Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F18 I0 R2
|
154 |
40.2 |
915694 |
90.3% |
826871 |
140.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
36,444 |
C→T |
36.9% |
R36R (AGG→AGA) |
tpn ← |
IS431mec transposase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 36,444 | 0 | C | T | 36.9%
| 122.9
/ 122.2
| 138 | R36R (AGG→AGA) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/53); new base T (24/27); total (58/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.14e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATAC > CP000730/36304‑36581
|
tttATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTcc > 1:277735/1‑141 (MQ=21)
ttATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTccc < 2:391763/141‑1 (MQ=25)
tATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCt < 1:349648/141‑1 (MQ=18)
tttttGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAAGTTGATATATAATTGGGGCTTATTCTCGATCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 1:100926/140‑1 (MQ=11)
tttttGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAACTTGATAGATTC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 1:115780/140‑1 (MQ=11)
aTTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 2:137701/141‑1 (MQ=25)
aTTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 1:187710/141‑1 (MQ=39)
aTTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 1:146360/141‑1 (MQ=40)
aTTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATATGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 2:242354/141‑1 (MQ=255)
aTTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCtt < 2:23244/141‑1 (MQ=11)
tttGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTaa < 2:167028/141‑1 (MQ=11)
tttGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTaa > 1:332922/1‑141 (MQ=255)
ttGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAAT < 1:66246‑M1/141‑1 (MQ=255)
gatatacgtCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATAT > 1:453325‑M1/5‑141 (MQ=255)
gatatacgtCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATAT > 1:162924‑M1/5‑141 (MQ=255)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATAT > 1:142773‑M1/1‑141 (MQ=255)
gATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATAT < 1:258450‑M1/141‑1 (MQ=255)
aTGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATT < 2:195410‑M1/141‑1 (MQ=255)
tatacGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTT > 2:37859‑M1/3‑141 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCGAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCA > 1:275144‑M1/1‑141 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCA < 1:63753‑M1/141‑1 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCA < 1:378087‑M1/141‑1 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTACCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCGCGTTCCCTTAATATTTCA < 2:328786‑M1/141‑1 (MQ=255)
aCGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAACTTTGATATCAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGACTGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAG < 2:188319‑M1/141‑1 (MQ=255)
aCGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACCACACGTTCCCTTAATATTTCAG > 1:346410‑M1/1‑141 (MQ=255)
aCGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAG > 1:158296‑M1/1‑141 (MQ=255)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATTC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGA > 2:46353‑M1/1‑141 (MQ=255)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAAAACACGTTCTCTTAATATTTCAGA > 2:418828‑M1/1‑141 (MQ=255)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGA > 1:146007‑M1/1‑141 (MQ=255)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATATGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGAT < 1:334207‑M1/141‑1 (MQ=255)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTTTTCTTTTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGACTGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCA > 2:436257‑M1/1‑141 (MQ=255)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGAT < 2:414867‑M1/141‑1 (MQ=255)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGAT < 2:277027‑M1/141‑1 (MQ=255)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGAT < 1:48749‑M1/141‑1 (MQ=255)
gTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGAT < 1:247863‑M1/141‑1 (MQ=255)
tctcATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATA < 2:311483‑M1/141‑1 (MQ=255)
tctcATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATA < 2:209943‑M1/141‑1 (MQ=255)
ctcATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATAT > 2:306239‑M1/1‑141 (MQ=255)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATA > 2:129507‑M1/1‑141 (MQ=255)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATA < 1:408707‑M1/141‑1 (MQ=255)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATA < 2:106617‑M1/141‑1 (MQ=255)
catcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTTTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatatat > 2:256445/1‑141 (MQ=11)
catcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatatat > 1:86204/1‑141 (MQ=255)
catcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatatat < 2:38158/141‑1 (MQ=255)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGTGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCACTTAATATTTCAGatatatt > 2:11342/1‑140 (MQ=255)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATc < 1:241384/141‑1 (MQ=255)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATc > 1:362035/1‑141 (MQ=21)
aaTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACg < 1:118317/141‑1 (MQ=255)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa > 2:159831/1‑141 (MQ=255)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGAt < 1:370344/141‑1 (MQ=255)
gCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCACATTTGATACAAAATTTGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAAc > 2:214991/1‑141 (MQ=255)
ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATagct > 1:452165/1‑138 (MQ=11)
ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACt > 1:430501/1‑141 (MQ=21)
cagtttGTAATAAGCTTTTTTCTGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAGTTTGATACAAACTTGGGGCATATTCTTGACCCCAGCCGTAGAACGCTGAATAATGACCCTTTACACCACGTCACCTTAATTTTTCAGATATATCACGATAACt < 2:37082/138‑1 (MQ=14)
tctttGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTc < 1:418551/139‑1 (MQ=21)
cATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTc < 2:420011/141‑1 (MQ=21)
ttttGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCCAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTTAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCa < 1:177574/140‑1 (MQ=255)
aTTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATCTTTCAGATATAtaactatcgctca > 2:108226‑M1/1‑128 (MQ=255)
aTTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCa < 2:327012/141‑1 (MQ=21)
tttGTNATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCANGTTNTCTTAATNTTTCAGATATATCACGATAGCTCaa < 1:162759/141‑1 (MQ=11)
tttGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCaa < 2:408315/141‑1 (MQ=18)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt < 1:449779/141‑1 (MQ=11)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAAt < 2:143819/141‑1 (MQ=21)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAAt > 2:424370/1‑141 (MQ=25)
tttaataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATg < 2:171939/139‑1 (MQ=11)
tGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATg < 1:6533/141‑1 (MQ=255)
tGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAAAGGTAGACAGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATg > 2:238853/1‑141 (MQ=255)
gTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgc > 1:138234/1‑140 (MQ=11)
gTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgc < 1:428207/141‑2 (MQ=11)
taataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgca > 1:25874/1‑139 (MQ=11)
taataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgca < 1:411175/141‑3 (MQ=11)
taataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTTAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATCTCAGATATATCACGATAACTCAATgca < 1:301558/141‑3 (MQ=255)
aataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgcat > 1:317118/1‑138 (MQ=11)
aataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgcat > 1:208122/1‑138 (MQ=11)
aataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATgcat > 2:312100/1‑138 (MQ=11)
aataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATgcat > 2:279354/1‑138 (MQ=11)
aataaGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGtat > 1:378802/1‑141 (MQ=255)
aGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCt < 1:118097/141‑1 (MQ=39)
tGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAtagtag > 2:35125/1‑141 (MQ=35)
c‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACTCCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGcc < 1:104217/141‑1 (MQ=25)
ccAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAc > 1:274089/1‑141 (MQ=35)
tGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATa > 2:69157/1‑141 (MQ=35)
aCAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACAt > 2:340178/1‑141 (MQ=34)
aaaTTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCGCGTTCCCTTAATATTTCTGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCt < 2:343887/141‑1 (MQ=17)
aaaTTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCt < 2:228812/141‑1 (MQ=32)
aTTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTg < 1:402714/141‑1 (MQ=32)
gggCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGGTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTaa > 1:447634/1‑141 (MQ=17)
gCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACACAATGTACGACTTAGATAGTAGCTTATGGTTTAAGTGATAACATTATTGTTattt < 2:147413/141‑4 (MQ=11)
aaCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCt < 2:352407/141‑1 (MQ=32)
aaCTGTATACCGTTGAATTATGAACTTTTACACCACGTTCCCTTAATATTACAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAAt < 2:244594/141‑1 (MQ=11)
aaCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAAt < 2:363022/141‑1 (MQ=32)
aaCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAAt < 2:96980/141‑1 (MQ=32)
aCGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATAaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaata < 1:17157‑M1/141‑84 (MQ=255)
aCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATa > 1:391708/1‑141 (MQ=32)
ccGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATAc > 1:90360/1‑141 (MQ=32)
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acGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATta < 1:128760/141‑1 (MQ=32)
ttCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGCAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATAc < 2:353262/141‑1 (MQ=17)
|
TTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGC‑‑‑TTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATAC > CP000730/36304‑36581
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
