Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F69 I0 R1
|
1426 |
148.0 |
5875178 |
97.4% |
5722423 |
123.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,769,777 |
T→G |
6.3% |
V235G (GTA→GGA) |
ydiK → |
UPF0118 family inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,769,777 | 0 | T | G | 6.3%
| 439.4
/ 15.9
| 121 | V235G (GTA→GGA) | ydiK | UPF0118 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/55); new base G (5/3); total (63/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AAGGCATTCGCCATTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGT > NC_000913/1769630‑1769923
|
aaGGCATTCGCCATTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTa > 3:1146721/1‑149 (MQ=255)
ttCGCCATTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGc < 1:1094076/149‑1 (MQ=255)
ttCGCCATTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGCATCGGCCTCGCCGTATCCGGc > 4:112660/1‑149 (MQ=255)
gCCATTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTa > 3:169982/1‑149 (MQ=255)
ccATTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTAc < 2:460122/149‑1 (MQ=255)
cATTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTAcc > 1:83324/1‑149 (MQ=255)
aTTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTACCCGGCGTACCt > 1:433938/1‑149 (MQ=255)
tttGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTa < 2:83324/149‑1 (MQ=255)
ttGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTAt < 4:169982/149‑1 (MQ=255)
gCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTACCCGGCGTACCTTATGc < 2:433938/149‑1 (MQ=255)
aaCCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCaa > 3:623310/1‑149 (MQ=255)
gTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTg > 2:1449818/1‑149 (MQ=255)
ggCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTaa < 4:1183502/149‑1 (MQ=255)
gCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGgtg < 3:1323882/149‑1 (MQ=255)
cGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGgtgt < 4:623310/149‑1 (MQ=255)
ttCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTa > 4:538374/1‑149 (MQ=255)
tCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTaa < 3:1351845/149‑1 (MQ=255)
gaTGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCct > 1:1098819/1‑149 (MQ=255)
gccgTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTg > 1:388077/1‑149 (MQ=255)
ccgTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTGATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGc < 2:388077/149‑1 (MQ=255)
gTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCTGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCt < 2:618649/149‑1 (MQ=255)
tgctgGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTc > 1:801289/1‑149 (MQ=255)
gcacggcggcACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCAGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTc < 1:240019/145‑1 (MQ=255)
ctgGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCa < 3:1153511/149‑1 (MQ=255)
gcACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTgg < 3:112660/149‑1 (MQ=255)
cacaGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGc < 2:1098819/149‑1 (MQ=255)
acaGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGGGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGGATACGGCga < 1:1355800/90‑2 (MQ=255)
acaGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGCGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGACTCGCCGGATACGGCga > 2:1355800/1‑89 (MQ=255)
ggCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGt > 4:811731/1‑78 (MQ=255)
ggCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGt < 3:811731/78‑1 (MQ=255)
ggCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGt > 3:687340/1‑149 (MQ=255)
gCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCt < 1:590688/127‑1 (MQ=255)
gCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGtt > 1:1212607/1‑149 (MQ=255)
tATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGc > 4:718482/1‑137 (MQ=255)
tATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGc < 3:718482/137‑1 (MQ=255)
tATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGc > 2:1048392/1‑149 (MQ=255)
tATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGc < 1:1449818/149‑1 (MQ=255)
tCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGgtgt > 4:809561/1‑108 (MQ=255)
tCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGgtgt < 3:809561/108‑1 (MQ=255)
tCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCg < 4:157894/149‑1 (MQ=255)
cgcgGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCtctc < 4:348019/117‑1 (MQ=255)
gcgGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACt > 4:1016066/1‑149 (MQ=255)
gcgcTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTg > 4:472917/1‑118 (MQ=255)
gcgcTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTg < 3:472917/118‑1 (MQ=255)
gcgcTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTcc < 1:1048392/149‑1 (MQ=255)
gcTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGtt > 2:1129888/1‑96 (MQ=255)
gcTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATc < 4:863498/103‑1 (MQ=255)
gcTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATc > 3:863498/1‑103 (MQ=255)
cTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGc < 2:1212607/149‑1 (MQ=255)
tGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCt > 4:20810/1‑71 (MQ=255)
tGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCt < 3:20810/71‑1 (MQ=255)
tGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCg > 1:1297657/1‑149 (MQ=255)
ggTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCg < 1:1328941/132‑1 (MQ=255)
ggTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCg > 2:1328941/1‑132 (MQ=255)
tggtggtgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATc < 2:801289/149‑1 (MQ=255)
ggtggtgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCt < 4:687340/149‑1 (MQ=255)
gtgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGAtt > 1:1071429/1‑141 (MQ=255)
gtgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGAtt < 2:1071429/141‑1 (MQ=255)
tgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGctc < 3:538374/149‑1 (MQ=255)
aCGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTa > 4:1121669/1‑149 (MQ=255)
ggCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACg < 3:750332/73‑1 (MQ=255)
ggCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACg > 4:750332/1‑73 (MQ=255)
gTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGc > 4:190115/1‑106 (MQ=255)
gTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGc < 3:190115/106‑1 (MQ=255)
cAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCgg < 2:1037641/109‑1 (MQ=255)
cAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCgg > 1:1037641/1‑109 (MQ=255)
aGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGAt < 3:1016066/149‑1 (MQ=255)
ggCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCg > 3:154166/1‑118 (MQ=255)
gCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTa > 3:61356/1‑108 (MQ=255)
gCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTa < 4:61356/108‑1 (MQ=255)
gCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATac > 1:751066/1‑149 (MQ=255)
tGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATaccacc > 4:1187614/1‑149 (MQ=255)
ttGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCa > 2:338937/1‑82 (MQ=255)
ttGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTgg > 3:1373016/1‑149 (MQ=255)
cGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCg > 3:719519/1‑94 (MQ=255)
cGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCg < 4:719519/94‑1 (MQ=255)
cGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGaa < 2:751066/149‑1 (MQ=255)
tCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTa > 3:1282932/1‑149 (MQ=255)
cGGCCTCGCCGTATCCGTCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCTCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTAt < 4:1146721/149‑1 (MQ=255)
cGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTAt > 2:1274526/1‑149 (MQ=255)
ggtacGCCGGATACGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTgg < 1:1410626/133‑1 (MQ=255)
ggtacGCCGGATACGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTgg > 2:1410626/5‑137 (MQ=255)
gCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTg > 3:400144/1‑149 (MQ=255)
ccTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTAc > 1:1310159/1‑89 (MQ=255)
ccTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGt < 4:1373016/149‑1 (MQ=255)
tacGCCGGATACGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGt > 4:141798/3‑65 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTac > 2:934663/1‑114 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTac < 1:435325/114‑1 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTac > 2:435325/1‑114 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGtt > 1:742832/1‑149 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGtt > 4:1142442/1‑149 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGtt > 2:116753/1‑149 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGtt < 2:742832/149‑1 (MQ=255)
tCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTa < 2:1297657/149‑1 (MQ=255)
tCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTa > 3:1312449/1‑149 (MQ=255)
acGCCGGATACGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTa > 2:758736/2‑149 (MQ=255)
gCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAgt < 3:1142442/149‑1 (MQ=255)
ccGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGtt > 3:821894/1‑145 (MQ=255)
ccGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGtt < 4:821894/145‑1 (MQ=255)
cGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAgtgt < 1:1148461/149‑1 (MQ=255)
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AAGGCATTCGCCATTTTGCAACCCGTCTGGCAGGCGTTCGCGGAGATGCCGCCGTGCTGCTGGCGGCACAGGCTATCCGCGCGGTGGCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGT > NC_000913/1769630‑1769923
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
