Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F34 I0 R1
|
470 |
116.5 |
4231616 |
98.1% |
4151215 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,712,337 |
A→T |
5.7% |
intergenic (+179/‑432) |
nth → / → dtpA |
DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,712,337 | 0 | A | T | 5.7%
| 421.1
/ 11.6
| 122 | intergenic (+179/‑432) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/62); new base T (5/2); total (58/64) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATA > NC_000913/1712189‑1712485
|
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tAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTTATCaa > 4:931640/1‑149 (MQ=255)
tAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa < 3:157562/149‑1 (MQ=255)
tAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa > 1:355507/1‑149 (MQ=255)
aCCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGa < 2:514372/149‑1 (MQ=255)
ctttctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt < 2:308189/148‑1 (MQ=255)
ctttctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 1:308189/1‑148 (MQ=255)
ctttctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATc > 3:727170/1‑149 (MQ=255)
ctttctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATc > 4:386609/1‑149 (MQ=255)
ctttctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATc > 1:282677/1‑149 (MQ=255)
ctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa < 3:46892/149‑1 (MQ=255)
ctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa < 1:833554/149‑1 (MQ=255)
ctttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa < 3:640633/149‑1 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 4:377604/1‑149 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 3:802743/1‑149 (MQ=255)
tctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 2:533610/1‑149 (MQ=255)
ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 2:258101/149‑1 (MQ=255)
ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 3:125660/149‑1 (MQ=255)
ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 4:893082/149‑1 (MQ=255)
aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGt < 2:203856/149‑1 (MQ=255)
aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa > 1:855844/1‑149 (MQ=255)
aaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaa > 2:893868/1‑149 (MQ=255)
aaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaa > 3:931646/1‑149 (MQ=255)
aTCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaaa > 3:101636/1‑149 (MQ=255)
aTCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaaa > 1:504150/1‑149 (MQ=255)
aTCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaaa < 3:386609/149‑1 (MQ=255)
cTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACa > 4:14297/1‑149 (MQ=255)
ttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACAtt < 2:483680/149‑1 (MQ=255)
ttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACAtt < 1:218020/149‑1 (MQ=255)
ttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACAtt < 3:527488/149‑1 (MQ=255)
tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCa < 1:619111/149‑1 (MQ=255)
aaCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCaa > 4:628632/1‑149 (MQ=255)
aaCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCaa < 4:295801/149‑1 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGa < 1:220633/149‑1 (MQ=255)
gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGaa > 4:209738/1‑149 (MQ=255)
gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGaa < 1:459003/149‑1 (MQ=255)
tCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAAt > 1:737384/1‑149 (MQ=255)
aaTGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc < 1:899355/123‑1 (MQ=255)
aaTGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 2:899355/1‑123 (MQ=255)
aaTGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa < 2:855844/149‑1 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAg < 2:6736/149‑1 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAg < 1:397528/149‑1 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAg < 4:165081/149‑1 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTATCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAg < 3:388437/149‑1 (MQ=255)
cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaaa < 1:502501/149‑1 (MQ=255)
aTTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt > 3:482200/1‑149 (MQ=255)
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ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 3:377604/149‑1 (MQ=255)
ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt > 3:212298/1‑149 (MQ=255)
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atcatcAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTac < 3:14297/149‑1 (MQ=255)
tcatcaGGTAATCCGTTTGCGGATAAGCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTACTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTaca > 3:652829/1‑149 (MQ=255)
tcatcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTaca < 2:95827/149‑1 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTacaca > 4:186663/1‑149 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTacaca > 1:319588/1‑149 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTCCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTacaca > 1:873022/1‑149 (MQ=255)
tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTacacac > 3:271785/1‑149 (MQ=255)
caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACg > 3:995500/1‑149 (MQ=255)
aTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGcaacaa > 2:278315/1‑149 (MQ=255)
gTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAatat < 1:278315/149‑1 (MQ=255)
gCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGAc < 2:324547/149‑1 (MQ=255)
gCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGAc < 4:668582/149‑1 (MQ=255)
gCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATCGAc < 4:271785/149‑1 (MQ=255)
gCGGATAACCAAAAACGCAGGTTAATTGTTTTTGTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGAc < 4:922404/149‑1 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCaa < 2:490641/78‑1 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCaa > 1:490641/1‑78 (MQ=255)
aaaaaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACa > 2:1056519/1‑149 (MQ=255)
aaaaaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACa < 2:390811/149‑1 (MQ=255)
aaaaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACAt < 1:1041375/149‑1 (MQ=255)
aaaaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACAt < 2:990430/149‑1 (MQ=255)
aaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTa < 2:251586/149‑1 (MQ=255)
aaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTa < 1:701783/149‑1 (MQ=255)
aTGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTac > 4:403732/1‑149 (MQ=255)
cAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACCTTACACt < 2:580192/149‑1 (MQ=255)
gTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGc > 4:292997/1‑149 (MQ=255)
gTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGc > 1:748255/1‑149 (MQ=255)
gTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGc > 2:212060/1‑149 (MQ=255)
ttGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTAttt < 1:781213/149‑1 (MQ=255)
tGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGGCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTAtttt < 1:187381/149‑1 (MQ=255)
tttttttAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTc < 2:919540/149‑1 (MQ=255)
aTAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTg > 1:502924/1‑149 (MQ=255)
gCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGAc < 4:874351/149‑1 (MQ=255)
gAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTa > 4:458141/1‑149 (MQ=255)
aaaTTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTAACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTAt < 3:878341/149‑1 (MQ=255)
attcattcGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGt > 2:508952/1‑149 (MQ=255)
acagcatcGTGATCTTGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGt > 3:15708/7‑149 (MQ=255)
ttcattcGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAAAATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTa > 3:295227/1‑149 (MQ=255)
attcGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAGCTGGACTATCTCACTAGTaaaa > 2:135072/1‑149 (MQ=255)
attcGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTaaaa > 2:857545/1‑149 (MQ=255)
ttcGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTaaaaa > 3:812596/1‑149 (MQ=255)
atcGTGATCTTGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTaaaaa > 2:269281/2‑149 (MQ=255)
atcGTGATCTTGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTaaaaa > 2:1029992/2‑149 (MQ=255)
tcGTGATCTTGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAAc < 2:821627/101‑1 (MQ=255)
tcGTGATCTTGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAAc > 2:744916/1‑149 (MQ=255)
aTCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTaa > 1:457089/1‑149 (MQ=255)
tCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTaaa > 2:476157/1‑149 (MQ=255)
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aaGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATa > 4:754635/1‑149 (MQ=255)
aaGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATa < 3:630894/149‑1 (MQ=255)
aaGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATa < 2:502924/149‑1 (MQ=255)
|
ATAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATA > NC_000913/1712189‑1712485
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
