Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F169 I1 R1
|
62 |
44.4 |
970160 |
98.1% |
951726 |
147.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,679,462 |
(A)8→7 |
intergenic (+334/‑55) |
USA300HOU_RS13790 → / → ssaA2_4 |
hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,679,455 | 0 | A | . | 97.1%
| 154.1
/ ‑1.6
| 35 | intergenic (+327/‑62) | USA300HOU_RS13790/ssaA2_4 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (12/22); total (12/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
TGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2679308‑2679583
|
tGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTa > 4:335978/1‑148 (MQ=255)
aCATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaa > 4:326692/1‑148 (MQ=255)
aCATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaa > 4:326705/1‑148 (MQ=255)
ttGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaatt > 3:59593/1‑146 (MQ=255)
tGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaattt < 4:271971/148‑4 (MQ=255)
aTCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTTTTTTTTTACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGtt > 4:386193/1‑148 (MQ=255)
tATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTATTTTTTTTTTCTTTATATTATAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAATAATTTGTTATCAt > 4:179893/1‑148 (MQ=255)
aTGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGt < 2:12493/141‑1 (MQ=255)
aTGAAAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGt < 2:50509/141‑1 (MQ=255)
aattaattGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTaa > 3:128654/1‑148 (MQ=255)
gTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAAt > 4:71006/1‑148 (MQ=255)
tAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaa < 4:62268/148‑1 (MQ=255)
tAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaa > 3:375689/1‑148 (MQ=255)
cATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTCCTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaaaa > 4:394421/1‑148 (MQ=255)
aTGAATTTATACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaa < 1:22471/141‑1 (MQ=255)
gAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaaaaaaa < 3:273362/148‑1 (MQ=255)
aTTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAtt > 3:326527/1‑148 (MQ=255)
aCATTTTATGAAAATATCCATTTTTATTACAATTAAACAATTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACATTAAAAAAAAAAAAAAATTAACTTg < 4:188415/148‑1 (MQ=255)
aCATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAGATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTg < 3:349806/148‑1 (MQ=255)
aCATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTg < 4:45523/148‑1 (MQ=255)
aaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATgg < 4:1961/148‑1 (MQ=255)
aaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATgg < 4:130017/148‑1 (MQ=255)
aaTCCATTTTTATTACAAGTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATgg < 3:335509/148‑1 (MQ=255)
aaTCCATTTTTAATACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCTTAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATgg < 4:58198/148‑1 (MQ=255)
ccATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAat < 4:95117/148‑1 (MQ=255)
ccATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTAT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAat < 4:274905/148‑1 (MQ=255)
ttattaCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATaaaa < 3:13181/148‑1 (MQ=255)
aCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATa < 3:324668/148‑1 (MQ=255)
cTTTATATTACAAATTCATTACAGATACTACAAATATTGATTGCTTACAATGTATTCTAAAAAAAATTT‑TTATCATTATTAAAATAAAAAAAAAAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGttt < 4:198157/148‑1 (MQ=255)
ttATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTttat > 3:397706/1‑148 (MQ=255)
tGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAAtt < 3:286766/148‑1 (MQ=255)
cAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCt > 3:319856/1‑148 (MQ=255)
tACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTa < 3:261903/148‑1 (MQ=255)
aCAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTAc < 3:168446/148‑1 (MQ=255)
ttACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACGTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTCGCAGTACtttt > 4:48860/1‑148 (MQ=255)
tgttgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTTATTTTCTCAGCAGAt > 3:127797/1‑148 (MQ=255)
gttgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGAtt > 3:5270/1‑148 (MQ=255)
tgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc < 4:170073/148‑1 (MQ=255)
tgATTGCTTACATTAATTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc < 4:218950/148‑1 (MQ=255)
gATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCa < 3:397394/148‑1 (MQ=255)
|
TGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2679308‑2679583
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
