Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,810,544 |
A→G |
15.7% |
S112G (AGC→GGC) |
ydjM → |
inner membrane protein regulated by LexA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,810,544 | 0 | A | G | 15.7%
| 188.9
/ 3.9
| 95 | S112G (AGC→GGC) | ydjM | inner membrane protein regulated by LexA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/24); new base G (9/8); total (60/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTA > NC_000913/1810308‑1810778
|
attttGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGc < 1:783147/236‑1 (MQ=255)
tatTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACCAGG‑AATG‑GTGCTGGGGTA‑TTTGGGc > 1:747022/1‑238 (MQ=255)
tCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTCTTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACACGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCCCAt > 1:316323/1‑238 (MQ=255)
tCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CTTTCCGGCGAATGCG‑TTCCAAGG‑AATG‑GGGCTGGGTTT‑TTTTTGCcacca > 2:70449/1‑236 (MQ=255)
ccTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACt < 2:1198785/239‑1 (MQ=255)
ccTTCCCCATTTCTGACGTGTTTGTTCCCGTACATCGATCCCCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGTTCGCCCGCGCTTTG‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACt < 2:202066/239‑1 (MQ=255)
ttCCGAAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGAAATCGATCCCCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTg < 2:995770/239‑1 (MQ=255)
tCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAGGCCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACATACT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GGGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTTCCTTAAGGT‑TCCCGAAGCCTGGTC‑CATTCCGGCTGATGCG‑TCACAATG‑AATG‑GTGCTGGGTGA‑TTTAGGCCACAAACTTg > 2:256408/1‑238 (MQ=255)
tCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTTGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTg > 1:612534/1‑238 (MQ=255)
tCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGCTGGG‑CTACAAGG‑AAAG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTg > 1:113068/1‑238 (MQ=255)
tCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCAACAGTCT‑GCTGGCG‑GTCTTT‑GCGC‑TGCCGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGCAGGGCGGTT‑CCTTCCGGGTGATGCG‑CCACAAAG‑CAAG‑GTGTTGGGGAA‑TTTGAGCCCAAAACTTGc > 2:68475/1‑239 (MQ=255)
cGCTATCCTGGCGTTTTTGTTACCGGACAACGATCACCCAAGGGCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCTGGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTG‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑g < 2:904059/239‑1 (MQ=255)
tCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGGGCCACTAACTTGCC‑Gatag > 1:1026027/1‑237 (MQ=255)
aCGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GGGCTGGGTTA‑TTTGGGCCCCATCATTGCC‑GCAATGCTGa > 1:904059/1‑238 (MQ=255)
aCGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGCCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑AATTCCGGCTAATGCG‑ATACAAGG‑ATAG‑TGGCTGGGTTT‑TTTCGGCCCCATCCTTTCC‑GCTTTGCTGa > 1:314526/1‑238 (MQ=255)
cGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAAGCTTGTT‑CATTCCGGCCGCTGCG‑CTACCAGA‑GATT‑GTGTCGGGTTA‑TTTTGGCCACATGACTGCC‑GATATTCTGac > 1:1284131/1‑238 (MQ=255)
tttgttACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACAccc > 1:892448/1‑238 (MQ=255)
ttgttTCCGGACCTTAATCCCCCAATGGCCTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATAACAAACCCGTTCCCCCGCTTTTTT‑GGGCATGGTTGTTTTACCCACAGTCG‑GCTGGCG‑TTTTTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAATGT‑TCCGGAAGGTTGGTT‑CAGTCCGGCTGAGGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCGGGGTTA‑TTTGACCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACccgc < 2:747022/239‑1 (MQ=255)
ttgttACCGGACATCGACCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGAGGCGATTAGAATGGATATAAAAACCGACCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACccgc < 1:517362/239‑1 (MQ=255)
tACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGGAA‑CCTTTTACCTTACGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CCTTTCGGTCTATGTG‑CTACACGG‑AAAG‑GTGCTGGGTTT‑TTTTAGCCACATACTTTCC‑GAAATGcgtacaacccggcgg > 2:580023/1‑225 (MQ=255)
tACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGGAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCCGATTGG‑CTACACGG‑AAAG‑GTGGTGGGGTA‑TTTTAGCCACCAACCTGGC‑CATATGCTGACACCCCCCggg > 2:92515/1‑238 (MQ=255)
