Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F9 I0 R1
|
71 |
67.1 |
1514203 |
90.7% |
1373382 |
220.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
602,200 |
A→G |
17.4% |
E81G (GAG→GGG) |
pheP → |
phenylalanine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 602,200 | 0 | A | G | 17.4%
| 150.1
/ 6.3
| 77 | E81G (GAG→GGG) | pheP | phenylalanine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/36); new base G (6/9); total (31/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGA > NC_000913/601985‑602415
|
aGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCGGAATTGCGGGGTTACGGCGTCGCCGGGCTCCTCGCTTTCCTGCTTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGGGGGGCCGGAATCCGGt > 2:568215/1‑229 (MQ=255)
aCTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCAGCGCTTTCCTGATTTTGCGCCAGCTTGGCGAAATGGG‑GGTTCAGGGGCCGGGGTCCGGTTCAt > 2:742598/1‑229 (MQ=255)
cTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCCTTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTCCGCGGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTTTGGGCCCGCTGGGGGAAATGGG‑GGTGGGGGGGCCGGTATCCGGTTCAt > 2:184687/1‑228 (MQ=255)
tGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTTCTGGGATACGGCGTCCCCGGGGTCATCGCCTTCCTGATTTTGCGCCAGCTTGGCGAAATGGG‑GGTTGAGGAGCCGGTGCCCGGGTCCttt > 2:521506/1‑229 (MQ=255)
cggTCGAATCAAGGGCCGACGTTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATTTTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTg < 2:211180/227‑1 (MQ=255)
cGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTTTTGCTGGGCTTCGGCGGCGCCGGGATCATCGCTTTCCTTATTATGCGCCAGCTTGGGGGACTGGG‑GGTGGTGGAGCCGGTGTCCCGTTCCTTTGc > 2:610858/1‑229 (MQ=255)
cGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGGTCATCGCCTTCCTGATTATGCGCCCGCTTGGCGCATAGGG‑GGTTGAGGACCCGGTCTCCGGTTCAttt > 2:319664/1‑227 (MQ=255)
cGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGGATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCCTCGCTTTCCTGCTTTTGGGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTATCCGGTCCAttt > 1:333742/1‑227 (MQ=255)
aaTCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGG‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCCTTTGCCCCCt > 1:565980/1‑229 (MQ=255)
aTCAAGGGCCGACCCTTTCTCGGGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACtt < 1:495900/229‑1 (MQ=255)
ctaggtcggatgCTTTATCGGGTATTAGATAACCGTCTGATTCAGCTGATTGCGGTGGGTGGCGCAATGGGTTCTGGGCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCGGGTGGCGGGTCCGGCTGTAGTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCGTGATTATGCGCCATCTTGGCGAAATTGT‑GGTTGAGGGGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCCCTTTg < 2:600008/218‑1 (MQ=255)
cAAGAGCCGACTCTTCATCGCGGATTATATAACCGTTATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGGAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTg < 2:210738/229‑1 (MQ=255)
caggtcgggtgtttctgggcgGTTTACGTAACCGGTATTTTGAAGTGATGGCGTTGGGTGGCGCAATGGGTGCTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTg < 2:272054/210‑1 (MQ=255)
gccgagctgtCATCGCGGTTTACATAACCTTCATATTCAGCTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTGCTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCtat < 2:42039/220‑1 (MQ=255)
gCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCtat < 1:95514/229‑1 (MQ=255)
tagccGTCATTTTCAACGGGTTGGGTTGGGTGGCGGAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGc < 1:332893/226‑1 (MQ=255)
atatTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGGGCCGCCTTGGCGAAAAGGG‑GGTTGAGGGGCCGGTACCCGGGGACTTTGCCCCCTTTGCCTTATAATACGTGGGGCCGTTTGGGGGGTTctctcc > 2:710754/1‑224 (MQ=255)
atatTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCCGCTTGGCGCAATGGG‑GGTTGAGGGGCCGGTTTCCGGTTCATTTTGCCCCTTTGCCTGTAAATACTTGGGCGCGTTTGCGGGCTTCctctc > 2:4380/1‑229 (MQ=255)
agtggtttggTTGGGGGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGGGATTTAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGGGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTctggctgg < 2:237328/220‑1 (MQ=255)
cTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGTGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCGCTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGGTTCCGGGCTTCCTCTCTGCTTGGa > 1:678023/1‑229 (MQ=255)
cTGATTGCGTTGGGCAGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTCCTGGGCTACGCCATCACCGGGATCATCGCTTTCCTGACTATGCGCCAGCTTGTCGACATGGG‑GGTTTCGGTGCGGGTCTCCGGTTAGTTTGCCCATTTTTCCTTTCAACTCTGCGGACCGTTTTCGGGCTTCctctctcggcgg > 2:103520/1‑222 (MQ=255)
