Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F169 I0 R1
|
132 |
34.5 |
794130 |
89.8% |
713128 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,063,909:1 |
+C |
100% |
coding (580/1218 nt) |
brpA ← |
LytR family transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,063,909 | 1 | . | C | 91.4%
| 109.2
/ 6.1
| 35 | coding (580/1218 nt) | brpA | LytR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (12/20); total (13/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
TAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAAT > CP000730/1063777‑1064043
|
tAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CC‑Cctttt < 1:336138/141‑1 (MQ=255)
cAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTttttaatt > 1:263241/1‑141 (MQ=255)
aaCTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTttttaattt < 2:243259/141‑1 (MQ=255)
tCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTtttaattttaat > 1:33529/1‑141 (MQ=255)
tCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTtttaattttaat > 1:106372/1‑141 (MQ=255)
tCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CC‑CCTtttttatttttctt > 2:16712/1‑137 (MQ=255)
tCCTGTGCCTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTtttaattttaat < 1:108958/141‑1 (MQ=255)
ttGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 2:239481/141‑1 (MQ=255)
gAATATAATCTGAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCAAGTTTAAATTCTGTATTATGATGTTTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCATCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTGATTTTAATCTTACCAGTatcat < 2:379048/141‑1 (MQ=255)
tCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTa < 1:392009/141‑1 (MQ=255)
tttaattaaTTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAg < 2:54339/140‑1 (MQ=255)
aTTTGACCTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTc < 1:167936/141‑1 (MQ=255)
tttGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCg > 1:37290/1‑141 (MQ=255)
tttGACGTTGTCCACGTTTTAAGGCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCg < 1:64716/141‑1 (MQ=255)
tGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 1:294694/141‑1 (MQ=255)
tGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 2:236324/141‑1 (MQ=255)
gACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTAt < 1:23996/141‑1 (MQ=255)
gTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTGTGGCACATCATAg < 2:183758/141‑1 (MQ=255)
aaGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCATATCATTGTatat < 2:46141/141‑1 (MQ=255)
aGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATg > 1:231888/1‑141 (MQ=255)
aGTCTGAATCATGATATCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAACTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATg > 1:294414/1‑141 (MQ=255)
tCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGCGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTa > 2:359187/1‑141 (MQ=255)
ctaCTGCTAATGCCTCATCCCCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACa < 2:75262/139‑1 (MQ=255)
taCTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATCTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTATGTCGTATGGCACATCATAGTATCTGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCTACaa < 2:241116/140‑1 (MQ=255)
aaCTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACaa < 2:33529/141‑1 (MQ=255)
aaCTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCGCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTGAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACaa < 2:233565/141‑1 (MQ=255)
cTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTTTTTTTTATCTTACCAGTATCAGCCGTGTTAGGTTCATTTTAGTCGTATTGCACATCATAGTATCTCCCACCAACCTCACTCACAGCCTCGCCACATGCt > 2:296553/1‑141 (MQ=255)
aaaGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCttt > 1:20660/1‑141 (MQ=255)
aGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCa < 2:106372/141‑1 (MQ=255)
cTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCatat < 1:174828/141‑1 (MQ=255)
tcatcaCCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTTTTTTTTTTCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGTTTCATTTAAGTCTTATGGCACATCATAGTGTCTGCCACCAAGCTCTTTTACAGCCTCGACAATTGCTTTCATAtt > 2:118532/1‑141 (MQ=255)
tcatcaCCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTCCCACAAACATCAATGAAAGGTTCATTAAAGTCGTATGGCACATCATAGAAAATACCACCAAACACATATACAGCCTCGACAAATGCTTTCATAtt > 1:34082/1‑141 (MQ=255)
tcatcaCCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATAtt < 2:230046/141‑1 (MQ=255)
aaTTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGATCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATGGACTCTCACata > 2:91441/1‑141 (MQ=255)
ttGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATaataat < 1:172741/141‑1 (MQ=255)
|
TAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAAT > CP000730/1063777‑1064043
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
