Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F9 I0 R1
|
71 |
67.1 |
1514203 |
90.7% |
1373382 |
220.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,080,508 |
A→G |
26.8% |
S402G (AGC→GGC) |
putP → |
proline:sodium symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,080,508 | 0 | A | G | 26.8%
| 59.9
/ 3.0
| 35 | S402G (AGC→GGC) | putP | proline:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/19); new base G (7/3); total (13/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTAT > NC_000913/1080283‑1080695
|
gCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGGAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTGGTGGGCt > 1:163906/1‑229 (MQ=255)
aTTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAACGTTTCTGCGTCAACATGCCAGCAAGAAAGAGCTGGTGTGGGGCGGGCGTGAGATGGTGCTGG‑GGGGGGGCTAGGGGGCGGTTGGGCCGGGGGCAAACCAGGAAGACCGGGTGCGTGGGTTTGTGGGGTAcgggc > 2:610395/1‑226 (MQ=255)
tgctgTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGGGCTGGTGCTGGTGGTGGGGAT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCGGGGCTTCGTGGGCTACGCGTGGGc > 1:206742/1‑229 (MQ=255)
gggggTAATGGCAACCTTAAGTTGCCAGGTGCTGGTGTGCTCCAGGGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACAGGCCAGCCAGAAAGAGCTGGGGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAACCCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGtt < 2:536890/225‑1 (MQ=255)
ggcggTAATTTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGAGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGtt < 1:180283/228‑1 (MQ=255)
agttCAACCTTAAGTTGCCAGGTGCTGGTGGGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTTCAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAg < 2:217922/226‑1 (MQ=255)
cTTAAGTTGCCCGGCGGTGGGGGTCCCCAGTGGGATTGACGAAGATTTGGTCAAAGCGTTGCTGCGTAAACATGCCAGGCAGAAAGAGCTGGTGGGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCt < 2:163906/228‑1 (MQ=255)
cTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGCGATGGAGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGTGGGCGGCGAACCCGGCAAACACGGTGCGCGGCTTAGGGGGCTACGCTTGGCAAGGCTTGGGggcgcggtgtgggcgagggggctgg > 2:31631/1‑208 (MQ=255)
ccAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGGAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTg > 1:703903/1‑229 (MQ=255)
aGCTGCTGGGGTGCTCCAGTGCGGTTACCGAAGTTTTGGTCAAAGCGTTTCTGCGTAAACCGGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGAt < 1:113749/229‑1 (MQ=255)
ctgGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGCCGCT‑GGTGGCGATTGCTCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGGGCAACGCGTGGGCCGCATTTGGGGCGGGGTTTGGGCCAgggggtcggtttccgggggattgtt > 2:565253/1‑208 (MQ=255)
tgGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGt < 1:30453/228‑1 (MQ=255)
gtttACCGAAGATTTGTAAAAGGCGTTTCTGCTTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGGGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGGTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTaa < 1:36401/226‑1 (MQ=255)
gATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGGGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAAc < 1:659543/229‑1 (MQ=255)
aTTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCCGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGTTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGGGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGTATACCAGCGGGCGGGGCTTAGGGCACAACGGGTGGGCGGGCTTGTGCCAGGCGTTTGGTCCAGCGGCGCGTTTAGCGGCGATGTGGTCagcccgaggaccaagga > 2:527355/1‑213 (MQ=255)
aTTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGGGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGGGGGGTTGGGTCCAGTGGGGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCCTGACGCGTAACg > 1:606518/1‑229 (MQ=255)
aaGATTTGGTCAAAGCGGTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGGGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTgcg < 1:81039/227‑1 (MQ=255)
aaaGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGGGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGgatg < 1:164730/228‑1 (MQ=255)
ttCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGAGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGGGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGGGTTGTTCGCGGGGATGGGGGCACGCGTAACCGGTACCGGGGCGCTGGCGGGggtgaaacgcgg > 2:229771/1‑222 (MQ=255)
cGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCggggggc > 1:89802/1‑224 (MQ=255)
caggcagAAAGAGCTGGGGTGGGTAGGGCGGGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTAt < 1:728300/228‑1 (MQ=255)
gtggtgaGGGCGGTTGATTGTGGTGGGTGTGGGGCT‑GGTGGCGAGTGCGCGGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGGTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCgg < 2:135209/222‑1 (MQ=255)
gtgGGTAGGGCGTGTGATGGTGTTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCTGTCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCgg < 1:610396/228‑1 (MQ=255)
gtgGGTAGGGCGTGTGATGGTGATGGTGGTGGCGCT‑GGTTGGGATTGCGCTGGCGGCCAACCAGGAAAGCCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGGGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCgg < 1:383488/228‑1 (MQ=255)
ggggtgaGGGCGTGTGATGGTGCGGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGGGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCgg < 1:31631/222‑1 (MQ=255)
ggTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCACCGGTGCGCTGACGGTTTTCGCCGGGGAACAGTTCggctgg > 1:530644/1‑229 (MQ=255)
ggCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGAAACGGTGCGCTGGCGGGGGTGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTggg > 1:426886/1‑229 (MQ=255)
gCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGGGCGCTGACGGTTATCGCCTGGCAACAGTTCGGCTGGCTgggg > 1:378142/1‑228 (MQ=255)
cGTGTGATGGTGCTGGGGGTGGCGCG‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAACCCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGGTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGAGGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGa < 1:136379/228‑1 (MQ=255)
tgccgggggggggcgt‑gggggCCATTGCGGCGGCGGCAAACCCGGAAACCCGGGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGaaa < 1:229771/213‑1 (MQ=255)
tggtggCGCT‑GGTGGCGATTGGGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGGGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTc < 1:390884/228‑1 (MQ=255)
gtttGCGTGGGGGGGAAAGCCGTAAAGCCGCGTGGTGGGCTGAGTGGGCTACGCGGGGGCAGGCTTGGGCGCGGTGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCGCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCgg < 2:606517/226‑1 (MQ=255)
tgtgggcgggggggaaaCCCGGAAAACCGGGGTGTGGGCTTGGGGGGCTAGGGGGGGGCAGGGTTTGGCGCGGCGTTTGGGCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCAGGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGc < 2:426886/214‑1 (MQ=255)
atggggcTGGCGGCAAACGCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGGGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGc < 1:125364/223‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCGGGGCTTAGTGAGCTACGGGTGGGCAGGCTTTGGCGGGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCCCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTAt < 1:254019/229‑1 (MQ=255)
|
GCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCT‑GGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTAT > NC_000913/1080283‑1080695
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
