Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
142 |
103.7 |
2603848 |
81.8% |
2129947 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
776,058 |
T→G |
10.3% |
G70G (GGT→GGG) |
tolR → |
membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 776,058 | 0 | T | G | 10.3%
| 257.7
/ 2.0
| 91 | G70G (GGT→GGG) | tolR | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/61); new base G (9/2); total (28/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
CCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGTGCGGGTGTGAAATCGGTTGGTTTAATGACGCAGCCTATCTAAACATCTGCGTTTCCC > NC_000913/775820‑776292
|
ccgttacggaaggcctcaaGTGGTAAGCCATGGACCGGGCGCGTGGACGTGGGCGTCGCGATCTAAAGTACGAAATCAACATTGTGCCGGTGCTGGACGTTCTGCTCGTGTGTTTGCTCATC‑TAATGGCGACAGCGCCCATCATCACGCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 1:457394/223‑1 (MQ=255)
cttttgggtgggaaacagGGGGTAAGGCCTGGCCTGGGCGGGGGGGCGAGGTTCTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGGACTGCCGGTGCTGTTGCTGATCTTTAGGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 1:713253/226‑1 (MQ=255)
cggtAGGGAGGGCAACGAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGGCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 2:438156/236‑1 (MQ=255)
cgggaGCGGGGGCAACCAGGGTGAAGCCTGGGCCCGGAGGCGTGGAGGAGGTCGTCACGATCTCAAGTACGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAAGCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 1:1225786/235‑1 (MQ=255)
cGTTAGGGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 2:533042/239‑1 (MQ=255)
gttggcaacggCAACATGGGGTAAGCGAAGGGCAGGGCGGGTGGATGGGGTCGACTCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTGCCGTTGCTGGACGTCCGGCTGGTTCGGTGGCTGAGCTTTATGGCGACAGCGCCCAGCAGCAACCAGAGCGTGGGTGTGGATCTGCCTGACGCTACTGAAGCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 1:90413/228‑1 (MQ=255)
tAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTAtt < 2:886705/238‑1 (MQ=255)
gCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGGGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGt < 2:905467/239‑1 (MQ=255)
ggggtgaaacaaGGGGTGAGCTGTGGCCGTAGCGGTGGGACGAGGCCGTCGCGATTCCAAGGCTGAAATCAAGATTGTACGGTTGCTGTACGCTCTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGGCAGCGCCCATCATCACCAAGAGCGTGGAGGTCGACCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGt < 1:4207/231‑1 (MQ=255)
gagaGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCGGGGGGCGTGGAGGAGGTAGGAGCGATCTCAAGTACGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACGGCTGGTGCTGTGGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCAATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGt < 1:1132730/237‑1 (MQ=255)
gagaGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGATCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACCGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCa < 2:724384/239‑1 (MQ=255)
gagaGCAACAAGGGGTAAGCCAGGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGt < 2:1024368/237‑1 (MQ=255)
agCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGGGCAGGAACGGTAATCCGCCAGGGGTTTTTGGAGGGTCTGGTATTGGTCTGtt > 2:1215612/1‑238 (MQ=255)
tgaacaaGGGTTAAGCCATGGCCAGTGCCCGGTGACTAGGTCGGCGCGATCTCAAGGCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTGGCTGATCGTTATGGCGACAGCGCGCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTa < 2:342266/236‑1 (MQ=255)
aacaaGGGGTAAGCCATGGCCAGGGGGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAAGCAGCAGTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGGTGCTGATCGTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTaca < 1:566581/238‑1 (MQ=255)
aGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCgtg < 2:406296/239‑1 (MQ=255)
ggTAAGCCATGGCCAGGGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 2:407337/219‑1 (MQ=255)
tAAGGCATGGCCAGAGCGGGTGGACGAGGTTGGCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTGTCTGGACGTACTGCTGGGGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGtggtgg < 2:632249/238‑1 (MQ=255)
aaGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCCGTGATTGTTGAAGTGTCTGGGATTGGTCAGTACACCGTGGGGGtt > 2:695654/1‑239 (MQ=255)
ggCCAGGGCGCGGGGAAGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACCTTGGACCGTTGCTGGACGTTCGGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCTATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAg < 2:177632/239‑1 (MQ=255)
agCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGGGCAGTAAAGGTAATCCGCCAGTGATTGGTTAAGTGTCTGGGATTGGTCAATACACCGTGGGGGTTGGGaaaaacaccc > 2:481194/1‑232 (MQ=255)
tgggggAGGTCGGCGCGTTTTCGAGTCCTTAATCAACATAGTACCGTTGGTGGACGTGCTGCGGGGTCTGTTGGTGAGCGTTAGGGAGACAGGGCCAATCATCACCCAGAGCGTGGAGCGCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCGGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAg < 1:487518/233‑1 (MQ=255)
tGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGGGTCTGGGATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTTGGAAAGATCCCCTGGAGc > 2:231450/1‑239 (MQ=255)
gaggtggtctggatatagaggccGAAACCAACGATGTACCTTTGCTGGAAGTTCTGCTGGTGGTGTTGGTGGTCTTTAGGGCGACAGCGCCCATCATCGCCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACGGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑ttt < 1:98973/217‑1 (MQ=255)
gcgATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCagag < 2:193300/239‑1 (MQ=255)
ctcAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAggt < 2:838212/239‑1 (MQ=255)
cAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAgtgt < 2:533834/239‑1 (MQ=255)
cATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTaccacc < 2:390707/213‑1 (MQ=255)
cATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCCGGTGCTGTGGCTGATCTTTAGGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTGCTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCa < 2:272218/239‑1 (MQ=255)
tttttccGTTTGTGGGCTTACTGCGGGTTGTGGTGCGTATCTTTAAGGGGACAGCCACCATCACTACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACGGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGc < 1:809009/234‑1 (MQ=255)
ttGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCCGGGATTGTTGGAGTGTCTGGTATTGGTCAGGAACCCGTGGTGGTTGGGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGGGGGGGAAGTGTCCAGCCGTTTTaa > 2:204945/1‑239 (MQ=255)
ttGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTAAAACGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCaa > 2:908168/1‑239 (MQ=255)
tGCTGGACGTACTGGTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCagag < 2:595362/206‑1 (MQ=255)
gCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGGGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGCTTCAA‑g > 2:970975/1‑238 (MQ=255)
cTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATTTGCAAGACGCTACTGAATCACAGGCGGGGAGCAGTAACGGTCATACCCCAGGGATTTTTGAAGTGTCTGGTCTTGGTCAGTACCCCCGGGTGGGTGTGAAATAACGTCTGGAGGGTTTTACCA‑CACAGAAGGGGGTGGGGGGAGAGACCAGCCGCGTCAA‑AGc > 1:290292/1‑239 (MQ=255)
cTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGGGCAGTAACGCTAATCCGCCAGTGGTTGTTGAAGGGTCTGGGATTGGTCAGGACACCGTGGGGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCCAGGCAGGGGGGGGGGGAAGTGTCCAGCCGTTTCactgg > 2:108309/1‑235 (MQ=255)
tGGACGTACTGCTGGTTCTGGTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGcc < 2:655109/239‑1 (MQ=255)
gttGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCCACCATCATCGCCCAGAGCGTGGATGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGCCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCt < 2:1192180/237‑1 (MQ=255)
gTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCCGACGCTACTGAATCACAGGGGGAGAGCAGATACGATAATCCGGCAGAGATTGTTGAAGGGTCTGGGATTGGTCAATACACCCAGGAGTTTGGGGAAGATTGCCAGGAGCG‑TTTACGACCAGAACAGGTGGGGGCGGGAGGGGCCCGACCTTTCAA‑GTGCAAAC‑CAaaaaagttgcgt > 1:516771/1‑230 (MQ=255)
ttGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGGAACGATAATCCGCCCGTGATTGTTGAAGTGTCTGGGATTGGTCAGTACACCGGGGGGGGTGAGAAAGCTTGCCTGTGGCG‑TTTTCCACCCAGCCAGGTGGGGGGGGGAGTGTCCGACCGGTTCAAGGGACACCC‑AGAAAACGGTttttt > 1:789441/1‑238 (MQ=255)
aTCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCCCCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCgg < 2:598347/239‑1 (MQ=255)
cGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGAAAAACCGCCCGTGATTTTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGGAACCCGTGGTGGTTGGGAAAGATCCGCTGGAGCG‑TTTACCACCCGAGCAGGGGGTGGGGGAAGGGGTCAGCCGGTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGGCTTTTTggcaggggggccaaaa > 1:548772/1‑224 (MQ=255)
accgggcCCATCATCCCCCAGAGGGTGGAGGTCGATCGGCCAGGCGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAg < 2:634633/233‑1 (MQ=255)
aCAGCGCCCATCATCCCCCAGGGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAg < 2:1119154/238‑1 (MQ=255)
aCAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGTGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGGGGAAGGGTCCAGCCGTTTTAA‑GGGCAACC‑CGAAAACGGTCTTTTTGATCGGGGGCGCAAAAGa > 2:610085/1‑239 (MQ=255)
aCAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGGATTGGTCCGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGGGCG‑TTTACCACCCGGGCAGGGGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGGTTCCA‑GGCCAACC‑CGCAAAAGGGCTTTCTGATCGGGGGGGGaaaaaa > 2:682170/1‑237 (MQ=255)
aCAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGGATTGGTCAGTACACCGTGGTGGGTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGGGGCGGAAGTGTCCAGCCGGTTCAA‑GGCCAACC‑CGGAAACGGGCTTTCTGGACGGGGGCGCaaaaaa > 2:860723/1‑237 (MQ=255)
gcgcCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTATGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTTAGGAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCAACA‑AGCAGGTGGTGGCGGAAGGGTCCAGCCGGTTCAA‑GGCCAACC‑CCAAAACGGTCTTTCTGGTCGGTGGTGGAAAAGAttt > 2:1193546/1‑236 (MQ=255)
catcaCCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACg < 2:801360/239‑1 (MQ=255)
cccggggctgtgggttCGGTCTGCCGTAAGTTACTGAATCGCAGGGGGTGAGAAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGaa < 1:165699/224‑1 (MQ=255)
cGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGGGTCCAGCCGGTTCAA‑GGGCAACC‑CGAAAACGGGCTTTCTTGTCGGGGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAAAAATTa > 2:732300/1‑239 (MQ=255)
gtggtggtgTATCTGCCCGACGCTACTGAATCTCAGGCGGTTGTCATTAAAGTTAATCCGCCAGTGATTGTTGATGTGTCTGGGATTGGGCCGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTa < 1:769569/238‑1 (MQ=255)
gTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTa < 2:36179/238‑1 (MQ=255)
ttgAGGCCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGCGCGCAGTAACGCTAATCCGACAGTGATTGTTTAACTGTATGGGATTGGGCAGCACCCCGTGGGGGCTGTGAACGATGGCCTGGAGGG‑TTTTCCAAACGCGGCGGGCGTGGCGGAAGTGTCGCACCGGTTCAC‑AGTCAACCGCGACAA‑GGTGTGTCTTATCGGGGGCGGCACAGAGGTGCACTACGACGaaaaaagagaa > 1:87219/3‑234 (MQ=255)
ggggctCGATTTGCCGCACGGTTCTGACTCACAGGCGGTGGTCAGTAGCGATAATCCGCAAGTGATTGTTTAAGTGTCTGGTATGGGTCAGTACGCCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCGCCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAg < 1:340051/234‑1 (MQ=255)
tccaTCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGGTAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACt < 2:684543/235‑1 (MQ=255)
tCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCCCAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACt < 2:149950/238‑1 (MQ=255)
ttgataaggagactgttcTGAATTAAGGGCGGTGAGCAGTAACGATAACTCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGGCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGa < 1:312539/222‑1 (MQ=255)
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tCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGAGGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGGGGGGGGGGGAAATCGGTTGGTTTAAGAACGCAGCCTATTTAAAAATAGGCGTTTc > 1:700290/1‑238 (MQ=255)
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tGGTATTGGGCAGTACACCGGGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGTGCGGGTGTGAAATCGGTTGGTTTAATGACGCAGCCTATCTAAACATCTGCGTTTccc < 2:672384/238‑1 (MQ=255)
|
CCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGTGCGGGTGTGAAATCGGTTGGTTTAATGACGCAGCCTATCTAAACATCTGCGTTTCCC > NC_000913/775820‑776292
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
