Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F74 I1 R1
|
13 |
68.8 |
1581882 |
91.8% |
1452167 |
133.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,319,519 |
G→A |
Q152* (CAA→TAA) |
asp23 ← |
alkaline shock protein 23 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,319,519 | 0 | G | A | 96.5%
| 194.3
/ NA
| 58 | Q152* (CAA→TAA) | asp23 | alkaline shock protein 23 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (21/35); minor base T (2/0); total (23/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTGTTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTGA > CP000730/2319383‑2319645
|
ttCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTc > 1:327418/1‑141 (MQ=255)
cTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTTTTTTTTTTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTTTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTAttttta > 2:345277/1‑138 (MQ=37)
tATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc < 2:510683/141‑1 (MQ=255)
tATCAAANAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc < 2:594143/141‑1 (MQ=255)
cAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCActct < 1:79716/141‑1 (MQ=255)
cAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCACTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCActct < 1:358040/141‑1 (MQ=255)
aattaatAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCtttttt > 2:509683/1‑140 (MQ=255)
taatAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGt < 1:301556/141‑1 (MQ=255)
atAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCa < 1:763940/141‑1 (MQ=255)
gAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGTGTCATTa > 2:602894/1‑141 (MQ=255)
cAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCg < 2:772254/141‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTc < 2:131186/141‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTc < 2:407074/141‑1 (MQ=255)
cTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGCGTCATTACATCGTCa > 2:334887/1‑141 (MQ=255)
cTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCa > 1:374010/1‑141 (MQ=255)
ttACATTNCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCTACTTg < 2:595234/141‑1 (MQ=255)
ttGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTTTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGt > 2:300904/1‑141 (MQ=255)
cTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAAc < 2:255601/141‑1 (MQ=255)
cTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAAc < 2:78176/141‑1 (MQ=255)
aaGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACtt < 2:370350/141‑1 (MQ=255)
aaGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACtt < 1:417579/141‑1 (MQ=255)
aGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCTATTAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGGTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTc < 2:166681/141‑1 (MQ=255)
aTTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACt > 2:325800/1‑124 (MQ=255)
aTTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACt < 1:325800/124‑1 (MQ=255)
ttAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc > 2:329166/1‑95 (MQ=255)
ttAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc < 1:329166/95‑1 (MQ=255)
ttAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTATAAACCTGTGCTTTCTTGATTATGCGTTTCTTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTa < 1:472337/141‑1 (MQ=255)
aTGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTTTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACAt > 1:186230/1‑141 (MQ=255)
aTGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCATTCTTGGTTCTTGTTTTCATACTTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACAt < 1:234209/141‑1 (MQ=255)
ccAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTaaa > 1:756047/1‑141 (MQ=255)
aaGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAAcc < 1:532308/141‑1 (MQ=255)
cTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTaa < 1:345277/141‑1 (MQ=255)
tttttATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTTTTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAat > 2:438594/1‑141 (MQ=255)
tATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAatatat > 2:509625/1‑141 (MQ=255)
tCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATAttt > 1:570308/1‑141 (MQ=255)
gAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTaa < 2:174121/141‑1 (MQ=255)
gAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAAACAGTAATAAATTTag > 1:126543/1‑140 (MQ=255)
tAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACtt < 2:414429/141‑1 (MQ=255)
tAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACtt < 2:722151/141‑1 (MQ=255)
aaCTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTg < 1:143916/141‑1 (MQ=255)
aCTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGt < 1:286249/141‑1 (MQ=255)
aCTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGt < 1:613112/141‑1 (MQ=255)
ttATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTc < 2:301937/141‑1 (MQ=255)
tAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAAc < 1:509683/141‑1 (MQ=255)
aaCCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTa > 2:729791/1‑141 (MQ=255)
gTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTGTTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACTTCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATGCAg < 2:327418/141‑1 (MQ=255)
tctttcttGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTTCACTCTTTTTGAGTAATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGt > 2:339141/1‑141 (MQ=255)
ttATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACgg < 2:649248/141‑1 (MQ=255)
ttATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACgg < 1:509625/141‑1 (MQ=255)
aTTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGaa < 2:242440/141‑1 (MQ=255)
ttttCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGAtt < 1:729791/141‑1 (MQ=255)
ttCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTTTTTATATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGAtttt > 2:81075/1‑141 (MQ=255)
gTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTgg > 1:10489/1‑141 (MQ=255)
tATTTTTTTCTTTTTTTTTTTTCCACTCTTTTTGAGTCATTATATCGTCAACTTTCATGTTAACTTCAACTACTTCTAAACCAGTAATATATTTAACTTTTTCTTTATCTTTTTTATTTACTTTACGTAAGAttttttttt > 2:173969/1‑137 (MQ=255)
tttttttCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTACATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCt > 1:89696/1‑141 (MQ=255)
tttttttCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTACATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCt > 1:89686/1‑141 (MQ=255)
ttttttCGTGTTTTTATTTCCTCTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTg < 2:315127/141‑1 (MQ=255)
tttttCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGAttttttttttttt > 2:393677/1‑133 (MQ=255)
|
TTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTGTTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTGA > CP000730/2319383‑2319645
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