aTTGGGTGGGGTGGCGCAATTGGTTCTTGTTCTTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCATCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAact < 1:231276/229‑1 (MQ=255)
ttGCGTTGGGTGGCGCAATTGTTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTAGTGCTGGGCTACGGCGTCGGCGGGATCACCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGTGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAacta < 1:739655/229‑1 (MQ=255)
tGGGTGGCGCAAGTGGTTCTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGAGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCGGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGt < 1:371686/229‑1 (MQ=255)
ggTGGCTCAATTGGTTCTGGTCGGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTGAGATGGGGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGt < 1:319664/227‑1 (MQ=255)
cgcAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGGTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGGAATGTTc > 1:681357/1‑229 (MQ=255)
attgggTTCTGGTGTGTTTTTTGGCTTTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTg < 2:663844/225‑1 (MQ=255)
aattgggatgtgTCTGTTTCTTGGCATTTGGCCGGCGTATCAGATGGCGGGTCCGGCTGTAATGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTg < 1:205253/218‑1 (MQ=255)
gggttgggTCTTTTTTTTGGCCTTGGCCCGGCGATTGAGATGGCGGGTCCGGCGGTATTGCGTGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCtg < 2:678022/222‑1 (MQ=255)
gTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCTGGCTGGGGGGaa > 1:531400/1‑228 (MQ=255)
tGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATgga > 1:367518/1‑228 (MQ=255)
tttCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGATTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGGGGGAAGGGccg > 1:725453/1‑227 (MQ=255)
tCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCtat > 1:100150/1‑151 (MQ=255)
tCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCtat < 2:100150/151‑1 (MQ=255)
tGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGGGCTGGGGGGAAGGGCA‑GAGCtt > 1:21316/1‑228 (MQ=255)
tGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGGGCTGGCGGGAATGGCC‑GCGCTg > 1:181925/1‑229 (MQ=255)
tGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACCTTGCCTCTCAATAATGGGGACCGTTTGCGGGCTTCGTCCTCGGCGGGAACTACTGGGTAATGTTGCGGCTGGGGGGAATGGccgggccg > 2:356875/1‑222 (MQ=255)
tGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCCTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGGTTCCGGGCTTCCTCCCTGGCTTGAACTTCTGGGCAATGTTCCTGTTGGTGGGAAGGGCA‑GGGCTg > 2:484664/1‑229 (MQ=255)
tGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGCCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGTTTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGG‑GGTTGATGAGCCGGTTTCAGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTCTAACAAAGGGGGCCCGCTTGCGGGGTTTATCTCCGGGTGGAATTACTGGGGCATGATCAGGCGGGGGGGCATGGCaaggcta > 2:24131/1‑223 (MQ=255)
cttGGCCCGGCGATTCGGATGGCGGTTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTATTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCg < 2:333742/228‑1 (MQ=255)
ggCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCAt < 2:506610/124‑1 (MQ=255)
ggCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCAt > 1:506610/1‑124 (MQ=255)
ggCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGG‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGGGGGAATGGCA‑GAGCGGACCCCtc > 2:660333/1‑228 (MQ=255)
cccgggagttCAGGTGGCGGGTCCGGTTGTTTTGGTGGGGTAGGGCGTCGGCGGGATCATCGTTTTCCAGATTATGCGGCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCg < 2:234090/221‑1 (MQ=255)
cccggcggtttagggtgggggTCCGGTTGTTGTGCTGGGATGTGGCGGGCGTGGGATCATCGGTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCg < 2:313677/211‑1 (MQ=255)
cccGGCGGTTCAGTTGGCGGGTCCGGTTGTAGTGGCGGGGTTGGGCTTCGCCGGGTTCATCGCTTTCCTGGTTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACGTTGCCTATAAATACTGGGGGCCGTTTGCGGGCGTACTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCg < 2:42628/229‑1 (MQ=255)
gagggtgataaggtacaggTCGGGCTGTATTGCGGGGCTACGGCGTCGCCGGGAGCATCGCTTTCCTGATTAGGCGCCAGCTTGGCGAAGTGGT‑GGTTGAGGAGCGGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCATATAAATTCTGGGGACCGTTTGGGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGGTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCggg < 1:295600/212‑1 (MQ=255)
cgggtattcggtgggggggTCCGGTTGTATTGGTGGGCTGCGGCGTCGCCGGGAGCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCggg < 2:367518/213‑1 (MQ=255)
cggcggTTCGGATGGCGGGTCCGGCTGTTTTGCTGGGTTACGGCGTCGCCGGGATCATCTCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCggg < 2:725452/229‑1 (MQ=255)
