Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
160 |
98.0 |
2214160 |
89.0% |
1970602 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
144,068 |
C→T |
14.9% |
L123L (CTG→TTG) |
yadH → |
putative ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 144,068 | 0 | C | T | 14.9%
| 173.3
/ 4.7
| 81 | L123L (CTG→TTG) | yadH | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/45); new base T (11/2); total (34/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCA > NC_000913/143837‑144297
|
aTTGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GGGGGGCGGGGGCTGTTTTTTGGGA‑TTTTggggtg > 1:898869/1‑235 (MQ=255)
aTTGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGAAATGTCGGCGGTG‑GG‑GGGGGGCGGGGGTGGTTTGTGGGCG‑TTATtgtgcc > 1:75649/1‑237 (MQ=255)
ttGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATTTCGGCGGTG‑GC‑GTGGGGCGTGGGCTGTTTGTTGGCA‑TTTTGGTgtgg > 1:367099/1‑236 (MQ=255)
tggCATGGCTTTAGCTTTTTGCCTTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTTATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTtgt < 2:145370/237‑1 (MQ=255)
tGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTTGGCTCTTTTTTTGCC‑TTCTGGGGCCGGCAATTT‑CACTGTTTTTtgt > 1:881045/1‑238 (MQ=255)
tGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGCACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGGGCGGGGGCTGGTTTTTGGCA‑TTCTGGGTGCGGCAATTT‑TACCGGTTTTTGTT‑ccct > 1:552777/1‑237 (MQ=255)
cAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCTGGGGCTGTTTGTTGGGATTTTTGGGGCGGGAAATTT‑CA‑GGTTTTTTTGG‑CCAttttaag > 1:528703/1‑235 (MQ=255)
cAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTTTG‑CCATTTCAgg > 1:9634/1‑239 (MQ=255)
gCTATGTGCAATTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGGCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTg < 1:844484/239‑1 (MQ=255)
gCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGCTCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCCTTATTGCCGGATCTGTCGGCGGGGCGC‑GCGGCGCGGGCGCTTGTTTTTGGCT‑TTTGCGGGGCGG‑AATTT‑CCCTGTTTTTTTGG‑CCAtttgtgggg > 2:87274/1‑233 (MQ=255)
ttccctttcttcGTTCCGGGGCTTTTCTTTGTGTTGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTGGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTc < 2:367099/233‑1 (MQ=255)
ggtttatagagagcgggggCTGATTATTATGTCGGGGATCACCAATGCCTTCGGCAACGTTTGGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGGGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGt < 2:982165/224‑1 (MQ=255)
ttttcttgTACCGGGGCTTATCATGATTTCGGTGATCACCAATGCCTTCGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTggg < 2:1103552/232‑1 (MQ=255)
ttCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCCCGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGGG‑GG‑GTGGCGCGTGGGCTGTTTGTTGGCG‑TTTTTGGGACCGCCATTTCCCCTTTTTTTTTTG‑CCtttccgggggtttgttgggg > 2:908510/1‑222 (MQ=255)
ttCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GG‑GTGGCCGGTGGGCTGTTTGTTTGGA‑TTTTTGGGCCGGCAAGTT‑TCCTGTTTTTTTGT‑CCATTTTCGGTGCATTTGggggg > 1:1023928/1‑238 (MQ=255)
ttCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GG‑GGGGCGGGGGGGCGGTTTTTTGGCA‑TTCTGGGGACGGCCATTT‑TCCCGTTTTTTTTG‑CCATTTTAGGTGCATTCGTGGGt > 1:488872/1‑239 (MQ=255)
ttCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGGGGGCTGGTTTGTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CAATGTTTTTTTTG‑CCATTTTCGGGGGATTCGTgggg > 1:120831/1‑238 (MQ=255)
ttCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCCAGTGGGCTGTTTGTTTGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑TCATTTCAGGTGCATTCGTgggg > 1:204277/1‑238 (MQ=255)
ttCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGGT‑GC‑GTGGCGCGGGGGCTGTTTTTTGGCA‑GTCTGGTGGCGGCCATTT‑CACCGTTTTTTGGG‑CCTTTTTTGGTGCATTCGggggg > 2:131789/1‑238 (MQ=255)
ttCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGCG‑GC‑GTGCGGCGGGGGCTTTTTGTTGGGC‑TTTGTGTGGAGGCAATTT‑CCCTGTTTTTTGTG‑GCTTTTTCGGTGGATTTTTgggg > 2:424290/1‑238 (MQ=255)
aTCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGCCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGGG‑GG‑CTGGAGCGGGGGTTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGGGACGGGAATTT‑AACCGGTTTTTGTG‑GCAttttcggggcctttggggggatt > 2:615596/1‑219 (MQ=255)
cGTCCCGGGGGTGGTCATGATGTCGGTGATCATCAATGCCTACGCCATCGTTGCGGCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCg < 1:455840/239‑1 (MQ=255)
cGTACCGGGGTTGATCCTGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTGGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCg < 1:782956/239‑1 (MQ=255)
cGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCCCGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGGGGTCTGGTTGTTGGCC‑ATCTGGTGGCGGGCGTTT‑CACTGTTTTTTTTG‑GCttttatgtgggattcttggtgttttg > 2:686751/1‑217 (MQ=255)
cGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACCTCATTATTGCCGGATATGTCGGGGGTT‑GC‑GGGGCGCGTGGGCGGTTTTTTGGGC‑TTCTGGGGCGGGCAATTT‑CACTTGTTTTTGGT‑CACTTTCGTGGGCATTCGGGGGGATTCg > 2:675991/1‑239 (MQ=255)
cGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGGAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGGT‑GC‑GTGGGGCGGGGGGTGTTGGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAGTTT‑CACTGTTTTTTTTG‑GCCttttgggggagtttacggggtgagg > 2:217797/1‑217 (MQ=255)
