Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
142 |
103.7 |
2603848 |
81.8% |
2129947 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,126,514 |
T→C |
15.9% |
E226G (GAG→GGG) |
wcaG ← |
bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase/ GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,126,514 | 0 | T | C | 15.9%
| 126.6
/ 6.7
| 68 | E226G (GAG→GGG) | wcaG | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase/ GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/20); new base C (3/9); total (38/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCCCGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGT > NC_000913/2126279‑2126742
|
ccccGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCCGCCCca > 2:1067623/1‑239 (MQ=255)
ccccGCTTCCAGGGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCTGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCca < 2:1254269/239‑1 (MQ=255)
gTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGCCAACATCGGCTGGGGGGTCTCCAGCCCAACCTCC‑TGCGCCAGCCCcacgcaacgaaa > 1:703137/1‑228 (MQ=255)
gTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGGGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TTGGCCAGCTCcagtcaatgaagg > 2:678422/1‑228 (MQ=255)
aTTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCCCGCGGATAGTGCCGTCAACCCCCCTGCCGCGCTTAATGTGCGACAACACCGTCTGGGGGTTCCCCAGCCA‑ACATCACTTGCCCAGCCCCCAGACAAGAATGCTcgc > 1:1293222/1‑239 (MQ=255)
cGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTcgccgc > 2:1290154/1‑238 (MQ=255)
cGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGGGCAGTCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGTGCGACACCATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTcgcccc > 2:405383/1‑236 (MQ=255)
cGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGATTGCG‑CCAGCTCGCGGCTAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGCCAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTcgccgc > 2:456432/1‑238 (MQ=255)
aTACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCAGTGCCGCCGTACATGGGAGACAACATCGCCTGGGTGTACTCCAGCAAGCCTTCA‑CGGGCCCGCTCCAGTACCTGAATGCtgccccacccca > 1:701013/1‑228 (MQ=255)
aTGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCa > 2:1234198/1‑239 (MQ=255)
tGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATAGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGCCATGAATGCTCGCCGCTGCCATATCATCGACGTGCAg > 2:696405/1‑239 (MQ=255)
gcgcGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCCAATCATCGACGTGCAGAAAt > 2:1076109/1‑238 (MQ=255)
gcaaatcaggcggTTGGCGGGGCGTGCCATCCGGTTTGCGGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAC‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTcgcg < 2:802705/226‑1 (MQ=255)
gcccccgcatctttgtcgggcgGGCCCCCCGGTTTGCGGACATCAAACCCCGCCC‑GCCTTTGTAT‑CCCCCCTCTGTGGGGGTTGGTTTGCG‑TCGGCTGGAGAGTAGGCGTGTCCACCCCGGTGCCGACTTGAAGGTGCGACACCGTCGTCTGGGTGTTCCCCACCCAAACTCCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCCCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCAt < 1:65975/221‑1 (MQ=255)
gtgtGCGCGGGCTGCCTCCCTGTTTGTTGCCCTCAAAACCCGCCCGGCC‑TTGTAACCCCACCCCT‑TGGGCGGTGGTTGGCG‑CCAGCTCGCGGTTAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACTTTAATGTGCGAAAACATCGGTTGGGTGTCTCCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCCCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCg < 1:167643/236‑1 (MQ=255)
tttGCGGGGCGTGCCATCCGGTTTGGTGGCAACAAAAACCCCCCGGCCTTTGTAC‑CCCACCCCT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCCCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCg < 2:876109/238‑1 (MQ=255)
ttGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAACCCCCCCGGCCTTTGTAC‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCg < 2:812183/237‑1 (MQ=255)
tGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCGGACTTCA‑TGCGCCTGCTCCCTGACATGAATGATCGCCGTCGCCATATCATCGACGTGCAGCAATTCGCGCATCGGTGTACCGCt > 2:601137/1‑238 (MQ=255)
ctacccGTTTTGCGGGTCTTAAACACCCCCCGTCTTTTGTCA‑CCCCCCACT‑TTGGGGATGTTTTGGG‑CCTGTCCGGGGAGTGGGCGTGCAACGCCTGTCCCGACGTTAATGTGCGACAACCTCGGGGGGGTGTTCTCCCCGCAGACTTCA‑GGCCCAAGCTCCATGACGGGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATaccac < 1:423645/235‑1 (MQ=255)
cATCCGGTTTGCTGGCATCAAAACCCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATaccac < 2:1293222/238‑1 (MQ=255)
cgttttGCTGGCATCAAAAACCCCCCGGCCTTTGTAA‑CCCTCCCCT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGGGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAAAATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGt < 2:964704/236‑1 (MQ=255)