cccGGACCTCGATCACCCAAAGTGTTTTCTGGGGCGGGGATTAAAATGGAAATCAAACCCGATCGCCCGGTCTTTT‑GGGCATCGGGGTTTTACCCACAGTCG‑GCTGGGG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCGGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGgtg < 2:612534/238‑1 (MQ=255)
aCCGGACACCGCTCCCCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAAGGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGgtg < 1:70449/239‑1 (MQ=255)
ccGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGGG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTT‑TTTGGTCCCCAAACTTTCC‑GAAATGCTGAACCCCCCCgggtt > 2:1195036/1‑236 (MQ=255)
gACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGGAGGCCGGTT‑CATTCCGGGTGATGCG‑CTACAAAG‑AATG‑GGGCTGGGGTA‑TTTTAGCCCCCTACTTTCC‑GATATGCTAAAAACCCCCGGTGttt > 2:190594/1‑237 (MQ=255)
ccaccctccccccacggTCGTTGCTGGGGCAGCAATTAAAATGGATAACAAACCGGATCGCCCGCGTTTTT‑GGCAATGGGGGTTTTACCCACTGGCT‑GCGGGCG‑TTATTT‑GCGC‑TGCTGGCCA‑CCTTTTCCCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGAGGTG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGTTTA‑TTTGACCCCCATCCTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTccc < 2:1283269/223‑1 (MQ=255)
cctctaTCACCCAAATTCTTTTCTTGGGCAGCTATTAAACTGGATATCAAACCCGATCCCCCGCCTTTTT‑GGGCATCGTGTTTTTCCCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTccc < 1:31088/233‑1 (MQ=255)
aCCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGGGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGTCACCCCCCGGGGTTCCCCTGTTCTg > 1:263123/1‑238 (MQ=255)
aaGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTCCAAGG‑AATG‑GTGCTGGGGTA‑TTTTAGCCCCCTCCTTTCC‑GTAATGCTGACACCCCCCGGGGTTTCCCTGCCCTGGCCac > 2:361620/1‑237 (MQ=255)
aGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GGGATGGGGTA‑TTTGAGCCCCATACTTGCC‑GATATTCTGAAACCCCCCGGGGTTTCCCTGCCCTGGCCaag > 2:550504/1‑236 (MQ=255)
gCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACCTACTTGCC‑GCAATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCCCTGGGGTTTCCGCt > 1:584940/1‑239 (MQ=255)
cGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCC‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGGGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACCATCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCCTGCCGACGGCGTTTCCGCt > 1:981532/1‑238 (MQ=255)
gcttataaaggtgatCAAAACCGCTGGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGGTGGTTTACCCCCAGTTTCGCTGGCG‑GT‑TTT‑GTCG‑TGTCGGCAACCCTTTTACC‑TAAGGG‑TCCGGGAGGGTTGTTCCAACCGGGCTGTTGGG‑CTAAAAGG‑AAGG‑GGGTGGGTTTT‑TTTGAGCCCATTACTGCCC‑TATATGCTAACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCt < 2:962076/225‑1 (MQ=255)
aTTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CCTTCCGGCTGATGCC‑CTACCAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGTCACATACTTGCCGGAAATG‑TGACACCCCCCAGGGTTTCCCTGCTCTGACCATGCCGCTGGCGTTAccacctg > 2:177234/1‑233 (MQ=255)
atatCAACACCAACCGCCCGGGCTGTG‑GGGCTCTGTGTTGTTCCCCCCAGTTC‑GCGAGCGTGTTTCT‑GC‑C‑TGCTGGAAG‑CTTTTAACAGTAAGTT‑GCCGGAAGGATGGTT‑CATCCCGGCTGATGCC‑CTCAAAGG‑AAGG‑GTGCGGGGTTA‑GTTGAGCCGATTGCTCTCC‑GTTATGCGGCCACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCAGGCCGCTGGCGGTTCCGCTTGCCTCTCCTgg < 2:1212141/238‑1 (MQ=255)
atatCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TCTGAGCCCCATACTTGCC‑GGTATGCTGACACCCGCCGGGGTTCCCCTGCTTTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCCCTTGCCTATTCTGGt > 1:1289647/1‑239 (MQ=255)
taccAAACCCGTTCGCCCG‑GCTTTTGGGGCTTCGGGGTTTTCCCCAAGGTTT‑GCTGGGG‑GTTTTG‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTATTTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTgg < 1:1048196/235‑1 (MQ=255)
acccggtgccccGCG‑TTTT‑GGGGTGCGTGTTTTTTCCCCCCGTGC‑GGTGGGG‑GGATTG‑TGGC‑TGCCGGGAA‑CCTTTTACCGTTAGGTGTCCGGAGGGTTGGTT‑CATTCCGGCTGTTG‑G‑TTTCAAGGAAATG‑GGGCTGGTTTA‑TTGGAGCCATATACTGTCA‑GATAGGCTAACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCaa < 2:967831/230‑1 (MQ=255)
aTCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGTAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGCTGCG‑CTACAACG‑CATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTTAGCCCCGTACTTGCC‑GGTAAGGTGCACCCCGCCGGGGTTCCCCCGCTCCCGCCCTCCCCCTCGCCGTTCCCCTTCCCTACTCCGGTTCCCCcaaaag > 2:164814/1‑236 (MQ=255)
aTCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGGGTTTCCGCTTGCCTTTCCTGGTTCCCCAAAAgg > 1:1269566/1‑238 (MQ=255)
aTCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGGGTTCCCCTGCTCTGGCCAGGCCCCTGTGGTTTCCCCTTTCCTTTCCTGGTTCCCCAAAAgg > 2:989502/1‑238 (MQ=255)
aTCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAAGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CCTTCCGGCTGATGAG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGGTA‑TTTGAGCCACATACTTTCC‑GATATTCTGACACCCCCCGGGGTTCCCCTCCTCTGGCCATCCCCCCGGCGGTTCCCCCTGCCCATCCCTGTTCCCCAAAAcgg > 2:627061/1‑239 (MQ=255)
cccccGCTTTTTT‑GGGCTTTTTGTTTTTCCCCCAGGTCT‑GCTGGCG‑GTTTTT‑GCGC‑TGGTGCAAC‑CCTTTTACCTTAAGTG‑TCGGGAAGGCTGGTT‑CATCCCGGTTGAGGCC‑TAACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTT‑TTTGGGCCACATCCTGGCC‑GATATGCTGACCCCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGca < 2:584940/237‑1 (MQ=255)
cgcTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGaaacca > 1:861646/1‑237 (MQ=255)
cgcTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGGTCCCCAAAAGGGcaaccaaa > 1:953918/1‑238 (MQ=255)
tttaagagtacgggTTTTTCCCCCCTTTT‑GGTGGGG‑GTTTTTGGCGC‑TGGTGGCAA‑CTTTTTCCCTTAGGGT‑TCGGGAGGGTTGGTT‑CATTCCGGCTGTGGCG‑CTAAAGGG‑AAGG‑GTGGGGGGTTT‑TTTGCGCCACATACTTGCG‑GATAGCCTGACCCCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTgg < 2:1202970/227‑1 (MQ=255)
gTTTTCCCCACAGTTT‑GCTGGCG‑TTTTTG‑GCGC‑TGCTGGCAC‑CCTTTGCCCTTAAGTT‑TCGGGAAGGCTGGTT‑CATCCCGGCTGAGGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATCCTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTg < 1:550504/238‑1 (MQ=255)
tttACCCCAGGTCT‑GGTGGCG‑GTTTTT‑GGCC‑TGCTGGCAA‑CTTTTTCCCTTAGGGT‑CCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCC‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCa < 1:1365954/238‑1 (MQ=255)
tccccCAGTTT‑GGTTGGG‑GTGTTT‑GCGCGTGCGGGCAA‑CTTTTTCCCTTAAGGT‑CCCGGAAGGTTGTTT‑ATGTCCGGCTG‑TGCGCCTCAAAGA‑AATG‑GTGCGGGTTTA‑TTTGGGCCACATCCTGGCC‑GATATGCTGACCCCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATgg < 2:892448/238‑1 (MQ=255)
cccACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCCCTGGCGTTTCCCCTTGCCCTTCCTGGTTCCCCCAAAGGGCACCCACACGGAAAGTTTTTTACGCATGCCa > 2:1270262/1‑239 (MQ=255)
cccACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCCCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCAGGGCa > 1:578740/1‑239 (MQ=255)
caGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGGGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGTTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATcctttctcttttac > 1:1202970/1‑226 (MQ=255)
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aGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCCCCTGCGTTTCCGCTTGCCTACCCTGGTTCCCCAAAAGGGGAACCACCTGTAACGtttttattgccaggacttttt > 2:1216690/1‑222 (MQ=255)
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tCT‑GCTGGCG‑GTACTT‑GCGC‑TGCTGGCCA‑CCTTTTTCCTTTAGGC‑TCCGCAAGGCTTGTT‑TATTTTGGCTGATGCG‑CCAAAAGG‑GATG‑CTGCTGGGTTA‑TTTGTGCCACATACTTGCC‑GATCTGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTCTCCTTGCCCCCGACGGTTCCCCTTGCCCTTCCTCGTTCCCCAAAAGGGCACCCAACAGGAAAGCTTTATCTGCCTGGctgtgttt > 2:680312/1‑231 (MQ=255)
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gtggtgaccctttttCCCTTAGGGT‑GCGGAAAGTCTGGTT‑AATCCCGCTTGGTGCG‑C‑AAAAGG‑GATGTGTGCTGGGTTA‑TCTGACCCACATTCTGGCC‑GATTGGCTGACCCCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGccc < 2:1289647/228‑1 (MQ=255)
acccTTTGCCCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGTTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACCCCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCcattcat < 1:190594/237‑1 (MQ=255)
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aCCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCgag > 1:824601/1‑239 (MQ=255)
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ctCCGGGTTATGCG‑CTAAAAGG‑AAGG‑GTGCTGGTTTA‑TTTGAGCCCCATACTTGCC‑GATATGCTGGCACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCaa < 1:580023/238‑1 (MQ=255)
atccgtcgtaTGCG‑CAAAAAGG‑ATGT‑GTGCGGGGTTA‑TTTGCGCCACATACTTGCC‑GTTATGCTGACCCCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCaa < 1:92515/230‑1 (MQ=255)
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tttGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCAATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCtta > 1:767329/1‑239 (MQ=255)
|
ATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTT‑GGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCT‑GCTGGCG‑GTATTT‑GCGC‑TGCTGGCAA‑CCTTTTACCTTAAGGT‑TCCGGAAGGCTGGTT‑CATTCCGGCTGATGCG‑CTACAAGG‑AATG‑GTGCTGGGTTA‑TTTGAGCCACATACTTGCC‑GATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTA > NC_000913/1810308‑1810778
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
