Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F42 I0 R1
|
16 |
20.9 |
472652 |
94.4% |
446183 |
140.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,744,292 |
A→T |
31.5% |
I127N (ATT→AAT) |
apt ← |
Adenine phosphoribosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,292 | 0 | A | T | 31.5%
| 25.3
/ 14.3
| 22 | I127N (ATT→AAT) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/10); new base T (3/4); total (8/14) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
TTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTC > USA300TCH1516_ALE/1744170‑1744429
|
ttAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCta < 2:10338/141‑1 (MQ=255)
cTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTGATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATaaa < 1:213315/141‑1 (MQ=255)
tttttCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATATCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGttt > 2:200180/1‑140 (MQ=255)
ttCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGAcc < 1:215843/141‑1 (MQ=255)
aCCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGttt < 1:153237/141‑1 (MQ=255)
aCCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGttt < 2:156061/141‑1 (MQ=255)
aaTATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCAt > 1:48224/1‑141 (MQ=255)
aaTATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATGAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCAt > 2:104304/1‑141 (MQ=255)
atTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCtt > 2:153115/1‑141 (MQ=255)
tttCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCttt < 2:149684/141‑1 (MQ=255)
aaTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGt < 2:6410/141‑1 (MQ=255)
ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCa < 1:203363/141‑1 (MQ=255)
ctactaCGATACCGCGTAATTTTTCCACTAATTTGATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCat < 1:76738/141‑1 (MQ=255)
ctactaCGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCat < 1:76719/141‑1 (MQ=255)
actacGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCatat > 2:89937/1‑141 (MQ=255)
gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAg < 1:104430/141‑1 (MQ=255)
gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTAACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAg < 1:105169/141‑1 (MQ=255)
tACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCAGTATTAAAACATTTGTACTATATTCTAGGt > 2:198349/1‑141 (MQ=255)
cTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCATTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACt < 2:48224/141‑1 (MQ=255)
tttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGATCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAAc < 1:123212/141‑1 (MQ=255)
aaTTTTATTGCTGCTTCAATCGTCCCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATCTTCTAGGTCATACGCATAACAAATGACt > 2:97965/1‑141 (MQ=255)
tCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCCCGAGGTAATTTc > 1:181139/1‑141 (MQ=255)
|
TTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTC > USA300TCH1516_ALE/1744170‑1744429
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
