Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F70 I1 R2
|
12 |
34.5 |
799746 |
91.8% |
734166 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,144,182 |
T→C |
P154P (CCA→CCG) |
sdrH ← |
Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein bindin protein SdrH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,144,182 | 0 | T | C | 100.0%
| 32.0
/ NA
| 12 | P154P (CCA→CCG) | sdrH | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein bindin protein SdrH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (9/3); total (9/3) |
TCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATCTGGATTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGTTTTGGT > CP000730/2144045‑2144315
|
ggttgatcgggatctggtgacgggttaggatttggcttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctttggtttatctGGGTCTGGTTTTGGATCcggt > 2:161366‑M2/121‑140 (MQ=255)
ctggtgacgggttaggatttggcttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctttggtttatctGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGt < 2:92742‑M2/34‑1 (MQ=255)
ggtgacgggttaggatttggcttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctttggtttatctGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGgttt > 2:228004‑M2/106‑140 (MQ=255)
acgggttaggatttggcttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctttggtttatctGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctg > 1:394833‑M2/102‑141 (MQ=255)
cgggttaggatttggcttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctttggtttatctGGGTCTGG‑TTTAGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctgga < 2:161156‑M2/41‑1 (MQ=255)
gggttaggatttggcttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctttggtttatctGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctgga > 1:86978‑M2/100‑141 (MQ=255)
ttaggatttggcttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctgtgggttatcgGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctggatct > 1:236664‑M2/97‑141 (MQ=255)
tttggcttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctttggtttatctGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGgttta > 1:354086‑M2/91‑140 (MQ=255)
ttattagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggcttgggtttatctGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGgattc > 1:337314‑M2/85‑139 (MQ=255)
tagggtctggttttggattcggatttggctttggtttatctggatctggttttggatccggatttggctttggtttatctGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGTATCTGGTTTAGGATTCGgac < 1:42489‑M2/61‑2 (MQ=255)
tGGTTTTGGATTCGTAATTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTAGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTAGGTCTGGTTTTTGATTCGGCTTTTGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTCGGACTCGGACCTTGGtt > 2:236006/1‑141 (MQ=17)
gTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGtttt > 2:213359/1‑141 (MQ=17)
ttGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTGTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGTTTTGGt > 2:106235/1‑141 (MQ=18)
|
TCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATCTGGATTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGTTTTGGT > CP000730/2144045‑2144315
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
