Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F9 I0 R1
|
71 |
67.1 |
1514203 |
90.7% |
1373382 |
220.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,253,516 |
A→G |
12.7% |
S168G (AGT→GGT) |
ubiA → |
p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,253,516 | 0 | A | G | 12.7%
| 193.4
/ 3.4
| 86 | S168G (AGT→GGT) | ubiA | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/38); new base G (7/6); total (42/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTG > NC_000913/4253296‑4253736
|
agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGCAGCGGCATACCCATCTACCGCAAGTGGGCCTGGGCGCGGCGTTTGGGTGGTCGGTTCCAATGGCTTTTGCCCCTGTGGGGGAGTCGGGCCCGTTGGGTTGCTg > 2:344968/1‑228 (MQ=255)
agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGTGAGTCGGTGCCTTTGGGTTGCt > 1:734462/1‑227 (MQ=255)
gagGCGCGCGCGCTAGTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTGCTGGTGCTGACGCTGAATTCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTTGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTgg < 1:112348/228‑1 (MQ=255)
gcgcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGGGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGCCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGGGCCATTGAGTTGCTGGGTAATg > 1:390506/1‑229 (MQ=255)
gcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGGGAGTCGGGGCCGTTGAGTTGCTGGTTATTGtt > 1:330568/1‑229 (MQ=255)
gtggttttttGTCGTGCTGGTTCTGTTTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATGCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTGATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTc < 2:208752/222‑1 (MQ=255)
ttgttgtgtgtggtggttatttttttGTTTTTGCTGGTGCTGACGCTGAATACGGTGACCATTCTGTTGG‑CGTTTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATATACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCg < 2:701735/207‑1 (MQ=255)
ctttttGTCGTTCTGGTTCTGATTTCGGTTTTCCTGGTGCTGACGGTGAATACGGTGACCATTTTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCCTGGGTGTTCCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCt < 2:501778/224‑1 (MQ=255)
tGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTCTACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGGGAGTCGGTGCCATTGCGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCCATATTCTCTg > 1:180824/1‑229 (MQ=255)
tGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTg > 1:63585/1‑229 (MQ=255)
tGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGCGAGTCGGTGCCATTGAGGTGCGGGTTAATGTTCTTAGCCAAAATTCtgtg > 1:641884/1‑229 (MQ=255)
aTTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGGGGGTCGGTGCCCTTGGGTTGCTGGGTAATGTTCCTCGCCAATATTTTCTGGGCGgggg > 2:162532/1‑229 (MQ=255)
aTTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCGGGTCACTTCCAATGGCTTTTGCCCCCGGGGCTGGGTCGGTGCCCTGTGGTTGCTGGTGAATGTTCCTCCCCAaaatatccagggcgtggg > 2:132834/1‑215 (MQ=255)
ttttGTTTTTGCGGGTGCTGGCGCTGAATACGATGCCCTTTCT‑TTGTGCGGTTGCCGCGCTGGGGCTGGCGGGGGTGTTCCCGTTTATGAAGCGGTATACCAATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGc < 2:603654/229‑1 (MQ=255)
ttgttttttACGGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTTCCCGTTTATGAAGCGGTATCCCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGc < 1:248429/224‑1 (MQ=255)
gttttttACTGGGGCTGACTGTGAAGACGATTCCCATTCTGTTTG‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTa < 2:526141/227‑1 (MQ=255)
gTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTCGCGCTCGCGTGGGTGTACCCGTTTATTAAGCGGTATACCCATCTACCGCACGGGGTGCTGGGCGCGCCGTTTGGCTGTTCGATTCCAATGCCTTTTGCCGCTGTTATTGGGTCGTCGCCCTTTGGTTTCCGGTTATTGTTCCTCCCCAATATTTCTTGGGGGGTGGCttcc > 2:355827/1‑227 (MQ=255)
gTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCCCTTTGAGGGGGTCGGGGCCATTGAGTTGCTGGTTATGGTTCCTCGCCATTATTTCCTGGGCGGTGGGTTAc > 1:50339/1‑229 (MQ=255)
gTTTTTACTGGGGCTGACGCTGAAGACGATTACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGCTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGGGGGGCTGGGGGCGGCGTTTGGCTGGTCGCTTTCAATGCCTTTTGACGCTGTGAGTGAGTCGGGTCCATTGAGTTGCTGGTTAATTTTCCTCCCCCGTATTCTCTGGGCGTTGGCTTAc > 2:673373/1‑229 (MQ=255)
tACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGc > 1:603655/1‑220 (MQ=255)
tACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGGGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGGTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGacac > 1:559957/1‑229 (MQ=255)
aCTGGTGCTGACGCTGAATTCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACg < 1:489341/229‑1 (MQ=255)
ggTGCTGACGGTGAATCCGTTGACCATTCTGTTGG‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAg < 1:462934/229‑1 (MQ=255)
gtctaattccattgccATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTTGACCCGTTTATGAAGCGGTATTCTCCTCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATg < 1:269520/215‑1 (MQ=255)
gAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAAGGTTCTTCGCCATTATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGCCACGCAGTATGCGATGGtt > 1:193942/1‑229 (MQ=255)
aTGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGAACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCACTGGCTTTTGCCGATGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGATTTGTTGGTTCATGTTCCTCGCCCATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACCCCGTATGCGATGGTTGACcggc > 2:515043/1‑227 (MQ=255)
gACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGGGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGTTTACGCCACGCAGTATGCGATTGTTGACCGCgat > 1:414657/1‑229 (MQ=255)
aCCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCgatg < 1:230591/229‑1 (MQ=255)
cctttgtgttgt‑CTATTGCCGCGCTTGCCCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCgatg < 2:63585/222‑1 (MQ=255)
ccATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTTGCCAATATTCTCTGGGCGGAGGCTTACGACCCGCAGTATGCGATGGTTGACCGCgctga > 1:48973/1‑229 (MQ=255)
cctttttttttctgtttGCCGCGGTAGCGGTGGGGGTGGTGTTCCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTCCTGGGCGCGGCTTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTTCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCgatga < 2:390924/214‑1 (MQ=255)
cATGCTGTTGG‑CTGTTGCCGCGCTTGCCGTGGCGTGGGTTTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGGAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCgatgat < 1:642392/229‑1 (MQ=255)
ttCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACAGGCAGAATGCGATGGTTGACCGCgatgatga > 1:429822/1‑229 (MQ=255)
tCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCACGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGGGTTAGTCGGTGCCATTGGGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTAGGAGCGCCATTATGCAGTGGGTGACcggctgggtggg > 2:542059/1‑219 (MQ=255)
ttttgt‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGGAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGAtgt < 1:686838/227‑1 (MQ=255)
t‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATTTTCCTCTCCAATGTTCTCTGGGCGGGGGCTTACGACACCCCGTTTGCGCTGGTTGACcgcgggttggatgtgtaaa > 2:167403/1‑214 (MQ=255)
t‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGa > 1:362545/1‑229 (MQ=255)
aGCGCTGGCGTGGGTGTCCCCGTTTATGAAGCGGTATTCCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATc < 1:162532/228‑1 (MQ=255)
gcggTGGCGGGGGTTTCCCCGTTTCTGAAGCGGTTTACCTATCTACCTCAAGTGGTGCTGGGGGGGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCa < 2:550666/229‑1 (MQ=255)
gCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCACTATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGAATGCGATGGTTTACCGCGAGATTGTAGTGAAGATTGCAATTCAATCCCCggga > 1:504326/1‑226 (MQ=255)
ttgacctgttttgtctgCGGTATACCTACTTACCGGGGGTGGTGTTCGGAGGGGCGTTTTGCTGGTCGGTTCCATTGGCTTTTGCCGCTGTGGGTGAGTAGGGGACGTTGATTTGGTGGTTAATGTTCCTCGCCAATACTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAAGCCACGGCAATCCTGt < 2:227893/212‑1 (MQ=255)
aCCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCCTTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGCCACGCAGATTGCGATGGTTGACCGCGGTGCGGGTGGGAAGCTTGGCCTTAATTCAACGGAACTCCTGTTggg > 2:312789/1‑229 (MQ=255)
aCCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCCAAATTCTCTGGGGGGAGGCTTACGACACGCAGTATGCGAGGGTTGACCGCGCTGATGATGAGGAGATTGGCATTAAATCCACGGaaaactgcttggg > 2:269567/1‑219 (MQ=255)
aCCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGCCCGGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGTTGGTGAGTGGAAGATTGCCCTTAATTCCACGGCAACCCTTTTggg > 2:584081/1‑229 (MQ=255)
aCCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCgg > 1:381024/1‑229 (MQ=255)
gcttttaggaagtgtgtgtccccTCTGCGGCAAGGGGGGCTGGGGTAGGCGTTGGGCTGGGCGTTTCCAATGGCTTTGGTCGCTGTGCGTGGGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTTCGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGc < 2:247657/209‑1 (MQ=255)
tgttATGAAGCGGGATCCCCATTTCAGGGAGGTGGTGGTGGGCGCGGTGTTTGGCTGGTCGATTCGAAGGGCTTGTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGGTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATAGTCTCTGGGCGGGGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGGAATCCTGTTCGGCCa < 2:404318/226‑1 (MQ=255)
gTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGGGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCa < 1:19398/228‑1 (MQ=255)
tttATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGGGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGGGTTGCTGGTTAATGTTCCCCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGCCACGACGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATTGGTAGTTTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAAt > 2:214657/1‑229 (MQ=255)
tATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATAc > 1:510496/1‑229 (MQ=255)
aTGGAGCGGTTATCCCATTTACCGCAGGTTGTGCTGGGCGAGGCTTTTGGCCGGTCGAGTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATAc < 2:180824/228‑1 (MQ=255)
cgggTATTCCCATTTTCTGGGAGTTGTGTAGGGCGGTGCGTTTGGTTGGTTGATTCCAATGGCTTTTGCCGTTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCATTATTCTAGGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATaaa < 1:673374/227‑1 (MQ=255)
ggTTTACCCATATACCGTAAGTGGGGCTGGTCGCGGGGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGTTTGTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAAt < 1:344968/228‑1 (MQ=255)
aTCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGGCACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCAAGGCAATCCGGTTCGGCCAATACGCTAAATTGATTATggg > 1:249879/1‑229 (MQ=255)
tACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACCCGCAGTATGCGCTGGTTGACCGCGATGAGGGTGTTAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGGTAAATTGTTTATTGGGAt > 2:599321/1‑229 (MQ=255)
tACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGCGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGGGAAGGTTGGAATTAAATCCACGGAAATCCTGTTCGGCCAAACCGATAAATTGATTATTGGGAt > 1:36162/1‑229 (MQ=255)
aGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGGTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGTTGTGAAGATTGGCATTAAACTCACGGAAATCCTGTTCGGCCAATACGTTAAATTGATTATTGGATTTTTGcga > 1:337818/1‑227 (MQ=255)
gtggtgCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGa < 1:373999/229‑1 (MQ=255)
tgCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGGTCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTTTGGGCGGTGGCTTACGGCACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCCATGATGATGTGCAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCGGTTCGGACAAAACCAAAAATTGATTATTGGGATTTTTCAAATAgg > 2:283819/1‑229 (MQ=255)
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ggTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTAc > 1:488640/1‑229 (MQ=255)
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tGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGCTTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTg > 1:724307/1‑229 (MQ=255)
|
AGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTG > NC_000913/4253296‑4253736
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
