Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
142 |
103.7 |
2603848 |
81.8% |
2129947 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,594,551 |
C→G |
21.6% |
R58P (CGC→CCC) |
lgoT ← |
putative L‑galactonate:H+ symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,594,551 | 0 | C | G | 21.6%
| 183.4
/ 10.0
| 90 | R58P (CGC→CCC) | lgoT | putative L‑galactonate:H+ symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/15); new base G (4/17); total (58/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACCAACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATTGTGCATTACGCAAGGTTG > NC_000913/4594316‑4594782
|
ccccAACCCAAACAGCGTAAAGTTGTGCCACACGCCAGACATGGCCGGGAACAGTTGACAGAAAAACAACCCCCGGCCCGGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGGGGCACT‑TAAGCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGt < 1:560256/237‑1 (MQ=255)
acacGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCgag‑a < 2:335822/239‑1 (MQ=255)
acaaGAACGGCGTAAAGTTGTGCACCATTCCAGACATGTGCGGGGACAGGGACCAGAAGCACCTCCCCATGCCCATGATCGGGGGTGGGCCGTTACGGGCCAAAAGGGGGCCGCGAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCgag‑a < 1:1220605/239‑1 (MQ=255)
cacGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACCGCGAACTGCGGTCGGG‑At > 2:1223939/1‑239 (MQ=255)
aCTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTg > 2:668279/1‑239 (MQ=255)
tGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTAACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑At > 2:1246501/1‑239 (MQ=255)
cGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GAGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTCAATTTGCTACC‑GCCAGCGAACTTCGGCTGAG‑ATAATTG‑Att > 2:179769/1‑238 (MQ=255)
aGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GCCAGCGAACTCCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑Accgc > 2:86615/1‑238 (MQ=255)
tgCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGt > 2:979391/1‑214 (MQ=255)
tgCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGt < 1:979391/214‑1 (MQ=255)
tgCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATACCGTAAGCGAGGGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCCCGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GAAAGCGAACAGGGGACAGT‑AAATTTG‑ATT‑AACGCCGCaaa > 1:950145/1‑239 (MQ=255)
cACCATGCCAGACCTTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGGCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGCGTGAAAACACAGAGAG‑CAAA‑GAGC‑CCGTTTCGGGGGCAAT‑TAATCACACATCTTCAAGAA‑CACTAAAATTTGATACT‑GGCAACGAACCACGGTCGGG‑GTAATTG‑ATTAACCGCCGAaaaa > 1:938758/1‑239 (MQ=255)
cACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCACCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGCGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTACGCGAGGGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCCCT‑TAATACCAATTCTTCACGAA‑CATGAAAATTTGAAACG‑GACAACAAACTGCGGTCAAA‑ATAATTG‑AAT‑AACTCCGCaaaaa > 1:454770/1‑239 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GCCAACGAACTGCGGTCGAG‑AAAATTG‑ATT‑ACCGCCCCAaaaaaaaaa > 1:259445/1‑238 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAaataat > 2:1139030/1‑239 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGCCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAaataat > 2:681868/1‑239 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGACCT‑TAATCCCAATTCTTCAGGAA‑TCGTTAAATTTGTTACC‑GACAACGAACTCGGGGCAGG‑ATAATTG‑ATT‑ACCCCCCCAaaaaaaaaa > 1:312650/1‑238 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGAGCAATCCCGTAAGCGAGTGACAAAACGGCGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TCATACCAATTCTTCCCGAA‑TCGTTCAATTTGATACC‑ACCACAGGAATGGAGTCGAG‑ACAATTgctatactcaccaaaaaaaaaa > 1:277426/1‑218 (MQ=255)
tGCCAGACACTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCACTCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑GGCTTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCGTCACGAA‑TCGTGAAATTTGCTACC‑GACAGCGAAGTGAGGTCACG‑ATAATTC‑TTT‑ACCGCCCCAaaaaaaaaa > 1:146022/1‑238 (MQ=255)
cAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTTCC‑GACACCGAACTGCGGTGCGG‑TTAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAatactaca > 2:663793/1‑237 (MQ=255)
tGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGATTGAAAACACGGCGAG‑CAAA‑GCGC‑CGACTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTACATTTGCGACA‑GAAACCGACATGCGGGCGAG‑AAAATTG‑ATT‑ACCCCCGCAAAAAATaaaaaaaaaaagg > 1:942112/1‑234 (MQ=255)
tGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GCCAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACGGCCGCAAAAAATAATAACAACTTgg > 2:492716/1‑239 (MQ=255)
tGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGGG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAAAAAAAAGGGGGGGGGTTGa‑a > 1:195557/1‑239 (MQ=255)
tGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGCG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGTCGGTGGTTTGa‑a > 2:428570/1‑239 (MQ=255)
tGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGGGGGTTGa‑a > 2:716892/1‑239 (MQ=255)
agaagaACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAAAATGGCGGGGGGTTAA‑A‑AGCgg > 2:672642/1‑238 (MQ=255)
aagaaCATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAACTAATAACAACATGGCGGTGGGTTGacatcgttt > 2:1237638/1‑231 (MQ=255)
aaCATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GCCAGCGAAATGCGGTCTAG‑CAAATTT‑ATT‑ACCGCCGCAAACATAAATAAAAAAATGGGGGGGGGTGTA‑A‑AGCGTTTAAt > 1:599140/1‑239 (MQ=255)
cATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAACTTTGCTACC‑GACAGCGCACTGCGGTGCAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACAAGGCGGAGGTGTGA‑A‑TGTG‑TTAATTca > 1:870605/1‑238 (MQ=255)
cATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGGGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAAtaataa > 2:53028/1‑207 (MQ=255)
ccAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTAACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGGGGTTTTa‑aataggttaaattaggga > 1:212795/1‑222 (MQ=255)
gTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTTC‑A‑TGGGTTTTATTCTGGTACtt > 2:1018738/1‑238 (MQ=255)
tCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTCGGCCGCCAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACCGCGAACTTGGGTCGGG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACCTGGCGGTGGGTTGAGT‑TGCGTATAATTggggaaatc > 1:983104/1‑234 (MQ=255)
cccAGCAGCGGGGGTGCCCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAGGGAAGTGGCACAACCCCGTAAGCGAGTAAAAACACGGAGAG‑CAAG‑GCGC‑CGTTTCCGGTGGCACT‑TAACCCAAATTCTTCACGAT‑TCGTTAATTTTGCTCCC‑GACAGCAAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGTACTGCg < 2:212795/239‑1 (MQ=255)
cATCGGGCGTGGGCTTTTACGTTCAAATTGTGGCCCGAAAGAAAGTGGCCAAATCCCGAAAGCGAGTAAAAACAGGGAAGA‑CAAA‑GCCC‑CTTTTTCGGTGGCATT‑TAATCCAATTTTTCCACAAA‑TCTTTAAATTTGCTACC‑GACGGCGAACTGCGGTCGAG‑ATATTTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGaa < 2:312650/239‑1 (MQ=255)
aGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑TTAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGTAATGCGTTGGACTaa > 2:276488/1‑239 (MQ=255)
aGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTTATTCGGGTACTTCGTTGTACTaa > 2:215263/1‑239 (MQ=255)
aGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGGACTCGGTTGAAcaa > 2:902281/1‑236 (MQ=255)
ggCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGCA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GCCAGCGAACTGCGGTCGGG‑ATCATTG‑ATT‑CACGCCGCTAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTGA‑ATTGCTTTTATTTAgggactcccggcaaaacaa > 1:1179503/1‑223 (MQ=255)
ttACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GCCAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCCCCGCAAAAAATAATAACAAAATGGCGGTGGGTTTA‑A‑TGCGGTTAATTTGGGGAAAGCGTTAAACAAAACCAAC‑aggtgg > 1:754645/1‑239 (MQ=255)
ttACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GAGC‑CGATTTCGGTGGCCCT‑TAATCCCAATTCTTCACGAC‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GCCAGCGAACGCCGGTCGCG‑ATAATTT‑ATT‑ACCACCGCAAAAAATCATAACACCATGGCGGTGGATATG‑A‑TTCGGTTCTCTCGGGTACTGcttcgtcataactcaaccggggg > 1:973042/1‑217 (MQ=255)
tACGACCCAATGGGGGGCCGAAAGGAAGTTGCGAAATCCCGTAAG‑GAGGGAAAACACGGGAAGACAAG‑GCGC‑CATTTTGGGGGGCACT‑TAACCCAAATTCTCCACAAA‑TCTTTAATTTTGCAACC‑GACAGCGAACTGGGGTGGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑c < 2:259445/239‑1 (MQ=255)
aacacagaaaggggggCCACAAGGAAGTTGCGCCCCCCAGGAAG‑GAGAGAAAACAGGGGAAA‑CAAACGCCC‑CTATGTGGGGGGCACT‑AAAACCAATTTGTACAAAAG‑TGGTAAATTTCGCCACC‑AACAGCAACCTGGGGGCTGA‑ATAATGA‑TTT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑Ca < 1:1246501/226‑1 (MQ=255)
aTCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GCCAGCGAACTGCGGTCGAG‑CTAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGGGGGTTTA‑C‑TCGGTTTAATTCCGGTAATGCGTTGGACTAATTCaatctgcggccagg > 1:256015/1‑226 (MQ=255)
tCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTACTTTCGGAACTGCGTTGAACTATTCCTTC‑TGGTGG‑ccaggg > 2:608807/1‑234 (MQ=255)
tAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGCCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAatat > 2:1010951/1‑239 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGTTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGAGGGGGGTTTA‑A‑AGCGTTTATTTCGGGGACTACGTTGAAATAAATCATC‑GGTGGG‑CGCGGGacaatatgcg > 1:1096410/1‑230 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATCATTG‑ATT‑ACCGCCGCCAAAAATAATAACAACATGGCGGGGGGTTGA‑A‑TGGGGTTTATTCGGGGACTTCGTTTAACTAAAACATCTTGGGGA‑CCCGGGAatttttcc > 1:794355/1‑233 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTTATTTGGGTACTTCGTTGAACTAATCCCTT‑TGGGGG‑CCAGGGaaaaacttcc > 2:569798/1‑231 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGGTTAATTCTGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TTGTGG‑GCCggggagatattc > 2:995979/1‑229 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGGTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATAACTTcc > 2:580052/1‑239 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTGA‑A‑TGCGTTTAATTTGGGAACGCCGTTGAACTAATCCATC‑TTGTGG‑GCCGGGAAAAACTGcc > 2:775594/1‑239 (MQ=255)
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ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGATGCTTGA‑A‑GGCGGTTGATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGGATATCTGc > 2:462537/1‑238 (MQ=255)
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|
CACCAACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAA‑GCGC‑CGATTTCGGTGGCACT‑TAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACC‑GACAGCGAACTGCGGTCGAG‑ATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑A‑TGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATTGTGCATTACGCAAGGTTG > NC_000913/4594316‑4594782
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