gTACCGGGGCTGTTTCTGGTTGCGGTGAACCCCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCACTATTTTTTGGGGCCAAGGTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGGAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGt < 2:120831/239‑1 (MQ=255)
agccaggggCTGATCATGATGGCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGt < 1:434093/234‑1 (MQ=255)
cccggtcTGTTCATGTTTTCGGGTATCCCCCATGCCTACCCCAAAGTTCGTTCATCCTTTTTTGGTGCCCAGGTCCGTCTTAATATTGAAGGTCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGTTATTCGTTGc < 2:75649/233‑1 (MQ=255)
ccGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGc < 1:709261/239‑1 (MQ=255)
cGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGGGGGGGGGCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑TCCGGGTTTTTGTG‑GCATTTTCGGGGCATTCTTGGGGATTCTTTg > 1:836312/1‑237 (MQ=255)
aTCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTTTGGTGACGGCAATTT‑CACTGCTTTTTGTG‑CCCTTTTCGGTGCATTCTGGGGGATTCCTGTCCTT‑aaactg > 1:670734/1‑235 (MQ=255)
aTCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGt < 2:534919/173‑1 (MQ=255)
aTCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGt > 1:534919/1‑173 (MQ=255)
aTCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGGGCCAAGTTCCCGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTCCCGACTCACGTCATTATTCCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GGGGCGCGTGGCCCTTTTTTTGGCA‑TTCTGCGGCCGCCCGTTT‑CCTTGTTTTTTGTGTCCTTTTCTGG‑CTATTCGTGCGTATTCGTTGCCtttatgcc > 2:374940/1‑233 (MQ=255)
tCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTg < 1:685115/239‑1 (MQ=255)
cATGATGCCGGTGAGCACCAATGCCTACGTCAAAGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTg < 1:625783/238‑1 (MQ=255)
atgatgTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGt < 1:131789/239‑1 (MQ=255)
gatgTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATCTTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGGGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGAGGGGGATTT‑CACTGGTTTTTGGG‑TCCTTTATATGGCATTCTGAGGGATTCGTTGCCTT‑AAAGcccgg > 2:434093/1‑233 (MQ=255)
gatgTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGGGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTGTTCGttctgtctcttttaacaa > 1:982165/1‑223 (MQ=255)
cGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GG‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGGA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGGTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCTTGGGTATTAGTTGCCTT‑AACGCTGTGGGT‑CAc‑g > 1:603276/1‑239 (MQ=255)
cGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGGG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTTTGGTGGCGGGCATTT‑TACTGGTTTTTGTG‑CCATTTCAGGGGCCTTCGTGGGTATTCGTTGCCTTCAACCCT‑GTGCT‑CAc‑g > 1:189477/1‑239 (MQ=255)
gggtaccccccattgcttacaaaaCGTTGCGGTATTTGTTTTTGGTGCCAAGGTCCAGCGTAATGTTGAAGAGCTGCTTGGAGCTGCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAc‑gg < 2:1023928/217‑1 (MQ=255)
ggggATCCCCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTTATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATAGTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGGG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAc‑gg < 1:404499/236‑1 (MQ=255)
gTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGGGCATTCTTGGGAATTCGTTTCCTT‑AACGCTGGTGTT‑CAc‑ggc > 1:849863/1‑239 (MQ=255)
gATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGATGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAc‑ggc‑gg < 1:222065/239‑1 (MQ=255)
ccccAATGCCTTGCCCACCGTTGGGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGCCTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTT‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑Ggtgt < 2:552777/237‑1 (MQ=255)
aTGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGGG‑GCGGTGCCGCG‑GGGCTGTTTTTTGGCA‑TTTTGGTGTAGGCAATTT‑TCCGGTTTTTTTTG‑CCATTTCAGGGGGCTTCTGGGGGTTTCTTTGCCTT‑AACGCTGGGGGT‑CAA‑GGG‑Ggggtgtggt > 2:494018/1‑234 (MQ=255)
aTGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGGTCCAAGTTCCAGGGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTtc < 1:175698/239‑1 (MQ=255)
tACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGGG‑GC‑GTGGCGCGTGGGCTGTTTGTTTGCA‑TTCTGGGGACGGCAATTT‑CACTGGTTTTTTTG‑CCATTTTCGGGTCATTTGTGGGGGTTTTTTGCCTT‑TAAGCTTGGGGC‑CAC‑GGC‑GGGGTTGTtctctc > 2:462169/1‑236 (MQ=255)
cGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTg < 1:424290/239‑1 (MQ=255)
cGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGGATTCGTTGCCTT‑AAAGCTGGTGCT‑CCA‑GGC‑GGGGTTGTTTTCCCTTTCggggt > 1:124018/1‑237 (MQ=255)
tgggTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTg < 1:462169/235‑1 (MQ=255)
cGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGCTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGAGGGCTGGTTGTTGGGA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CCCTGTTTTTTGTG‑CCATTTTCGGCGCGTTTCTGGGTGTTCGTTACCTT‑TAACCTGGTGTTACAC‑GGG‑Ggtgtgatttcactctcggggtggttg > 2:1057272/1‑217 (MQ=255)
tgttttttttGGGGTCCAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCCGGTAGCGCCGGTTCCGTCTCACGTCATTTTTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCTTTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑g < 2:242459/235‑1 (MQ=255)
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ttCCAGCGTAATTTTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑Ggtg < 1:704029/192‑1 (MQ=255)
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tAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑aa < 1:820938/164‑1 (MQ=255)
tttttttaagggctcgtgggggggcCCGTTCCGGCTCACGTCATTATTGCCGGATTGTTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTTTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACAt < 2:539760/216‑1 (MQ=255)
ttgtGAAGGGTTGGTGGTGGGGCCGGTTCCGGATCCCGTTATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTTGGTTTGTTGGCC‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTGTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCa < 2:1000726/236‑1 (MQ=255)
tGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCTCGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGcc < 1:615596/239‑1 (MQ=255)
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tgagggttgcggggtgggcCGGTTGCGCCCCCCGTCATTAGTGGCGGATATGTTGGAGGGT‑GA‑GTGGGGGGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑GTCTGGTGACGGCAATGT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCAGTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTG‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCt < 2:881045/222‑1 (MQ=255)
agagCTGCTGGTAGCGGCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTg < 1:692953/238‑1 (MQ=255)
gagCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGGCTGTTTGTTGGCA‑TTTTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCCTTTCAGGGGCATTTGTGGGTTTTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CCC‑GGCGGGTGTTGTTTTCCCTTTCGGGTTGTGTGCAG‑GGTGGGGTTGGCAAAACGttggtggaaacaagccggg > 2:841128/1‑222 (MQ=255)
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tggcgtCGGTTCCGACTCAAGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCtt < 1:374940/236‑1 (MQ=255)
tAGCGCCGTTTCCGACTCACTTCATTGTTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTGGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CTC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCttt < 1:1057272/239‑1 (MQ=255)
ctctcgttttttttGCGGGTTATGTCGGCGGTG‑TC‑GGGGCGCTGTGTCTTTTTGTTGGCT‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTTTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGGGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CCC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACAGCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTc < 2:898869/227‑1 (MQ=255)
cTCACGTCATTATTGCCGGATAGGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTc < 1:217797/239‑1 (MQ=255)
tcttggtttttttgaggtttatGTCGGGGGGG‑TT‑GTGGCGCTTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTTGTGTCGGCAATTT‑CACTGTTTTGTGTG‑CCTTTTCAGGTTCAGTTGTGGGTTTTCGTTGCCGT‑AACGCTGGTGCT‑CCC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTTTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACATTTGTGTTAACGCCACTCa < 2:1045174/220‑1 (MQ=255)
tttttttGCCGGATTTGGCGGGGGTG‑GG‑GGGGGGTGTGTGCTGTTGGTTGGCA‑GTCTGGTGGCGGCAATTG‑CACTTTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCGGGGGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTAt < 2:189477/233‑1 (MQ=255)
ttattGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGa < 1:734096/165‑1 (MQ=255)
gtccGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGTGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCg < 1:586800/237‑1 (MQ=255)
ccgtgttttgtgcgggtg‑gt‑GGGGCGGGTGTTTTTTTTTTTGGGT‑GTCTGGTTACGGTAATGT‑CCCTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGGGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCggg < 2:603276/225‑1 (MQ=255)
tatGTCGGGGGGT‑GT‑GTTGCGCGTTGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCt < 1:675991/238‑1 (MQ=255)
atGTCGGCGGGT‑GC‑TTGGCGTGTGTTCTGTTTGTTTGCA‑TTCTGGTGGCGGGGATGT‑CACTTTTTTTTGGG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGGTGCCTT‑TACGCGGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTTTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATCACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACTTATTTGGGCGGGTTCttt < 1:499697/239‑1 (MQ=255)
ttgttttttGGCT‑TTTTGGTGCCGGTTATTT‑TCCTTTTTTTTGTG‑TCTTTTCGGGTTCTTTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGGGCT‑CAC‑GGC‑GGTTTTGTTCCCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAACCGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGtt < 2:488872/238‑1 (MQ=255)
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gtgggCA‑TTTGGGTGACGGGAATTT‑CACTTTTTTTGGGT‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGGTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCa < 1:841128/236‑1 (MQ=255)
|
ATTGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCA > NC_000913/143837‑144297
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
