Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
160 |
98.0 |
2214160 |
89.0% |
1970602 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,724,338 |
A→C |
15.8% |
G106G (GGT→GGG) |
sodC ← |
superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,724,338 | 0 | A | C | 15.8%
| 165.8
/ 2.5
| 88 | G106G (GGT→GGG) | sodC | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/18); new base C (2/18); total (49/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.91e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGG > NC_000913/1724120‑1724575
|
cGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACCCCGCAGGCATAGCGTGCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCCGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGtt < 1:822255/238‑1 (MQ=255)
gggCCTTTTAATTTCTTAATTACACCACAAGCATAGCGTTCACCGCCCCCGGCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTa < 1:682035/236‑1 (MQ=255)
gggCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTAc < 1:707395/237‑1 (MQ=255)
cggCCTCTTAATTACTTAATTACACCAAAGGCATAGCGTTCCCCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTAc < 1:456028/237‑1 (MQ=255)
gCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGGCCTTCATGTTTACCgg > 1:583440/1‑239 (MQ=255)
tctTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGCCGACCAGTGCAGCCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTCCTGGCCCTTCCTGTTTACCGGCAt > 2:662599/1‑239 (MQ=255)
tacttaattacACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCCTTATTTACGCCCAGTGAAGGCGGTTCCCCTAAATGCCCGGCCCCTTCCGCGCCTTCATGTTTCCCGGTATTTTGTgg > 2:939653/1‑239 (MQ=255)
aattacACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCATGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCCTGTTTACCGGTATTTTgggggtaaa > 2:1104168/1‑234 (MQ=255)
caGGCATAGCGTTCACCTCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGAGCACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTTCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTCCCTGGTTACCGGCAATTTGTGGGTCAAGCTGccccc > 2:15925/1‑236 (MQ=255)
caGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGAAATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATTACGGCATTGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGCCGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAATAGCCAGGCACCTCCTGGACCCTCATTTTTACCGGGATTTtttgattaaaagtccccccc > 2:829636/1‑223 (MQ=255)
aGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGATTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCAGCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGAGGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTTACGACCAGTGCAGGCAGATCGCGTACATGCCCGGCACCTTCCGGCCCTTCATGTTTCCCGGTATTTTTGGGACCAAAAGGccccccc > 2:105557/1‑238 (MQ=255)
gCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGc < 1:462190/195‑1 (MQ=255)
tAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATTACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGTCGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTGTTTTTTGGATAAAGATGCCCGCCTGCGGa > 1:111700/1‑239 (MQ=255)
tAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGa > 1:1031474/1‑239 (MQ=255)
gCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGAt > 1:243552/1‑238 (MQ=255)
caccgccaccgcCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCCTTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCCCCTTTTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCcgcg > 2:672065/1‑239 (MQ=255)
caccgccaccgcCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGGACCTTCTGGCCCTTCCTTTTTACCGGGATTTTTTGGTTCAAAATGCCCCCCCGGGGATTcccgg > 2:844691/1‑236 (MQ=255)
caccgccaccgcCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTAc < 2:467224/198‑1 (MQ=255)
caccgccaccgcCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTAc > 1:467224/1‑198 (MQ=255)
caccgccaccgcCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTGTTTTGTGGTTCAAGATGCCCGCCTGCGGCTTCcgcg > 1:1036246/1‑239 (MQ=255)
caccgccaccgcCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCcgcg > 1:101943/1‑239 (MQ=255)
ccccccccccAGGGGTTTGGGTTTGTGGGATAATTTTTCGCCGCACACGGTGCCCATACGCGGTTTGTCTTTGATTTGATCCAGGAATTTCCGACGGGGCGCGGTGAGGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGGCGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTGCCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGgcgc < 2:526899/232‑1 (MQ=255)
cGGTTTAGGTTGATCGGATATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGccct > 1:1088006/1‑237 (MQ=255)
tttgtgttgttCGGATATATTTCCGCCCCAAATGGGGCACTTCGGCGTTTTGTTTTTTATTTCAACCAGTGTTTTCAGCCGAGGCGGGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCtt < 2:243552/234‑1 (MQ=255)
aTCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCTCAATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGTTCAAGATGCCTGCCTCCGGATTCGTCGTCCCCGGCCTTGCCACCTTTGGtggct > 1:116855/1‑238 (MQ=255)
aTCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCCTGTTTACCGGTATTTGGTGGACCAAGCTGCCCGCCCGCGGGTTCCCCGGCCCCGGCCTTGCCCCCTTTGGtggccg > 2:1080543/1‑237 (MQ=255)
aTCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGCCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGtggctg > 1:248278/1‑239 (MQ=255)
cATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGGTCAAGAGGCCCGCCGCCGGATTCCGCGGCGCTGGGTTTGCCATCTTTGGgggctggcgggc > 2:820237/1‑239 (MQ=255)
