Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A22 F44 I0 R1
|
387 |
90.4 |
3244086 |
98.5% |
3195424 |
139.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,419,860 |
G→T |
20.9% |
intergenic (‑235/‑120) |
ulaG ← / → ulaA |
L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,419,860 | 0 | G | T | 20.9%
| 254.3
/ 51.2
| 91 | intergenic (‑235/‑120) | ulaG/ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/37); new base T (11/8); total (46/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
ACCATTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATCTTTACCGT > NC_000913/4419713‑4420008
|
aCCATTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGc > 4:10864/1‑149 (MQ=255)
ccATTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCg < 2:458770/149‑1 (MQ=255)
cATTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCgg < 2:786154/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGc < 2:207735/146‑1 (MQ=255)
aTTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGc > 1:207735/1‑146 (MQ=255)
tttGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTcgc < 3:10864/149‑1 (MQ=255)
tttttGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGt > 3:60674/1‑140 (MQ=255)
tttttGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTCAGTATGGAAGGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGt < 4:60674/140‑1 (MQ=255)
tttGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAtt < 4:375328/149‑1 (MQ=255)
tGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa < 1:346434/149‑1 (MQ=255)
gCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTaa < 3:13401/149‑1 (MQ=255)
gCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTaa > 4:552744/1‑149 (MQ=255)
ccAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAAt < 4:493438/149‑1 (MQ=255)
ccAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAAt < 1:327174/149‑1 (MQ=255)
ccAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAAt < 1:796428/149‑1 (MQ=255)
ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaataa > 3:743538/1‑149 (MQ=255)
tgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAaataat > 2:488343/1‑149 (MQ=255)
ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCttgt > 3:595328/1‑149 (MQ=255)
ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCttgt > 3:10288/1‑149 (MQ=255)
ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTtgtg > 4:356893/1‑149 (MQ=255)
tATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACtt > 1:656219/1‑149 (MQ=255)
tATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACtt > 3:656858/1‑149 (MQ=255)
ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCttgt < 2:652012/135‑1 (MQ=255)
ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCttgt > 1:652012/1‑135 (MQ=255)
ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTg > 1:582348/1‑149 (MQ=255)
gAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGa < 2:285230/149‑1 (MQ=255)
gAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGa < 3:307144/149‑1 (MQ=255)
gAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGa > 3:131326/1‑149 (MQ=255)
gAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGa < 1:175906/149‑1 (MQ=255)
gAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGa > 3:577412/1‑149 (MQ=255)
aaaGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGaa > 3:608784/1‑149 (MQ=255)
aaaGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATc > 2:434047/1‑129 (MQ=255)
aaaGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATc < 1:434047/129‑1 (MQ=255)
gATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAAt < 1:488343/149‑1 (MQ=255)
tttAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTa > 3:409405/1‑149 (MQ=255)
tttAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTa < 3:694693/149‑1 (MQ=255)
tttAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTa < 4:10288/149‑1 (MQ=255)
tAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTaga < 3:282658/149‑1 (MQ=255)
aTGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAgagt < 4:85966/149‑1 (MQ=255)
tAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGa > 2:794800/1‑119 (MQ=255)
tAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGa < 1:794800/119‑1 (MQ=255)
aTTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCacaaca > 4:136810/1‑149 (MQ=255)
aTTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCacaaca > 3:415013/1‑149 (MQ=255)
ttCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACAt > 2:529316/1‑149 (MQ=255)
cAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTc < 4:573096/149‑1 (MQ=255)
aaTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCttg > 4:448079/1‑107 (MQ=255)
aaTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCttg < 3:448079/107‑1 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCg < 3:356893/149‑1 (MQ=255)
aaCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGgt < 1:529316/149‑1 (MQ=255)
aaCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGgt < 4:415013/149‑1 (MQ=255)
aaTGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGtgtgtg > 1:801479/1‑149 (MQ=255)
aaTGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGtgtgtg < 4:743538/149‑1 (MQ=255)
aTGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTgg > 1:674141/1‑149 (MQ=255)
tGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGtgtgtg < 2:412845/147‑1 (MQ=255)
tGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGtgtgtg > 1:412845/1‑147 (MQ=255)
tttAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATAc > 4:625867/1‑149 (MQ=255)
tttAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATAc > 2:249545/1‑149 (MQ=255)
tttAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATAc > 2:725577/1‑149 (MQ=255)
ttGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCtctt > 1:434328/1‑149 (MQ=255)
ttGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCtctt < 2:165063/149‑1 (MQ=255)
ttGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCtctt > 1:777518/1‑149 (MQ=255)
tttCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGgtgt < 4:749348/124‑1 (MQ=255)
tttCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGgtgt > 3:749348/1‑124 (MQ=255)
tttCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTcttctt > 4:523313/1‑149 (MQ=255)
gTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAgg > 2:648238/1‑149 (MQ=255)
ttGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGga < 4:744738/149‑1 (MQ=255)
tgtgAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGAt < 4:608784/149‑1 (MQ=255)
gtgAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATc < 4:577412/149‑1 (MQ=255)
gtgAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATc < 4:131326/149‑1 (MQ=255)
aaTCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAAGCTTGTTGTGATGACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGtt < 2:582348/149‑1 (MQ=255)
cccACTCTATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATg > 2:54898/1‑149 (MQ=255)
cccACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATg < 2:674141/149‑1 (MQ=255)
cACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGa < 4:159558/65‑1 (MQ=255)
cACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGa > 3:159558/1‑65 (MQ=255)
cACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGga > 3:361777/1‑149 (MQ=255)
cACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGga > 3:271537/1‑149 (MQ=255)
ctATCCATGTGGAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATc < 1:648238/149‑1 (MQ=255)
aTGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTCCAGGAGATCGTTATg < 4:255557/137‑1 (MQ=255)
aTGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTCCAGGAGATCGTTATg > 3:255557/1‑137 (MQ=255)
gAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTaga > 1:152929/1‑68 (MQ=255)
gAATTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTaga < 2:152929/68‑1 (MQ=255)
gAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACAt > 4:321460/1‑149 (MQ=255)
aaTTATTTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATc > 2:337198/1‑149 (MQ=255)
aaTTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAgagt < 4:108781/69‑1 (MQ=255)
aaTTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAgagt > 3:108781/1‑69 (MQ=255)
aaTTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATc > 4:631542/1‑149 (MQ=255)
attattTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCct < 4:263708/138‑1 (MQ=255)
attattTTCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCct > 3:263708/1‑138 (MQ=255)
ttattTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATCtt > 1:82022/1‑149 (MQ=255)
tgattTGCGGGTCGAGTCACATTTAATTATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTTCCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATCtt < 2:223037/147‑1 (MQ=255)
ttGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATCTTTAcc < 3:523313/149‑1 (MQ=255)
gCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCTGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATCTTTACCgt < 4:656858/149‑1 (MQ=255)
gCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATCTTTACCgt < 2:656219/149‑1 (MQ=255)
|
ACCATTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTACCTCTTCTTCAGGAGATCGTTATGGAGATCCTCTACAACATCTTTACCGT > NC_000913/4419713‑4420008
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
