Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F27 I0 R1
|
120 |
139.6 |
2835800 |
98.5% |
2793263 |
226.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,228,227 |
G→C |
16.2% |
pseudogene (381/1287 nt) |
mdtQ ← |
pseudogene, putative channel/filament proteins |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,228,227 | 0 | G | C | 16.2%
| 124.4
/ 2.8
| 59 | pseudogene (381/1287 nt) | mdtQ | pseudogene, putative channel/filament proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/28); new base C (8/2); total (28/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 |
TTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAG > NC_000913/2227994‑2228459
|
ttcattttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTc < 2:197293/239‑1 (MQ=255)
ccccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGccc < 1:31047/239‑1 (MQ=255)
cccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGACAGCC‑AGCAATTGGCGTG‑TTTGCTCGCCGTTCC‑CCGccc > 1:1389657/1‑238 (MQ=255)
gcgACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTACCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGc < 1:443207/239‑1 (MQ=255)
gACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCtt < 2:105326/239‑1 (MQ=255)
aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTaa < 2:789846/239‑1 (MQ=255)
aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTaa < 2:548242/239‑1 (MQ=255)
aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGACGCCCGTGCTTTaa < 1:151826/239‑1 (MQ=255)
gctgctGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTAcc < 2:1334211/238‑1 (MQ=255)
ctgctgCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTTTCCC‑CGTTTCCCCCCCCGGCGTTTAACCGCAcccc > 1:418316/1‑238 (MQ=255)
gcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCgg < 2:744170/239‑1 (MQ=255)
gcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGTTCCCCCCCCCCGGCTTTTACCGGAACCcggcgg > 1:322603/1‑239 (MQ=255)
gggTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCtt < 2:1212908/219‑1 (MQ=255)
gggTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCtt > 1:1212908/1‑219 (MQ=255)
ggTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGc < 1:894355/233‑1 (MQ=255)
ttttGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCGAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGt < 2:126143/238‑1 (MQ=255)
gCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCt < 1:316942/239‑1 (MQ=255)
gCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCC‑CCGTTCGCCGCCCCGGGTTTTACCGACCCCCGGCGGGGAGtcaacccct > 2:894355/1‑230 (MQ=255)
aTTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGccc < 1:670773/239‑1 (MQ=255)
atCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCGGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCt < 2:828557/239‑1 (MQ=255)
gTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTTCTCT‑CGTTCCCCCGCCCGTGCTTTAACCGTCCCCCGGCGGGCAGGAAACTCCGCCCCCTTCtttt > 1:643030/1‑237 (MQ=255)
ttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTcccc < 1:425302/239‑1 (MQ=255)
ttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTccc < 1:12253/238‑1 (MQ=255)
ttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTccc < 1:827047/238‑1 (MQ=255)
aCTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGGTCCGCCCCCCCTGCCTTTACCCCACCCAGGCGGGCAGGAACCTCCCCCCCCTTCTTTcccccagtatcgcgaa > 2:250724/1‑226 (MQ=255)
aagaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCCTGCTTTTACCCGACCCAGGGGGGCAGTAACCTCCCCCCCGTTCTTTCCCCCGATATCGAGATG‑ccc > 1:503147/1‑237 (MQ=255)
agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGGTCG‑CGGTCCGCCCCCCGGGCTTTTACCGGACCCCGGCGGGCAGGAAACCCCCCCCGGTTTTTTTCCCCGATATCGAGATA‑CCAg > 1:292781/1‑238 (MQ=255)
agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGGTCCCCCGCCCGTGCTTTTACCGTACCCCGGCCGGCAGTAACCTCCCCCCCCTTCTTTCCCCCAATATCGCGATG‑cccg > 2:1336744/1‑236 (MQ=255)
agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCC‑CGTTCCCCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTTCCCAGATATCGAGATG‑CCAg > 1:1066356/1‑238 (MQ=255)
gaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTTCTCC‑CGTTCCGCCCCCCCTGCTTTTACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCCCCCCCCGGTTCTTTTCCCCGAAAACGGGCGG‑CCAG‑c > 1:870078/1‑238 (MQ=255)
gTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGGACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCATATATCGAGATG‑CCAG‑Cccg > 1:866180/1‑238 (MQ=255)
gTTCTGATAGAGCGGGCGACGGGCCGCGATAATGGTTCTCTTCTTTTTTTCTATTTGCGGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCCCCTGGGTTTCCCACC‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTACCCGTCCCCAGGCGGGCAGTACCCCCCGCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGc < 2:292781/239‑1 (MQ=255)
ttCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGGTTCCCCCCCCGTGCTTTAACCGTAACCAGGCGGGCAGTAACCCCCGCCCCATTCTTTTCCCCGATATCGGGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTTAGc > 1:261383/1‑238 (MQ=255)
atatggcggggtgtgggtggggttAAGGGTGTTGTGTTTTTTTTCTATGGGCTTAAAGACCGTGTTAAGCG‑CCCCGTGGGTTGGCCTCC‑CCCAGTACAGGCGGGTTACGCGGCCAGCC‑AGCATTGGGCGGT‑TTTGCTCG‑CGTCCCCCCGCCCGTTCTTTAACCGTCCCCAGGGGGGCAGTACCCCCCGCCCTATTTTTCCCCCAGATGTAGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAg < 2:503147/216‑1 (MQ=255)
atatAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTTCTCG‑CGTTCCGCCGCCCCTGCCTTTACCAGACCCAGGCGGGCCGTAACCTCCCCCCGATTCTTTCCCCCGGTATCGAGAAG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAACCcaaaa > 1:116749/1‑238 (MQ=255)
tGGCGATGGGTCGCTTTATTGGTTTTTCTCTTTTTTTCATTTTGGTGCAGGCCCTTGTTTAACC‑CCGCCGGGGTTTGCCCCC‑CCCAGTACGGGCGGGCTACCCTGCCAGCC‑AGAAATTGGGGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCCCCCTTGCTTAACCCGTACCCAGGCGGGCAGAACCCCCCGCCGGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGt < 2:870078/238‑1 (MQ=255)
ggCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCC‑GGGTCCGCCGCCCGTGCTTTTAACGTTCCCAGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCGATTTTTTCCCCCGATATTGAGATG‑CCAG‑CCCGCCCGTAAACCCAAAGTACCGGTg > 1:1119971/1‑239 (MQ=255)
ggCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTTC‑CCTTTCCCCGCCCGCTGTTTAACCGGACCCCGGAGGGGCGTAACCTCCCCCCGCTTCTTTCCCCAGCTATCGGTGTG‑TCCG‑CCCCCCGCTCAGCCAAAAGTAACGTTg > 2:979058/1‑239 (MQ=255)
ggCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCCTGCTTTAACCCTACCCCGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCCGTTTTTTTCCCCGCTATCCAAATG‑CCAA‑CCCGCCGGTTAGCCAAAAAGACCCTTg > 1:787541/1‑239 (MQ=255)
cGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTTCTCG‑CGTTTCCCCCCCCGCGCTTTTACCGTACCCAGCCGGGCAGTAACCCCCCCCCGATTCTTTTCCCCGATATTCAGATC‑ACAC‑CCCCCCCTTAAGACCAAAGAAcccctttg > 2:869279/1‑233 (MQ=255)
ggTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGGTCCGCCGCCCCTGCTTTAACCGTACCCCGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCGATTCTTTCCCCCGATATCCAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTTAGCCAAAAGTACCCTTGGGGTAcc > 1:531076/1‑239 (MQ=255)
taTAATGGTTTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTTTTTAACC‑CCGCCTGTGTTTGCCCCT‑CCCAGTACAGGCGGGCTCCGCTGCCAGCC‑AGCAATGGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTCCCGCCGCCCGTGCTTTACCCGTACCCAGGCGGGCAGTACCCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATAGCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACggg < 1:314184/237‑1 (MQ=255)
aTACTGGTGTTCTGCTTTTTTTCTATTTGCGGCAAGACGGTTTTTACCG‑CCGCCTGGGTTTGCCCCC‑CCCAGTCCGGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGAAATTGGGGGG‑TTTGCCCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTACCCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATACCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGc < 2:322603/238‑1 (MQ=255)
ttCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCCGGCGGGGAGGAACCTCCCCCCGCTTCTTTCCCCCGCAATCGAGATG‑CCCA‑CCCCCCCTTAAACCAAAAGTACCGTTGGGGTACCCCGGGCCGGTCGTa > 1:1212588/1‑237 (MQ=255)