ccggcaTTCTGTTGGGGGGGCCGGCTGTATTGCTGGGCTCCGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCTATTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCggg < 2:608870/224‑1 (MQ=255)
cGGTGATTCAGGTGGCGGGTCCGGGTGTATTGGTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACGTTGCCTATAAATTCTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCggg < 1:719485/229‑1 (MQ=255)
cGGCTATTCAGAGGGCGGGTCCGGTTTTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATGATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCggg < 1:742599/229‑1 (MQ=255)
cGGCGATTCAGGTGGCGGGTCGGGCTGTATTGCTGGGCTCTGGCGGCGCCGGGATCATCGCTTGCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCggg < 1:98711/229‑1 (MQ=255)
cGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCggg < 1:440836/229‑1 (MQ=255)
tttCAGGTGGCGGTTCCGGTTTTTTTGTGGGGCTCCGGTGGCGCCGGTATCCGCGCTTTCCGGTTTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCt < 2:307186/228‑1 (MQ=255)
aTTCAGATGGCGGGTCCGGTTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGGTGAGGATCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCt < 1:367047/229‑1 (MQ=255)
ggttgCGGGTCCGGTTTTTTTGGTGGGGTGCGGCGTCGCCGGGATTATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATg < 2:340970/225‑1 (MQ=255)
gATGGCGGGTTCGGCTGTTTTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATg < 1:224806/229‑1 (MQ=255)
ggCTGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCa < 1:610859/228‑1 (MQ=255)
gggTCCGGGTTTTTTGGCGGGGGACGGCGTTGCCGGGATATGCGCTTTCCTGATTATCCGCCAGCTTGGCAAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTAGCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTAc < 2:531400/229‑1 (MQ=255)
gggTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGCACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTTTATGCAGTaa > 1:341529/1‑228 (MQ=255)
ttGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGCCCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTCGGAATGGCATGGTCGCACCG‑TGCGGGCACCTatatccctgttccttaaccacata > 2:295600/1‑209 (MQ=255)
cTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAATTCCTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTGTTCCTGGTGGTAATGGCG‑GACCTGACCCCTGCGGGACTTTATATGCAGACCGGGTTCCCGGATGTCCCAAc > 2:47576/1‑228 (MQ=255)
cTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGTAATGGCA‑GAGCTGAACGCTGCGGGCGTCTATCTTCTGTACTGTTTCCCGGCTGTTCCAAc > 1:423587/1‑228 (MQ=255)
tACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACg < 1:47576/228‑1 (MQ=255)
tCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTGGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGC‑GGCACCTATATGCAGTATTGGTTCCCGGATGTTCCAACGAGGATTAgg > 1:529310/1‑229 (MQ=255)
ccgggtttcttgCTTTCCTGTTTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTggg < 2:21316/217‑1 (MQ=255)
gggATCCTCGCTTTCCTGATTTAGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTg < 1:448596/229‑1 (MQ=255)
gggATCATCGCTTTCCGTATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGTGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTg < 1:660334/229‑1 (MQ=255)
catcGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTgccgc < 1:134152/228‑1 (MQ=255)
cagtgCTTTCCTGATTATGGGCCAGGTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTACCCGGTTCATTGGCCAACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTGGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTgccgc < 1:356875/224‑1 (MQ=255)
tctcgttttgtcgctcgCTGGGCG‑AATGGTGGGTTGGGGGCCCGGTATCTGGTTCCTTGCCCCTATTTGCCTATAACTACTGGGGAGCTTTTTCGGTCTTGCTCTCGGGCTGGATCTGTGGGGGAATGTTCGTGCTGGGGGGAATGGCA‑GAGCTGACAGCTGGCGGCAGCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTTGATTTGGGCTGCCGGCTTCTtta < 2:179489/212‑1 (MQ=255)
ccTGTTTTTGCCCCAGTTTGGCGAAATGTT‑GTTTGGGGGGCCGTTTTCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTTTAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGTTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTttatt < 2:341529/229‑1 (MQ=255)
aTGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGGGGATTTGGGCTGCCCCCTTCTTTTTTatcatc > 2:594238/1‑228 (MQ=255)
tGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAAc > 1:376549/1‑229 (MQ=255)
cGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTg < 1:594239/229‑1 (MQ=255)
ggt‑ggtTGAGGGGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGa < 1:484664/227‑1 (MQ=255)
|
AGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGA > NC_000913/601985‑602415
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