atttttatCCCCCCCCACGGGGACCTCCCGCGCTTTGTTTTTGATTTCACCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGtggctggctgg < 2:583440/234‑1 (MQ=255)
attatCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGGGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑Gc < 1:1104168/239‑1 (MQ=255)
gccgccAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGGGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCtt > 1:22479/1‑239 (MQ=255)
ccaactgggtcctgtagctttttGTCTTTGTTTTCCTCCGCTTATCTGAGGCGAGGGGCGATTGGCGCTTCGGTGGCTTTGCCGCCAGTGTTGACGCCAGGTTGACGAAAGTCTCCTAATTGCCCGGCCGCCTCGGGCCCGTCCTGTGTCCCGGTATTTTGTGGATCAAAATGCGCGCCTGCGGATTTCGCGGCGTTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTGCTTTGGc < 2:381209/219‑1 (MQ=255)
ccAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGGATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTCCGGGTTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCTTCTTTGGGGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGc > 2:242374/1‑239 (MQ=255)
accGTGGACCATCAGCTCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCAt < 1:662599/237‑1 (MQ=255)
gTGGACCATCAGCGGTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGaa < 1:288817/239‑1 (MQ=255)
gcccATCAGCGTTTTGTTTTTGATTTCATCAAGTGATTCCAGCAGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAata < 1:105557/236‑1 (MQ=255)
tgcgcgtTTTTTTTTTGTTTTCATCCAGTGTTTTCAGGCGGGGCGGGATGGCGGCCTCGGTAGCTTTGCCGTTATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCGGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGGGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAg < 2:22479/236‑1 (MQ=255)
cTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTCCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGCTTACCGGGATTTTGTGGGTCAAGCTCCCCCCCCCGGGTTTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCTCCTTTGGTGCCGCGCTGGCC‑GCTTCCTTTGTCCTGAATATGGAAGCCAttt > 2:210310/1‑237 (MQ=255)
cTTTGTTTTATTCCCTTGATTCCAGACGGGGCGGGAGGACGGCATCGGTGGTTTTGCCGCCATTATTGACAACCAGTGCAGGCAGTTCGCCTAAAGGCCCGGCCCCTTCGGGCCCTTCTTGTTTACCGGTATTTTGTGGATAAAGATGCCCGCCGGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCg < 2:101943/239‑1 (MQ=255)
tcctcctgttttttCATACGGGGCCGTATGCCGGCATCGGTAGCTTTGCCTTCATTATTGACGACCGATGCAGTCAGATCGCCTAAAGTCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGGGGTTCATGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑TCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTaa < 2:308926/228‑1 (MQ=255)
tCATCCAGGAGTTTCAGCCGGGGCGTGATGACGGCATGGGTAGCGTTGCCGTCATTATTGCCGACCAGGGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTaa < 1:476799/239‑1 (MQ=255)
cATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGCCGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTTCCATCTTTTGTGGCGGGCTGGCC‑GCTTCCCTTGGCCTGAATATGGGAGCCATGTTTACCGGGGGGTAAt > 2:209605/1‑239 (MQ=255)
cATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGACTTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCCCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCACGTTAACCGGGGGGTAAt > 1:264328/1‑239 (MQ=255)
cATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAG‑TCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATTTTCACCGGGGGGTAATg > 2:656806/1‑239 (MQ=255)
gTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGCTTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGGGGCTGGCTGGCA‑CCTTCCTTTGGCATGAATATGGGAGCCAAGTTCACCGGGGGGAAAGGCTTTc > 2:47723/1‑239 (MQ=255)
cctgcactggtcgtcaataaTGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCATCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGGTCAAGATGCCCGCCCGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCGGGC‑GGCAGGCTCCCTTCGGCTAGATTATGGGAGCCATGTTCACTGGGGGAGAATGCtttga > 2:587720/20‑237 (MQ=255)
tttCAGACGGGGCGCGTTGCCGGCAGCGGGACCTTGGCCGTCATTATTGACGCCCAGTGCAGGCAGACCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGAt < 1:163484/239‑1 (MQ=255)
ggtcgtcaataaTGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGTTCAAGATGCCCGCCTGCGGCTTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCCTGAATCTGGAAGCCATGTTCCCCTGGGGGTGATCCTTTCAGCTCGGGc > 1:1102297/12‑239 (MQ=255)
tcgtcaataaTGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTTAGATCGGGCgc > 1:194967/10‑238 (MQ=255)
aGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCAGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGTTCAAGATGCCCGCCTCCGGATTCCTCGGCGCTAGCGCTGCGCTCTTTGTTGGCTGGCTGACA‑CCTTCCCTTGGCCTGAATAAGGAAGCGATTTTCCCCGGGGGGGAATGCttttgaccaggaggaaa > 2:961247/1‑225 (MQ=255)
aGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTATGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGTCA‑GCTTCCTTTGGCCTGAATATGGAATCCCTGTTCACCGGGGGGGCATGTTTTCAGATTGGGCGgaa > 2:989169/1‑239 (MQ=255)
aTGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAg > 1:247213/1‑239 (MQ=255)
aTGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCCCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCa > 1:198971/1‑238 (MQ=255)
ggTAGCTTTGCCGTCTTTATTGACGACCAGTGCAGGCAG‑TCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGt < 1:656806/239‑1 (MQ=255)