ttttttttgccggcaggccGTGTTTAACGCCCGCCGGGGTTCGCACCT‑CCCAGTACGGGTGGGCGCCGCTGCACGCA‑AGAATTTGGCGGT‑TTTCCTCG‑CTTCCCGCCGCCCGTGTTTTAACCGTCCCCGGGGGGGCAGTACCCCCCTCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGCTC‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGa < 2:835471/222‑1 (MQ=255)
gccggtgttaccgccggtgtggTTTCCCACCCCCCGGTACGGGCGGTCTGCGCGGCAAGCC‑AGCATGGGGCGGT‑TTTGCGCG‑CGTCCCGCCCCCCGTGTTTAAACCGTCCCCAGGCGGGCATAACCCCCCGCCCGATTCTTCCCCCAGATACCGAGAGG‑CCGG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCaaa < 2:787541/217‑1 (MQ=255)
tgtTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTTGCGGG‑GTTTCTCG‑CGTTTCGCCCCCCCTGCTTTAACCCTACCCACGCGGGGCGCAACCCCCCCCCCATTCTTTTCCCCGATATCGCGCTG‑GCAC‑ACCCCCGTTTAGCCCAAAATACCGTTGGGGTACCACCGGGCTGTCGTACCCGCTGCCCGGACCGTT‑CACGGC‑AACGG‑ccc > 2:1172020/1‑238 (MQ=255)
ccagtaacgggCGGGCTACGCTCCCGCCA‑AGCAATGGGCGGT‑TTTCCTCC‑CTTCCCGCCCCCCGTGCTTTACCCGTCCCCAGGCGGGAAGTACCCTCCCCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGc < 2:1066356/230‑1 (MQ=255)
cccgTACAGGCCGGCTTCCCCTCCCGCCAAGCAA‑TGGCGGGTTTTGCCCC‑CGTCCCCCCCCCCTTCCTTTACCCGTCCCCGGGCGGGAAGTACCCCCCCCCCGTTTTTTCCCCCAGATACCGGAGGG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGc < 2:418316/236‑1 (MQ=255)
ggCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGTTTCGCCGCCCCGGCTTTTACCCCACCCCGGCGGGCAGTAACCCCCCCCCCATTCTTTTCCCCGATATCCAGGTG‑CCCGCCCCCCCTTTAACCCAAAAG‑ACCGCTTGGGTACCCCCGGGCGGGCGTACCTGC‑CGGCGGGTCCTTCCATGGCAAA‑GG‑CCCCCCTAAGCCCTCTGCCGGCCttttttttcggcccc > 2:530239/1‑228 (MQ=255)
gCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGGGCTTTAAACCTACCCAGGCGGGCAGTAACCCCCCCCCGCTTTTTTCCCCCGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGCTAAGCCAAAAAGACCGTTGGGGTACCCCCGGGCGGGCGTACCCCC‑GGCCGGGTCGTT‑TCGAGCAAAAGG‑CCCCCTTTCGCCCTCTTCCGCCATTTTTTGCCGcccccaat > 2:149400/1‑235 (MQ=255)
gCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCC‑CGTTTCGCCCCCCGGGCTTTAACCGTACCCCGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGGTTCTTTTCCCCGATATCCGGATG‑CCCG‑CCCCCCGTTTAGCCCAAAAGAACGTTGGGGTACCCCCGGCCGGGCGTAACTGC‑GGCCGGGTCGGT‑CAGGGGAAACGGCCCCCATTAA‑CCTTTCGCCGACCTTTTTTGCCGccccctt > 2:461439/1‑235 (MQ=255)
ggcctccGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTGGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGTTTTACCCGTACCCAGGCGGGCAGTACCCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATAGCGAGATG‑CCGG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATc < 1:1034106/232‑1 (MQ=255)
ggCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTTCTCG‑CGTTTCGCCGCCCCTGCTTTTACCGCACCCCGGCGGGGCGTAAACCCCCCCCCGTTCTTTTCCCCGAAATCCAGATGCCCGG‑CCCCCCGTT‑AGCCCAAAATACCGGTTGGGTACCCCCGGGCGGGCGGACCCGC‑CGGCGGGACGGT‑CCGAGCAAACGG‑GCCCCTTAAACCCTCTGCCGCCCTTTTTTTCCGCCCCctattc > 2:689866/1‑236 (MQ=255)
ggCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTTCTCC‑CGGTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGCACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCCATTCTTTCCCCCGATATCGAGATG‑GCCG‑CCCCCCGTTAAGCCAAAAGTACCGCTGGGGGACCACGGGCCGGGCGGACCCGC‑GGCCGGCGCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCCTTAAGCCCTCTTCCGCCCTTTTTTTCCGCCCCCTATcc > 2:782493/1‑238 (MQ=255)
ccagcc‑agCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCCCCGCAAAggc > 1:37076/1‑237 (MQ=255)
attggggggg‑TTTGCTCT‑CTTCCCGCCGCCCGTGCTTCAACCGTCCCCGGGCGGGAAATACCCCCCCCCGGATTCTTCCCCCAGATATGGAGTTC‑CCGC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCgg < 1:488303/232‑1 (MQ=255)
ggggggttttGCTCG‑CGTCCCCCCCCCCTTTCTTTACCCGTCCCCAGGGGGGCAGTACCCCCCCCCCGTTTCTTCCCCCAGATATCGAGATG‑CCAC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGa < 2:643030/230‑1 (MQ=255)
ttGCTCG‑CGTTCCCCCGCCCGTGCTTACACCGTACCCAGGGGGGCAGTACCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAGAAACCGGGATG‑CCAC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAg < 2:531076/239‑1 (MQ=255)
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TTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAG > NC_000913/2227994‑2228459
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
