Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I0 R1
|
41 |
49.4 |
1100758 |
95.6% |
1052324 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,064,444 |
Δ1 bp |
100% |
coding (45/1218 nt) |
ywtF ← |
Putative transcriptional regulator YwtF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,064,444 | 0 | A | . | 97.7%
| 184.2
/ ‑3.1
| 43 | coding (45/1218 nt) | ywtF | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (16/26); total (17/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTAC > USA300TCH1516_ALE/1064311‑1064577
|
gttCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTATTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATg > 1:67206/1‑140 (MQ=255)
ttcttcGGGATTGACTTTATTCTCGCTGACGTGGGTTTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTCAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGc < 2:359014/140‑1 (MQ=255)
ttcttcGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGc > 1:463663/1‑140 (MQ=255)
tcttcGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCt > 1:356330/1‑140 (MQ=255)
gATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGa > 1:90464/1‑140 (MQ=255)
ttattaTCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAATGACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAg < 2:441385/140‑1 (MQ=255)
atCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTAttt < 1:194383/140‑1 (MQ=255)
tcatcaGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGAGTCGAATGCATGTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTAATGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCGAGACGGATCAAAAAGTAGTTTaa > 2:83320/6‑140 (MQ=255)
gTTGGATTGGCTGTTAGCTTTTTTGCTGTTTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTTATGTAGTGATTACTTTTGGAACAACAATGAG‑ACTAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAAttt < 2:30359/140‑1 (MQ=255)
gTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGA‑ACACAAAGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAAttt > 1:423332/1‑140 (MQ=255)
gTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCAACTTGGGACGATTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAAttt > 1:149739/1‑140 (MQ=255)
ggATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTAtt > 1:342192/1‑140 (MQ=255)
cGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgatt < 1:97773/140‑1 (MQ=255)
gATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgattg < 2:119538/140‑1 (MQ=255)
gCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGCTCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCt > 2:234463/1‑140 (MQ=255)
tGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTatat < 2:119755/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTATTGAGAAGAGTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGGATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTatat < 1:253154/140‑1 (MQ=255)
ccgTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGATAAAAAAATAAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTa < 2:548915/138‑1 (MQ=255)
gAATGCATCTTGGGACGGTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATGTTAAAAATTTATTCATGATTGATGATCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcat > 1:128246/1‑140 (MQ=255)
aTGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGGTCGAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcataa > 2:170006/1‑140 (MQ=255)
ttGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATTCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATcataatgttaat > 1:234022/1‑140 (MQ=255)
tttAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTACTATGTTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAata < 2:90464/140‑1 (MQ=255)
tAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAAtata > 2:275364/1‑140 (MQ=255)
aaaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATaa < 1:53550/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATaa > 1:459149/1‑140 (MQ=255)
aaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGTATCAAATAGTATTTTAAAAATTTATGCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAAt < 1:194689/140‑1 (MQ=255)
aGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAg < 2:114696/140‑1 (MQ=255)
gTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGt > 2:318159/1‑140 (MQ=255)
tAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGtt < 2:403059/140‑1 (MQ=255)
aCGTAGCAAAGACTATTTGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGa < 1:532015/140‑1 (MQ=255)
gTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAAc < 1:496013/140‑1 (MQ=255)
atagaaaaGATTTTTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGAATTTTAAAAATTTATTCATGATTAATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATAATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAAc > 2:201375/7‑140 (MQ=255)
tAGCGAAGACTATCGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACg > 2:278827/1‑140 (MQ=255)
gAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGatat < 2:463663/140‑1 (MQ=255)
cTATTGGAACAACAATGTG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTtata < 2:356330/140‑1 (MQ=255)
ttGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACaa < 2:67206/140‑1 (MQ=255)
tgtaacaacAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCTTGATTTATGCTCCTATATTAAAGTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAAc < 1:220791/137‑1 (MQ=255)
ggAAAAAAAATGAG‑ACCAATGCTAGAAAGATCAAAAAGGATTTTAAAAATTTATTCATTATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATTATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACt < 2:213737/140‑1 (MQ=255)
gaccaacaaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGCTCAAAAAGTCTCTTGACCATTTACTCATGATTGATGAATTTTCTGGAAAACCATGCGGCTTAAAAAACATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACtt < 1:264693/137‑1 (MQ=255)
caacaaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCAt < 2:423332/140‑1 (MQ=255)
caacaaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCAt < 2:149739/140‑1 (MQ=255)
caacaaTGAG‑ACCAATGATAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCAt < 1:25106/140‑1 (MQ=255)
caaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTAc < 1:231966/140‑1 (MQ=255)
|
GTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTAC > USA300TCH1516_ALE/1064311‑1064577
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