tttctttccctgcATTTTTGACGCCCGGTGCGGGCGGAGCACCTAAAGCCCCGCCCCCTTCGGGCCCCTCATGTTTGCCGGTATTTTGTGGATCAAGTTGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGTTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTACAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTAGCGGt < 2:36110/226‑1 (MQ=255)
tAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGGGGAGGCAGATCGCCTAAAGGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGAGGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGt < 1:1080543/238‑1 (MQ=255)
gaGCTTTGCCGTCATTTTTGCCGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTGGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCAGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGt < 1:820237/237‑1 (MQ=255)
tttGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACGGGTATTTTGTGGATCAAGAGGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAg < 1:209605/239‑1 (MQ=255)
ccGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTTTGGTCCTTCATGTTTACCGGAATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCCGGCA‑GATTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCCTGTTCACCGGGGGGTACTGCTTTCACATCGGGCGAAAACTCCACACCTTTACCGGTTTccgacat > 2:665848/1‑233 (MQ=255)
attattGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGCAGCCAGGTTAACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTgc > 1:537258/1‑238 (MQ=255)
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attGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTACTGCTTTCAGATCGGGGGGAAACCCCAGACCTTTTTCGGTTTCAGTAATGGGGAAGc > 2:617474/1‑239 (MQ=255)
ttGACGCCCCGTGCAGGCAGGTCGCCTAAATGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCt < 1:844691/239‑1 (MQ=255)
gacCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGTTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGCATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTACGATCGGGCGGAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCaa > 1:771007/1‑239 (MQ=255)
ccgtgtcggggccttctccTAAATGCCCGGCCCCTTCGTGCCCTTTAGTTTTTCGGTTATTTTGTGGATAAAGATGCCCGCGTGAGGATTCCGGGGCGCTGGCTTGGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAAtt < 2:119655/222‑1 (MQ=255)
tgtggcggcatgtCGCTTAAATGCCCCGCTCCTCTTGGCCTTTAATGTTTCCCGGTTTTTTTGGGATAACGATGCCCGCCTGCGGATTTCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 2:975005/227‑1 (MQ=255)
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tctagccatgtgcagtAAAGGCCCGGCCCCCACTGGCCCTTACTTTTTACAGTTATTTTGTGGTACACGGTGCCCGCCTTCGGATTCCGGGGCGCTGGCTTGGCTAACTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGTTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 2:902917/222‑1 (MQ=255)
gcgggcagATCTCCTAAATGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCAGGTTGACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 1:47723/233‑1 (MQ=255)
gcatgctgATCTCCTAAATGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTTTTTTGGGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 1:829636/236‑1 (MQ=255)
gcaggcggATCGCCTAAATGCCCGGCCCCTCCTGGCCCTTCAGGTTTACCGGTGTTTTTGGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGGTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 2:1088006/236‑1 (MQ=255)
gcaggcagATCGCCTAAATGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 1:92185/236‑1 (MQ=255)
gcaggcagATCGCCTAAATGCCCGGCCCCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGAGGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 1:672065/236‑1 (MQ=255)
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tgctcctcTATATGCCCGGCCCTTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGGGGACCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTAc < 2:248278/232‑1 (MQ=255)
aTCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACAGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCCTGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAACACTCCAGACCTTTATCGGGTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTAcc > 1:902917/1‑238 (MQ=255)
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tCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGt > 1:704795/1‑206 (MQ=255)
tCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGCCTGACCTAcc > 1:323399/1‑237 (MQ=255)
tCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTAcc > 1:1041116/1‑237 (MQ=255)
tCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGAGAAAACTCCAGACCTTTTTGGGTTCAAGTAATGGTAACGCTACAAAAGAACTGCCCTAacca > 2:1006423/1‑238 (MQ=255)
tCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGCATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCTGTAATGGTGACGCTACCAATTGAATGCCCAAcc > 2:256510/1‑237 (MQ=255)
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ccGGCTCCTTGCGGCCCTTCTTGTTTACGGGTGTTTTGTGGACTAGTAGGGCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGTTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGAc < 2:1031474/239‑1 (MQ=255)
ggCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATTGGTTTCAGTAATTGGGAGGCTACCAATGGACCGCCCTACCCCTGGGGACGTGaagg > 2:416489/1‑236 (MQ=255)
cACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCCACGGGGGGTAATGCTTTCCGATCGGCCGAAAACTCCAGACCTTTACCGGTTTCAGTAATGGTGAAGCTACCACTTGCTTGCCCTACCCCCTCCGCCGTGTCGAgg > 1:484048/1‑239 (MQ=255)
|
CGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCA‑GCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGG > NC_000913/1724120‑1724575
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