ccgttgggggtcATCAAAACCCCCCCGGCCTTTGTAC‑CCCACCCCT‑TGGGCGATGG‑TGGCGCCCAGCCCGCGGATCGGGGAGTGCGCGCCCGTGCGGACGTTAATGGGCGAAAACATCGGCTGGGTGTTCCCCAGCCGGACTTCA‑TGCGCGCGCTCAATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATCTCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATCCCACCACGt < 1:1227948/228‑1 (MQ=255)
cGGTTTGCTGTGATAAAACCCCCCCCGCCCTTTCTCC‑CCCACCACT‑TGGGCGGTGTTTTGCG‑CCACCGCGCGGAGTGGGCCGCAAACGCCCGGGCGGACGTTAGTGTGCGACAACTTGGGCTGGGTGTTCCCCCGCCAGTCTTCA‑TGCGCACGCTCCATGACATGAATGCTCGCCCCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGt < 1:1234198/239‑1 (MQ=255)
tttGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTcc > 2:158103/1‑238 (MQ=255)
tGCTGGCACAAAAAACCCCCCGGCCTTTTTAC‑CCCCCCCTT‑TGGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGgc < 2:888837/239‑1 (MQ=255)
tGCCGGCACCAAAACCCCCCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCCCT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGGGCAGTCACCGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGCCAACATCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGTTCCATGACATGAATGCTCGCGGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGgc < 2:243365/239‑1 (MQ=255)
tGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TTCGCCAGCTCCATGACAGGAATGCTCGCCGCCCCCATATCCTCCACGTGCAGAAATTCGCCCATCGGGGGACCCCCGCCCCAAACCCCCACCCCCGgcacc > 1:387381/1‑236 (MQ=255)
ccaccCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGCGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACACCGTCCGGCCCATCCTGTGcctt > 2:1200074/1‑236 (MQ=255)
accCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCCGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCAGGACATGAATGCTCGCCTCCGCACAATCATCGACGTGCATAAATTCGCCCATCGGGGTCCCCCTGCCCCATACCAACACGCCCCGCGCATTCTGTGCCGTCg > 1:629549/1‑238 (MQ=255)
gCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGt > 2:420329/1‑239 (MQ=255)
accccACCCTT‑TGGGCTATGGTTTGCG‑CCAGCTGGGGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGAAAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCCCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGa < 2:996261/237‑1 (MQ=255)
caccacT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCCCGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACgc > 2:258958/1‑238 (MQ=255)
cacT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGGGCGACGACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGCGTCCCGCTGCCCCCTACCCCCCCGGCCCGCGCATTCTTTGCCCGCGCCCCCAGGAAGCGACggcaga > 1:510635/1‑234 (MQ=255)
cT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATAC‑‑CCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGGGGAAGCGACGCAGAAATGc > 2:507127/1‑239 (MQ=255)
tggcg‑cCAGCTGGGGGAGCGTGCAGTCAACCCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGTGGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCATCCCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATcaca < 2:1214905/236‑1 (MQ=255)
g‑cCAGCCCGCGGATAGGGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGGCCAACAACATCGGCTGGGTGTTCCCCAGCCAGCCTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCg < 2:703137/238‑1 (MQ=255)
cccggtccggggttAGTGCAGTAAACCCCCGTGCCGACGTTAATGGGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCCCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCg < 2:499673/225‑1 (MQ=255)
ggATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCt < 2:587527/192‑1 (MQ=255)
ttttgcgaacccccccGGGCCGGAGTTAAGGGGCGCCACCTGCGGCGGGGTGTTCCCCAGACAGATTTCA‑TGGCCAAGCTCCATAACAAGAAGGTCCGCCGCCGCCATATCAGCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCCCCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTgg < 1:864772/225‑1 (MQ=255)
aGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCCGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGATCGCCCCCCCCCTATCCTCACCGTGCAGAAATTCGCGCTACGGTTTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGCCGCATCTCGTCCCGTCGCCTCGTGGAGCCCACCCACCAACGC‑TGGGCTCACATGGGCAttcaccggggagc > 1:1066818/1‑228 (MQ=255)
gcaaGTCAACCCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTTTTCCCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAg < 2:387381/236‑1 (MQ=255)
gTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGGGTACCGCTGCCCCATACCACCACGCCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCCCGTGGAAGCg > 1:587527/1‑192 (MQ=255)
aaCGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCTCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGGTTCCCGCCGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCCTTCTTTGCCGTCGCCTCATGGCAGCGCCGCAGCAATGC‑TGGGATACCCTGCGCATTACTGgggggggaagtgtggt > 1:943282/1‑229 (MQ=255)
gCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGCCGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCCCCTGGACGCGACGCACCAATGC‑TGGGATCACCTGCGAATTCCCCGGGGGGAAGtatggggggg > 1:1004662/1‑230 (MQ=255)
tGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCCGAAATGCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCAAACCACCCCGTCCGGCGCCTTCTGTGCCGTCGCCTCGGGGACCCGCCCCGGCCATGC‑TGGGCTCACCTGGGAATTAATCGGGTGGGAGtgtgagggggggccg > 1:455451/1‑225 (MQ=255)
tGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGCCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGGATTACTCGGGGGGAAGTTGTCGTGGGGCCCg > 2:1055158/1‑239 (MQ=255)
gccGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGCGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCCTGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCTCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACCTCCGGCGCATTCTGTCCCTGTGCCTCCGGGAAGCGA‑GCAGCAACACGTGGGACCACTTGCGAATGACTCGGGGGGCAATGGACGGGTGGCCCGTGCa > 1:1006313/3‑239 (MQ=255)
tAATGGGCGACAACCTCGGCTGGTTTTTCGCCAGCCAGACTTCA‑TGCCCCAGCCCCATTACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGGCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTg < 2:128639/239‑1 (MQ=255)
tAATGGGCGACAACAGCGGCTGGGTGTTCCCCAGCCAGACTTCA‑GGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTg < 2:568200/239‑1 (MQ=255)
cGACAACATCGGCTGGGTGTTTTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTTGCCGCCCCCATATCATCGACGCGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTCCCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCGTTCTGTGCCGTCTCCTCGCGGAACCCACTCAGACATGC‑TGGGCTCTCACCCACATTACTCGGATGGACGATTTGCTGTGGCCCGCTCAggcggggacgcg > 1:232919/1‑229 (MQ=255)
cGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATa > 2:748200/1‑122 (MQ=255)
gACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGCATTACTCGGGTGGAAGGTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTGGGCAt > 2:634750/1‑239 (MQ=255)
gACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCAt > 2:845926/1‑239 (MQ=255)
caaaaactgggCTGGGGTTTCCCCAGCAAGCCTTAA‑GGCGCCAGCCCCATGCACGGAATGCCCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCAt < 2:1172947/230‑1 (MQ=255)
acaacaTCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCCAGGCCGGCGCATTCTGTGCCGGCACCTCGCGGAGGCGACCCAGCCATCC‑TGGGATCACATCGGAGTTACTCGGGGGGGAGTTTACGTGTGGccggacaaactggggcgcgcgg > 1:217334/1‑219 (MQ=255)
actcgggctggggTCTTCCCCGCCCAAACTTCA‑TGCCCCAGTACCATGCCAGGACTGCTCGCCGCCGCCATATCCTCGACCTGGAGAAATTCGCGAGTTGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGAc < 1:271361/229‑1 (MQ=255)
gttttCCCCAGCCAGCCTTCA‑GGCCCCAGCTCCATGCCATGAATGCCCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAAt < 2:356047/235‑1 (MQ=255)
tgtTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGTGCATCGGTTTACCGCTGCCCCATACCCCCACGTCCGGCGCATCCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGCAGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACCAGGGGGGAAGTTGTCGGGTGGCCCGCACAGGGTgggacgcatgccagggggggaacac > 1:73968/1‑216 (MQ=255)
tccccagccagCCTTCA‑TGCGCCAGCCCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 2:1004662/236‑1 (MQ=255)
tccccagccagCCTTCA‑TGCCCCAGCCCCATGAAATGAATGCTCCCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 2:629549/236‑1 (MQ=255)
tccccagccagACTTCA‑GGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 2:510635/236‑1 (MQ=255)
tcCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCCTCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAAAGC‑TGGGCTCACCAGCGCATTACTCGGGGGGAAGTAGTCGGGAGGCCCGGACAGTGTGGGCCGCGTCACCGGCCGGAAATCGGGTcc > 1:1162841/1‑239 (MQ=255)
tcCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTAACGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGACGCGACGCAGCACAGC‑Tggg > 2:807059/1‑159 (MQ=255)
agccagACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATaccacc > 2:399009/1‑102 (MQ=255)
ccagACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTCGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGCCTGACCGGTAATCGCGTCCgg > 2:660013/1‑235 (MQ=255)
ccagACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGAAGCAATCC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGGGGCAGTTGTCGGTGGGCCCGTAACGGGTGGGCGGCATGACTGGGCGGTAAAcgccgccggaac > 1:948204/1‑230 (MQ=255)
ccagACTTCA‑GGCGCCAGGCCCATAAACGGAACGCCCCCCCCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACt < 2:455451/239‑1 (MQ=255)
a‑TGCGCCAGCCCCGTGACATTATTGCTCGCAGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCAGCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCCCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGt < 2:1162841/239‑1 (MQ=255)
|
CCCCGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACT‑TTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGT > NC_000913/2126279‑2126742
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
