATATGTGCGGCAGGTTGACGCACCCCA‑Cg > 1:1226796/1‑239 (MQ=255)
tGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTCCGGCGAGGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCAGGTTCAGTCACCGCA‑Cg > 2:835879/1‑239 (MQ=255)
tGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGACGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCCGAGCAAACTGGGTGCGGCGCGGGGGATTGTTGCCCCCTGGGCGGTGGAAGCTAAGCCAGGGATTGGTTTGGCGGGTtcacaccccccaag > 1:1088408/1‑229 (MQ=255)
gtctccttgcctgAATATTTCTTTTTATTGCGGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGGGGTGATGAAGTGAAGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTGGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑Cg < 1:200803/232‑1 (MQ=255)
gCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATACCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑Cg < 2:249733/238‑1 (MQ=255)
aCCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGGGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGCGTTTCGTCGGCAAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCt > 2:271621/1‑239 (MQ=255)
cttgcctggtgtttgttttttATGGGCGGGTTTCCATTTTTATTTAAGTGGTTGTTGAGGGATGCCACTGGATTTCCACGTAGGTCGTCGCGGCTGGCTGCTTTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGGCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACAGCA‑CGGGCTa < 1:321637/221‑1 (MQ=255)
cctgcctgAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGcc > 2:147257/1‑237 (MQ=255)
cctgcctgAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGAGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGTCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGTCGCCTGGTGCGTGGACGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑Cggggg > 2:842364/1‑236 (MQ=255)
cctgcctgAAGATGTCCTTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTAGTGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTa < 2:657648/239‑1 (MQ=255)
cctgAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTCAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGATGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAAAGGCTGACCCACTACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGAGATTGTTGCCGTCTGGGGCGTGGAAGCTTATCAGGCGCTTCGTCTGGAAGGTTCACTCACCGAT‑CGGGTTacac > 2:1231861/1‑238 (MQ=255)
tctcTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGccccc > 2:11836/1‑237 (MQ=255)
tctcTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAACGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAACACCAGAGCAAACTGGGGGCGGCGATGGAGATTGTTGCCGCCTGGGGCGGGGAAGATATTACGGGGATTGGCTGGGCAGGTTCACTCAACCCA‑CGGGTCAAACCCATGGCCCAc > 1:270675/1‑239 (MQ=255)
tttGGCCGGTTTTGCCTTTTTCTATTAGTTGGGGTGAAGGGATGCCACTGGATTTCCCAGCAGGTCGTATCGGCTGGCTGCGGTATGGTCGTGGGTTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGACTGGTGCGTGGAAGATTAGCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCGCTCAACGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAgcg < 1:411437/237‑1 (MQ=255)
ttctgCCGGGTTTGCCTTTTTCTTTAAGTGTGTAGGAAGGTTTGGCAGTTGATTGCCACGCAGGTCGTAGCCGCTGGCTGGTGGATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGGCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGAAAGATTAACAGGTGATTCGTCTTGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACCCGCCTGGCCCACGAAgcg < 1:588119/235‑1 (MQ=255)
ggTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGa > 2:496579/1‑239 (MQ=255)
gTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGc < 2:1091529/215‑1 (MQ=255)
ttttATTGAGGGGTGATGAGGGGCTTGCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGGTGGCTGGTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCg < 1:1189441/239‑1 (MQ=255)
ttCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGc > 2:855488/1‑239 (MQ=255)
ttCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGGGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCCCC‑CGGGCTACACGCCTGGCCCCCGAAGCGCAGCTGGATGTAGccccc > 2:986274/1‑237 (MQ=255)
ttAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTGCCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGcc < 2:409178/231‑1 (MQ=255)
aggggggatgaAGTGATGCCACTGGATTACCCCGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGaa < 2:482608/233‑1 (MQ=255)
gtgATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGCGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGCCTAAACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCGGCTGGGGAAAAt > 2:1072093/1‑238 (MQ=255)
gatgaATGGATGCCAATGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATTCCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATcc < 2:1088408/238‑1 (MQ=255)
atgaAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACAC‑‑‑‑GGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCCCTGGGGAAAATCCCGCAc > 2:387352/1‑238 (MQ=255)
tccccccAGGTGTTAGCGGCTGGTTTCTGTTTGGGTGTGGGGGGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGGGAAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTg < 1:496579/233‑1 (MQ=255)
aCGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTg < 2:263773/239‑1 (MQ=255)
cGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGCTTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCCCGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCCCCGGGGAAAATCCCCACCCCGCGCCCCCCGGGTTTGCTgg > 1:101879/1‑239 (MQ=255)
cGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAAATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGCAGGGCAGCGGGAGGTCGCCCCCCCGGGGGAAAACCCCCACCCGCCCCCGCCGGGttttgtgg > 1:1050140/1‑234 (MQ=255)
cAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGACGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCCGGCCCACCACGCGCAGCTGGCTGTCGCCCCGCTGGGGAAAAACCCGcccccagcacctccgggggggcggggg > 1:928940/1‑216 (MQ=255)
cAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGCGCGTGGAAGCTTATCAGGAGATTCGTCTGGCCGGCTCACTC‑CCACACCGGGCTCAACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGCACAATCCCCCCCCCGCGCCCGCCGGGttcgaggggg > 1:377812/1‑231 (MQ=255)
cAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGGGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑AGGGCTACACGCCTGGCCCACGACGCGCAGTTGGATGTCGCCCACCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGACCCCCGGGTTTCCTGGTg > 2:1003657/1‑239 (MQ=255)
cAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGAGATGGTGATTGTTGCCGCCGGGTGCGTGGAACATTATCAGGGGATTCGGCTGGCGGGTTCCCCCACCGCC‑CGAGCTAACCGCACGGGCCACCAAGCGCCACCGGAGTTGACCCCCGCGGGCAAAACCCCCCACCACCGCACACCGGGGTTGCCgggg > 1:1221113/1‑237 (MQ=255)
ggtgcgggtcggctggcactgggaTGGTGGGGGGCTGGAAAAGCAACTGATGACCACATACCAGAGCATACGGGGTGCGGGGATGGTGATTGGTGCAGCCTGTGTCGGGGAAGCTTATCGGGTGATGCGTTTGGCAGGTTCGCTCACCGGA‑CGGGCTGCACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGCGAAAGTCCCGCACCTGCGCACGCCGGGGTTGCTGGTGa < 1:835879/216‑1 (MQ=255)
gggtggtAGCGGTTGGGTTTTTTTTGGTGGTGGGCTGGATAAACAAGGTCTGACCCAATGCCAGGGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGGCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGa < 1:265365/238‑1 (MQ=255)
ttgtggcggtttgcggtgggtaggtggtGGGCTGGGTAAACAACGTCTGACCGAAGTCCAGAGCCAGCTGGGTGGGGCGATGGGGATTGTTGGCGGCTGGTGCGTGGAGGATTAGCAGGTGATGCTGCTGGCAGGTTCCCTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAAGCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGa < 1:961292/214‑1 (MQ=255)
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|
TGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCA‑CGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACCGCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAA > NC_000913/4624854‑4625321
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
