Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
635,136 |
C→T |
11.5% |
E81K (GAA→AAA) |
ybdM ← |
Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 635,136 | 0 | C | T | 11.5%
| 224.7
/ 3.2
| 78 | E81K (GAA→AAA) | ybdM | Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/42); new base T (7/3); total (33/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.63e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCC > NC_000913/634915‑635374
|
ggTGATTTGAAGGCGTCCACGAGCGCGATTATGGCGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATATCCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGATCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTgcagc < 1:600512/238‑1 (MQ=255)
gATTTGGTGGCCTCCCCGCACGCGATTATGACGAATAGTCCGTGTGATGCTTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCCCCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGt < 1:474909/238‑1 (MQ=255)
tgtgggttCCCCGAGCGCGTTTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGttttttt < 2:317734/232‑1 (MQ=255)
gTCCACGAGCGCGATTATGACGAAAAGGCGGTGCGATTCGTTTAATACGCGTACCTTCCAGACAGGTCCCCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCggg < 1:442921/238‑1 (MQ=255)
ctccccggggcggtttATGACGGATTGGCGGGGGGATGGGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCggg < 2:98502/224‑1 (MQ=255)
ctCCACGGGCGCTATTATGACGAATAGTCGGGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCggg < 1:347364/237‑1 (MQ=255)
gcgcGATTAAGGCGAATAGTCGCGGCGAGGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGGAAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATTGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCa < 1:412843/238‑1 (MQ=255)
cgggATTAAGAACAATAGTCGCGGGTATGGGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGGGTAATTTTAATGATGATGGGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCa < 1:1061632/234‑1 (MQ=255)
gcgATTATGACGAATAGGCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACg < 1:368577/238‑1 (MQ=255)
cgATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGGAAACACAT‑CACGAGTTCCATGTGACTTTTTTTCTCAT‑TGTGTACC‑C‑CAAAGTGTTGGGGGAAACCCCCTCTTTTTA‑TGTGGTTTTTCAGCAGTTTTTTTTTGGGGGGGGGCCCgtt > 2:350974/1‑239 (MQ=255)
tttggcGAATTGTCGGGGGGATTCGTTGATTTCGGGTTCCTTCCAGACCGGTCCCCGGGAAATTACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGGTGATTGGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CAACCACGATTTCCAAGGCATTTTTATCCGTATGTGTT‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTTAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGttt < 1:350974/234‑1 (MQ=255)
tttGACGAATAGTCGCGGCGATGCTTTGATTCCGCGTTCCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATTATGGGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGttt < 1:900960/237‑1 (MQ=255)
ttggacgaatgtgcccggggATTCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGttt < 1:431048/224‑1 (MQ=255)
tATGACGAATAGTCGCTGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGttt < 1:853980/239‑1 (MQ=255)
tCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAA‑CATCCCCCATTTTCACGGCCTTTTTTTCCCTATGTGTG‑GAC‑A‑CAATTGAGTGGGTTAAAACCTCCATTTCAA‑TTGATTTTTTCAGCAGGTTTTTTTTTGGGGGGGCCCCCTTGTTTGGGttttttgaa > 2:260880/1‑232 (MQ=255)
gggggggttgggTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑At < 2:725721/228‑1 (MQ=255)
ccctggtgttctttGATTACCGGTACTTTCCAGACCGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCCTAATTTTAATGATTATGAGGCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCGCGTTGTTTGGCTTGTAATC‑ac < 2:1007739/227‑2 (MQ=255)
gtttACGCGGATCTGCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGGGCATTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTgg < 1:482581/237‑1 (MQ=255)
aTTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CAACCACAAATTTCATGGCAGTTTTTTTCGTATGTGTG‑ACC‑ACCATTGGGTTGTG‑GAAACCATCTTTTTTAT‑TGGATTTTTTTAGCAGGTTTTTTTTGGGTGGGGGCGCCTTGTTTTGGTTTTGATC‑ATTAGGCCTAAt‑ttt > 1:461901/1‑236 (MQ=255)
tccttgcagaaagtgtctcGGCAAATAACCTTGTAAGCGTAATTTTAATGATTATGTGCCTTTACCTATTGCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTa < 1:372463/220‑1 (MQ=255)
ccTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACCATTTTCCTGGCCTTTTTTTCCCTATGTTTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGGAAAACCATCTATTTTAA‑TTGTTTTTTTTACAAGTTTTTTTTTTGGGGTGGGCCCGTTTTTTTGGTTGTAAAT‑ATTAGGAAAAAA‑TTTGTT‑G‑tttttta > 2:372463/1‑236 (MQ=255)
ccTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAA‑CATCCACGATTTTCCTGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑GCC‑A‑CAATGGGGTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGGTTTTTTCAGCAGTTTTTTTTCGGGGGGTGCCACGTTGTTTTGGTTTTTATC‑ATTAGGCTTAAG‑TTTGCT‑G‑TTTTTaa > 1:409979/1‑238 (MQ=255)
ccTTCCAAACAGTGCACCGGAAAATAGCCTTTTAAGCGTAATTTGAATGATGATGAGCCTTTAGCAATTGCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCAGGGCATTTTTATCCGTAGGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGTTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGTATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAAc < 1:246050/239‑1 (MQ=255)
cAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCcaca < 1:430788/239‑1 (MQ=255)
ggTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTTCATGGCATTTTTTTCCGTATGTTTG‑GCC‑A‑CAATGGGTTGGGGAAAACCAACTATTTCAA‑TGGGTTTTTTCAGCAGTTTTTTTTCGGGGGGTGGCCCGTTTTTTTGGTTTTAATC‑ATTAGGGATAAA‑TTGGCT‑G‑TTTTTTAACcaccaaaagg > 1:734141/1‑232 (MQ=255)
ggTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAA‑CATCCACCGTTTTCATGGCAATTTTTTTCCTATTTTTG‑GCCAA‑CAATGGG‑TGGGGAAAACCATCTATTTTTA‑TTGGTTTTTTTAGCAGATTTTTTTTTGGGGGGGCCCAGTGGTTTGGGTTGTGTAC‑ATTTTGCTTAAA‑TTGGGTGG‑TTTTTAACCCCCAAAAca > 1:16907/1‑238 (MQ=255)
ggTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAA‑CATCACCGCTTTTCCTTGCATTTTTTATTGTATGTGTG‑AAC‑A‑CAACAGGTTTGGTAAAAACATCCATTTTAC‑TTTAATTTTTTACCAGTTTTTTTTTTGGGGTGGTCACGTTTTTTTGGTTTTGATA‑TATAGGGGTAGA‑TTGGTT‑GTTTTTTAACCcaacaaaag > 2:772577/1‑232 (MQ=255)
ttcccGGCAAATAACCTTTTAAGCTTAATTTTAATGGTTATGAGCCGTTCCCAATTTCCTGGCGGTGAAAAC‑CATCCCCTGTTTCCATGGCATTTTTAACCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCa < 2:17896/235‑1 (MQ=255)
cccccGGCAAATTACCTTTTAAGCTTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGTTTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCa < 2:757131/235‑1 (MQ=255)
ggCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTTAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCAc < 1:326015/239‑1 (MQ=255)
aTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGGGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CCTCCCAGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTT‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGct < 1:491211/239‑1 (MQ=255)
ccTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAA‑CATCCCCGATTTCCCTGGCATTTTTTTCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAAAAGGTTGGGGAAAACCATCCATTTTAATTGGTTTTTTTCA‑CAGGTTTTTTTTGGGGGGGGCCCCCTTTTTTGGGTTGTTTTCTTTTGGGCAAAGG‑TTGG‑T‑G‑GTTTTTACCCACAGAAAGCAAACCAccaggccttc > 2:725129/1‑230 (MQ=255)
tttAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTTTTCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGGTGGGGGAAACCCACTTTTTTCA‑TTGATTTTTTCTGCCGTTTTTTTTTGGGGGGTGCCCCCTTGTTTTGGTTTTGATC‑ATTTGGCATAAGTTTGGTT‑G‑TTTTTATCCC‑CAGaaaccaaacccacgggccttcccc > 2:749444/1‑217 (MQ=255)
aaTTTTAATGATGATGGGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGc < 1:294539/238‑1 (MQ=255)
tgatgaGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CAGCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGGGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGa < 1:1054434/239‑1 (MQ=255)
cTTTACCAATTTCAGGGCGGTGAAAAC‑CGTTCACGATTTCCATGGCATTTTTATTCGTATGTTTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATg < 1:379280/239‑1 (MQ=255)
ccAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCa < 1:573894/130‑1 (MQ=255)
ttCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCt < 1:830094/210‑1 (MQ=255)
tCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCt < 1:57690/143‑1 (MQ=255)
tCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCt > 2:57690/1‑143 (MQ=255)
ttCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATCCGGATTTCATTAATCGATTTGAGGGAATCATCTTCCg > 2:379504/1‑239 (MQ=255)
aTGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGTTCATCTTCCGGCa > 1:247786/1‑238 (MQ=255)
gCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTACTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCaa > 1:112735/1‑236 (MQ=255)
ttttttccttttggttg‑ATC‑A‑TAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCg < 2:112735/224‑1 (MQ=255)
ttttttCCGTATGTTTG‑ACC‑A‑CCATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAAGC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGGAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCg < 1:1013704/239‑1 (MQ=255)
ttttATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑GTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATCCGGATTTCATTAATAGCTTTGATGCGATAATATTCCGCTAAGCTggtg > 1:1058178/1‑237 (MQ=255)
tCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGaaa < 1:799017/239‑1 (MQ=255)
gTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAA‑GGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCTTTAATCGCTTTGATGCGATCACTTTCGGGCAAGCTGGAGGGCAAttcc > 2:985044/1‑237 (MQ=255)
tATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTAACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGCTGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAAAAATTGc > 2:246505/1‑239 (MQ=255)
tATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCAATGGCTCTTCACGAAAGGGGTTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGGGAAAtt > 1:609450/1‑237 (MQ=255)
tgtgtg‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGt > 1:19164/1‑239 (MQ=255)
aCC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGat > 2:452953/1‑202 (MQ=255)
aCC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGat < 1:452953/202‑1 (MQ=255)
aCC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAAt > 1:316732/1‑238 (MQ=255)
aCC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCAATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGAGGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGGGAGAAAATGGGTTaaaa > 2:1034749/1‑237 (MQ=255)
c‑a‑caATTGTTTGGGTAAAAACATTTTTTTCAA‑TGGATTTTTGCGGAAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCt < 2:16907/239‑1 (MQ=255)
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cAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGGGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTGCAAAATTATccccc > 2:514988/1‑239 (MQ=255)
|
GGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACC‑A‑CAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAA‑TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATC‑ATTAGGCATAAG‑TTGGCT‑G‑TTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCC > NC_000913/634915‑635374
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
