Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,209,351 |
T→G |
13.4% |
pseudogene (254/2001 nt) |
yehQ → |
pseudogene |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,209,351 | 0 | T | G | 13.4%
| 241.0
/ 2.4
| 101 | pseudogene (254/2001 nt) | yehQ | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/47); new base G (16/4); total (50/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AATTATTAGAACTGACACCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGTGAAATTCCCTCTG‑CCCGCTTACCGATGAGCGATGTGCGTTTTTATTCCCGCAGCAGTATTCGTTTCGCC > NC_000913/2209117‑2209589
|
gttttttaaacgtGACACCGCAGGCGCTGCGGGCGTTAATCAAGGCCGGTTTTGTTAAGCGCCGTCCTAAGGAACTGGAAAATGGCTACGTCCCGGAGATCAGGCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCCCCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGtt < 1:534695/226‑1 (MQ=255)
ttaGAACTGACACCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGGGTCCGGACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGCAAGAGGCCCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCACCGCGGGATGCTGGGGTTagggta > 1:650152/1‑234 (MQ=255)
taGAACTGACACCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTAt < 2:723341/239‑1 (MQ=255)
aaCTGACACCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCaa < 2:545882/239‑1 (MQ=255)
aCTGACACCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCaa < 2:457841/238‑1 (MQ=255)
tGACACCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGTGCAAACGGTATGTGCCGTCATCTCGCGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGa > 2:496565/1‑239 (MQ=255)
acacCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAAAGGTATGGGCCGTCATCGCGGGATGCTGGGGTTAAGtttagaacgaaa > 1:695444/1‑229 (MQ=255)
acacCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGCGGCCGTACCCACCTAGCGCACGGCCAGGCACTGACAGAGGCACAGTGCAGGTGCGGGGGCACAGGTATGGGCCGTCATCACGCGAACCTGGTGGTAAGTAATCACCGAcg > 1:467207/1‑238 (MQ=255)
acCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACtt < 2:386429/238‑1 (MQ=255)
gCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAATTGCGGGGCCAACGGTCTGTGCCGTCATCCCGGGCGGCCGGGGTTAAGTGATCAACGACTTtgt > 1:717248/1‑238 (MQ=255)
cAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGTTGCTGGGTTTAAGTTAGCAACGACTTtggg > 2:782604/1‑236 (MQ=255)
cccTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCCCGTGATCCTGTGGTTAAGGTATCAACGACTTTGTGccac > 2:593636/1‑238 (MQ=255)
tggcGGGGTTAAGCCATGCCGGTTTGTTTAAGCGCGATGTTAAGGAACTGGAAAAGGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCCCCTTCAGTGACGGTGGCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACt < 1:359850/236‑1 (MQ=255)
tggcGGGGTTAAGCAATGCCGTTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCGGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTGCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACt < 1:324021/236‑1 (MQ=255)
tgccGGCTTTAAGCCATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGGTTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACt < 1:231947/236‑1 (MQ=255)
tGACGGAGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACt < 2:663419/239‑1 (MQ=255)
tGAAGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACt < 2:695444/239‑1 (MQ=255)
cGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGGGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCCCTGAAAGAGGCCCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTAGTGGCCGGCCTGCCGTGCTGCTGGGGTTAAGTGACAAACGACTTTTTGCCCCCCCTCacgt > 1:494266/1‑235 (MQ=255)
ttAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCGTGAGAACGACGCTTTCATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGGCCAGTTGCGGGGCCAACGGCATGGGCCGTCATCGCGGGCAGCTCGGGTTTAGTTATCAACGGCTTTTGGCCCCCACCCAGTCTAc > 1:348324/1‑239 (MQ=255)
ttAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGACCGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTACGTTATCAACGCATTTGTGCCACCCCTCAGCCTAc > 2:767530/1‑239 (MQ=255)
ttAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGGGTTAAGTTATCACCGACTTTGTGCCACCACTCAgcttac > 2:40204/1‑234 (MQ=255)
ttAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTCCGGGGCCACCGGTATGTGCCGGCATCGCGTGAGGCTGGGGTTAAGTTACAAACGACTTTGTGccaccccccgtgtcaa > 1:684206/1‑228 (MQ=255)
ttAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACATCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGCAAGAGGCTAAGGGCAGTTGCGGGGCCAACGGCATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGGGTTAAGTTATCAACGAGTTTGGACGACCACTCACTCTAc > 2:583084/1‑239 (MQ=255)
aGCCATGCCGTTTTTGTTAAGCGCAGTGTTAAGGACTTGGAAAATGGCAACGTCCGGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAAGCGCCCCCTTCAGTGACGGTGGCCGTCCCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGa < 1:428270/239‑1 (MQ=255)
ccaTGCCGGTTTTTTTAAGCGCAGTCTTAAGGAATTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGaaa < 1:846148/237‑1 (MQ=255)
tGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGGGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTCTGCGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGGTAAGTTATCAAACACTTTGTTCCCCCCCCAAGTCAACGGaaaaga > 1:679744/1‑237 (MQ=255)
tGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGGCCTCGCGGCGTGCTGCGGTTAAGTTTTCAACGACTTTGTGCCACCACTCAACCAACGGaaaaaa > 1:8000/1‑238 (MQ=255)
ccGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCTCCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAaag < 2:348324/237‑1 (MQ=255)
cGGTTTTTTTAAGCCACGTGGTAAGGAACTGGAAAATGGCACCGGCCCGGATATCAGCCCTTAGAACGGCGCTTTAATCGCCCCCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAaagaag < 1:862394/239‑1 (MQ=255)
tggtgtGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACTACGCTTTAAACGGCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTGAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAaagaag < 2:352649/233‑1 (MQ=255)
ggTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCCGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAaagaag < 2:13145/238‑1 (MQ=255)
ttttGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTtg < 2:754759/207‑1 (MQ=255)
ttttGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAaag < 2:637937/233‑1 (MQ=255)
ttGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACTTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCAGCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAagag < 2:589480/239‑1 (MQ=255)
ttGTTAAACCCAATCTTAAGGAACTGGAAAATGGCCACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGGCGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAagag < 1:604358/239‑1 (MQ=255)
cgcAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGCGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATTGGCCGTCATGCCGTGCTGCTGGGGTTAAGTTTTCAACGCCTTTTGGCCACCACTCAGCCTACGGAAAAAAAAAAAAAATggcggct > 1:637937/1‑234 (MQ=255)
tCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACAACTCGGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGACCCGGCaa > 2:215178/1‑239 (MQ=255)
aaCTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGGGATGCTGGTGTTAAGTTATAAACGACTTTGTGCCCCCACTCAGTCTACGGACAAAGAAGAAGAGTGAGGTCGGGCAACctggcgg > 1:691206/1‑237 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGCCTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGTAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGga > 2:818016/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGga > 2:487099/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGga > 2:729196/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGga > 2:16483/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAAAGCGGGATCCGGCAATCTGGCTGga > 2:243473/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGGGCCGTCATCGCTGGGTGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGGTCCGGCAACATGGCGGga > 1:621528/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGGATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGGTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGGGGGATACGGCAATCGGGCTGga > 1:233270/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGGATGTGCCGTCATCCGGTGCTGCCGGGGTTAAGTTATCAACGGCTTGTGGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGCACAAACGGGGGCACCGGCAATCTGGCTGga > 1:309829/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGATCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTCAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAACAAGAAGAAAGGGGGGATCCGGCAAACTGGCGGga > 1:201707/1‑239 (MQ=255)
cTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGCCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGCATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGGTAAGTTATCAACGACTATGGGCCACCCCTCAGTc > 1:459924/1‑197 (MQ=255)
aaaaTGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGgaaga < 2:201707/238‑1 (MQ=255)
aaaGGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGGACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGgaagaa < 2:521885/238‑1 (MQ=255)
tGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTAATCGCGTGATGCTGGGGTTCAGTTATAAACGACTTTGGGGAACACCCCCGTTAACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGCCCACCCGGCCGGAAAAACTg > 1:361173/1‑238 (MQ=255)
ccccctccccggggtctcgCCTTGAGACAGACCCTTGACTCGCCACCTTCAGGGACGGTTTCCGTGCCGAGCTGGCGAACGGCCAGGCAATGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTTCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACGTTGTGCCACCCCTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCt < 1:338133/221‑1 (MQ=255)
ggAGATCAGCCATGAGAACGCCGCTTTAAGCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCg < 2:709723/239‑1 (MQ=255)
aTCCGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATg < 2:233270/238‑1 (MQ=255)
cAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCACCGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAAAACGGGCTACCCTTACGGATgag > 1:199876/1‑236 (MQ=255)
cAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCCCAGGGCAGCTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCCTCGCGGGATGCTGGGGTTAAGTTATCAAGTACTTTGTGCTACCACTCAGTCTACGGAACACACAGAAGAGTGGGATGCGGCAATCTGGCTGAAAGAACTGGCCACACtcactcaggcta > 1:256318/1‑228 (MQ=255)
aGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTCTGTGCCGTCCTCGCGTGATGCTGGTGTTAAGGTATCAACGACTTTGTGCCCCCACTCAGTCTACGGAAAAAAAGGAAGAATGGGATCCGGCAATCTGGCAGAAAAAACGAGCTTACCTTccccaggcaa > 1:488349/1‑231 (MQ=255)
aGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGCAAAAGAAGAAGAGGGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTa > 2:189303/1‑238 (MQ=255)
tGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGGAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCa > 2:297073/1‑239 (MQ=255)
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gacgCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGGGATGCTGGAGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCCCCAGCCGGTCTCCGGGAAAAGAAGAAGCGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCAATGGTACCCGAAAACgggc > 1:188670/1‑239 (MQ=255)
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tCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTaaa < 2:361173/239‑1 (MQ=255)
gACGGTGTCCTTCCCCAGCTGGCGAACGGCAAGGCACTGAAAGAGGCTCAGGGCAGTGGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTGTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCAt < 1:884472/239‑1 (MQ=255)
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aCCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGGGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAgtt < 2:621528/239‑1 (MQ=255)
gCTGGTGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTCCGGAAAAAGAAGAACAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGCGGCTGGCGGCCAAAGCAACCACCATTAAgttgt > 1:250843/1‑236 (MQ=255)
gCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATACCCATTCAgttgt > 2:694103/1‑236 (MQ=255)
gCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGGGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAACGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCGGAAGCTACCCGCAAACCCGCAAGGGCGCTGGTCGCTAAAGGCAtaccacttaagttttttt > 1:115327/1‑222 (MQ=255)
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caCGGCCAGGCACTGAAAGGGGTACAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGGAGGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGGGTTAAGTTATCAACGACTTTGGGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGcc < 1:215178/238‑1 (MQ=255)
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gCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCCAACGCGCCCAGGCGCTGGTCGCCAAAGGCACCACCATTTGGTTTTTCttgggcccgggg > 1:258027/1‑228 (MQ=255)
tcggTGCGGTTGCGGGGCCAAAGGGTTGTGCCGTCACCGCGTGATGCTGGTTTTAAGTTATCAACGACTTTGGGCCTCCACGCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGTGAAATTCCCTCTG‑CCCGc < 1:219269/235‑1 (MQ=255)
aGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGGTTTAAGTTATCAACGACTTTGGGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGTGAAATTCCCTCTG‑CCCGCTTACCGa < 2:527053/238‑1 (MQ=255)
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caccGGTATTTGCCGTCCTCGCTTGTTTCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGGGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGTGAAATTCCCTCTG‑CCCGCTTACCGATGAGCGAtgtg < 1:375027/235‑1 (MQ=255)
aTGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCCCAGGCGCTGGTCGCTCAAGGCATCACCATTCAGTTGTGCTGTGCGCCGGGGGAAATTCCC‑CTGCCCCGCTAACCGAGGAGCGATGGGGGGTTTTa > 1:304948/1‑239 (MQ=255)
gcctgcATCGCGGTTTGGTGGTGTTAATTTAGCAACGGTGTGGGGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGATGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGTGAAATTCCCTCTG‑CCCGCTTACCGATGAGCGATGTGCGTTTTTATTcc < 1:297073/234‑1 (MQ=255)
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tCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGGGAAATTCCCTCTG‑CCCGCTTACCGCTGAGCGATGTGCGTTTTTATTCCCcca > 1:242112/1‑239 (MQ=255)
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tgtgtTAAGTTATCAACGACGTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGTGAAATTCCCTCTG‑CCCGCTTACCGATGAGCGATGTGCGTTTTTATTCCCGCAGCAGTATTCGTTTCg < 2:691206/238‑1 (MQ=255)
tgtTAAGTTATCAACGACTTTGGGCCCCCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGTGAAATTCCCTCTG‑CCCGCTTACCGATGAGCGATGTGCGTTTTTATTCCCGCAGCAGTATTCGTTTCGcc < 2:45068/239‑1 (MQ=255)
|
AATTATTAGAACTGACACCGCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGGTTTTGTTAAGCGCAGTCTTAAGGAACTGGAAAATGGCAACGTCCCGGAGATCAGCCATGAGAACGACGCTTTAATCGCCACCTTCAGTGACGGTGTCCGTACCCAGCTGGCGAACGGCCAGGCACTGAAAGAGGCTCAGTGCAGTTGCGGGGCCAACGGTATGTGCCGTCATCGCGTGATGCTGGTGTTAAGTTATCAACGACTTTGTGCCACCACTCAGTCTACGGAAAAAGAAGAAGAGTGGGATCCGGCAATCTGGCTGGAAGAACTGGCTACCCTTCCCGATGCTACCCGCAAACGCGCACAGGCGCTGGTCGCTAAAGGCATCACCATTGAGTTGTTCTGTGCGCCGGGTGAAATTCCCTCTG‑CCCGCTTACCGATGAGCGATGTGCGTTTTTATTCCCGCAGCAGTATTCGTTTCGCC > NC_000913/2209117‑2209589
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A