Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A20 F33 I0 R1
|
257 |
164.2 |
5999246 |
98.1% |
5885260 |
142.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,707,226 |
T→A |
5.8% |
L103* (TTA→TAA) ‡ |
rsxC → |
SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane‑associated NADH oxidoreductase of electron transport complex |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,707,226 | 0 | T | A | 5.8%
| 522.0
/ 18.5
| 155 | L103* (TTA→TAA) ‡ | rsxC | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane‑associated NADH oxidoreductase of electron transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/90); new base A (2/7); total (58/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.71e-01 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
AAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGAT > NC_000913/1707079‑1707372
|
aGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACACGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAg < 2:1130061/149‑1 (MQ=255)
gAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGa > 2:422565/1‑149 (MQ=255)
gAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGa < 4:157803/149‑1 (MQ=255)
gTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAAt > 3:1017548/1‑149 (MQ=255)
gTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTAAAGCTGaag < 3:1039468/149‑2 (MQ=255)
tgtgCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTAAAGCTGaagga < 1:535874/149‑4 (MQ=255)
gtgCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTaa > 4:828948/1‑149 (MQ=255)
tgCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAg < 4:1484273/149‑1 (MQ=255)
gCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTaacc < 4:1017548/149‑3 (MQ=255)
gCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTAAAGCTGaaggatga < 2:487776/149‑7 (MQ=255)
ttAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTg > 1:1229023/1‑149 (MQ=255)
tAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGa < 2:350700/149‑1 (MQ=255)
gCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGAt < 3:614779/149‑1 (MQ=255)
gCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGAt > 3:245490/1‑149 (MQ=255)
gCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGAt < 1:422565/149‑1 (MQ=255)
gATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGc < 3:399594/149‑1 (MQ=255)
tAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCg > 2:100517/1‑149 (MQ=255)
aaGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGAt < 2:1229023/149‑1 (MQ=255)
aaGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGAt < 1:100517/149‑1 (MQ=255)
aGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATg < 3:1375962/149‑1 (MQ=255)
aGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATg < 3:1009943/149‑1 (MQ=255)
gTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACGCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATgg < 1:993494/149‑1 (MQ=255)
gTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATgg > 4:641692/1‑149 (MQ=255)
gTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATgg < 3:641692/149‑1 (MQ=255)
aTTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTg < 4:314697/149‑1 (MQ=255)
tGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGaa < 4:458238/149‑1 (MQ=255)
tGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGaa < 3:703530/149‑1 (MQ=255)
tGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGaa < 1:1159182/149‑1 (MQ=255)
gcAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGActgct < 4:1278903/148‑1 (MQ=255)
ccAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGActgct > 4:555664/1‑149 (MQ=255)
ccAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGActgct < 2:374837/149‑1 (MQ=255)
cAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGActgctg < 3:1049799/149‑1 (MQ=255)
gCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGa < 1:1135552/149‑1 (MQ=255)
cGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATc < 3:193469/149‑1 (MQ=255)
gCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTGACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATcc > 4:677809/1‑149 (MQ=255)
gCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGAt < 2:278155/124‑1 (MQ=255)
gCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGAt > 1:278155/1‑124 (MQ=255)
gCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATcc > 2:87826/1‑149 (MQ=255)
ccGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCcgcgcg > 3:874631/1‑149 (MQ=255)
tCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTaa < 1:419699/98‑1 (MQ=255)
tCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTaa > 2:419699/1‑98 (MQ=255)
cgcgGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTg < 4:16724/149‑1 (MQ=255)
gcgGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTgg > 1:1414023/1‑149 (MQ=255)
gcgGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTgg < 1:261549/149‑1 (MQ=255)
ggCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTGCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGc < 2:193141/149‑1 (MQ=255)
gCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGcc > 4:880701/1‑149 (MQ=255)
gCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCCCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGcc > 1:771008/1‑149 (MQ=255)
cAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCg < 2:848008/149‑1 (MQ=255)
aaaaTGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGa < 2:494339/149‑1 (MQ=255)
gctgcCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGTCGATTATc < 1:805568/149‑1 (MQ=255)
gctgcCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATc < 2:1369114/149‑1 (MQ=255)
tgcCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGc < 3:880701/149‑1 (MQ=255)
tgcCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTAAAGCTGaagg < 4:26020/82‑3 (MQ=255)
ccTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGaa < 3:798412/108‑1 (MQ=255)
tGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACTGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTc > 2:655112/1‑149 (MQ=255)
tGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTc > 3:298977/1‑149 (MQ=255)
tCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCa > 1:21469/1‑149 (MQ=255)
tCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCa < 1:599552/149‑1 (MQ=255)
tCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCa > 4:1121244/1‑149 (MQ=255)
aCGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGt < 4:840148/149‑1 (MQ=255)
aCGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGt < 1:87826/149‑1 (MQ=255)
gcgcCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTcg > 3:602779/1‑149 (MQ=255)
gcCCACCTCGGGTACCGTTACCGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTGTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGActgct > 4:240304/1‑104 (MQ=255)
ccACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGt > 3:1428712/1‑92 (MQ=255)
ccACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGaa > 3:157816/1‑149 (MQ=255)
ccACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGaa > 1:1355523/1‑149 (MQ=255)
ccACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGaa < 1:647152/149‑1 (MQ=255)
tCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGtt < 2:1362892/149‑1 (MQ=255)
ggTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAAt < 4:245490/149‑1 (MQ=255)
ggTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAAt > 2:1160143/1‑149 (MQ=255)
gTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTg < 1:916519/112‑1 (MQ=255)
aCCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGa < 2:785786/149‑1 (MQ=255)
gTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAgcg < 1:519923/149‑1 (MQ=255)
gCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACa > 2:746681/1‑149 (MQ=255)
gcCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTg < 1:1215306/149‑1 (MQ=255)
ccccACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTgg < 3:359024/149‑1 (MQ=255)
ccccACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTgg < 4:1470314/149‑1 (MQ=255)
cccACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAg < 3:1075341/131‑1 (MQ=255)
cccACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGgt < 4:1007492/149‑1 (MQ=255)
cccACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGgt > 3:447448/1‑149 (MQ=255)
ccACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGgtg < 2:90934/149‑1 (MQ=255)
cACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGgtgt > 2:57172/1‑149 (MQ=255)
ctctACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTg < 1:1358595/149‑1 (MQ=255)
tACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCg > 3:254679/1‑149 (MQ=255)
aCGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCgg < 1:13960/149‑1 (MQ=255)
ggCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGc > 2:248779/1‑149 (MQ=255)
tCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCCATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTgg > 2:977529/1‑149 (MQ=255)
cATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTggg < 2:771008/149‑1 (MQ=255)
cATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTggg < 3:1352916/149‑1 (MQ=255)
ttaattCAGCTAAAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGgt > 4:1369006/5‑134 (MQ=255)
tCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCa > 4:384244/1‑126 (MQ=255)
ccTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGGGAATATTGATGCCGATGGTGAAGACTGATGGCTCCCGCGCGACGGCTGGCCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCCTAGAGTTAATCGAGCGCATACAGCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCgg < 2:1194340/149‑1 (MQ=255)
cTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACa > 1:1072499/1‑121 (MQ=255)
cTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGGCGGGCTGGGCGGt < 2:968041/149‑1 (MQ=255)
cTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGt < 3:359498/149‑1 (MQ=255)
cAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCa < 1:746681/149‑1 (MQ=255)
cAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCa < 1:508391/149‑1 (MQ=255)
cTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGa < 3:238085/149‑1 (MQ=255)
cTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGa < 3:1197846/149‑1 (MQ=255)
tttAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCAGGCTGGGCGGTGCAGGAt > 3:202110/1‑149 (MQ=255)
|
AAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGAT > NC_000913/1707079‑1707372
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
