Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F21 I0 R1
|
44 |
97.4 |
2221552 |
95.8% |
2128246 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,646,189 |
G→C |
100% |
A155G (GCA→GGA) |
ypdF ← |
Aminopeptidase YpdF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0%
| 250.0
/ ‑6.5
| 76 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (42/33); minor base A (1/0); total (43/33) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ATTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646051‑1646325
|
atTTTATTACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGcctcct < 1:878671/141‑1 (MQ=255)
atTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGcctcct < 1:244002/141‑1 (MQ=255)
gCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACCGTTGTTTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGtt > 1:862922/1‑141 (MQ=255)
gCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCCTTAATTCTTTTTCAGTCATGCTTCCTTTTACAACAGtt > 1:144245/1‑141 (MQ=255)
acCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAat < 2:953547/141‑1 (MQ=255)
acCATGTGGTAATGCACCTCCATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAat < 2:965008/141‑1 (MQ=255)
ccATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACCACAGTTAAAata > 1:733858/1‑141 (MQ=255)
ccATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaaaaaa > 2:942522/1‑139 (MQ=255)
ccATGTGGTAATGAACCTCTATGACAAGATGCTACAATCGTATGGAATGATCGAACATCTGCTCCTAATTCTAGTGTTTTGCTCTCTAATGTTGTCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAata > 2:539808/1‑141 (MQ=255)
tgGTAATGCACCTCTCTGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTTCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTc < 1:1032278/141‑1 (MQ=255)
tgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCGTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATAGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTCACAACAGTTAAAATATATTc > 1:817629/1‑141 (MQ=255)
tgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTc < 1:816518/141‑1 (MQ=255)
tgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTGACAACAGTTAAAATATATTc > 1:817911/1‑141 (MQ=255)
ggTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTct > 2:1011028/1‑140 (MQ=255)
ggTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCa > 2:802337/1‑141 (MQ=255)
aTGCACCTCTATGACCAGATGCTACGATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 2:697819/141‑1 (MQ=255)
aCCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtc > 1:1010950/1‑141 (MQ=255)
aCCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtc > 2:1081263/1‑141 (MQ=255)
ctctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcat > 2:98477/1‑141 (MQ=255)
tATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTGATTCTTTTTCAGTCATGCCTACTTTTACACCGGTTATAATATATTCATTTGTTTAATcaa > 2:334766/1‑141 (MQ=255)
tGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCGTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGACATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATCTTCATATGTTTCCTcaata > 1:209273/1‑139 (MQ=255)
aGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATAtt < 2:141845/141‑1 (MQ=255)
gCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgct > 1:160145/1‑141 (MQ=255)
gCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgct > 1:631136/1‑141 (MQ=255)
gCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCATTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCATTTTAAACCAGTTGCACTATATTCATATGTTTCATCACACATATTAgcc > 1:1058382/1‑140 (MQ=255)
gCTACAATCGTATCGAATGAGGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATGTTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCGTCCTTTTCCAACAGTTAAAATGTATTCATAGGTTTCATCAACAGTATTAgat > 1:726319/1‑139 (MQ=255)
aCAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATCTTAgctgct > 1:211651/1‑141 (MQ=255)
aaTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCttt < 1:989365/141‑1 (MQ=255)
aaTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCttt < 2:329191/141‑1 (MQ=255)
aTCGTATAGAATGCTGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTGTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 2:334342/141‑1 (MQ=255)
cGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTTAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGGTAAAATTTATTCATATGTTTCATCAACAATATTGGCTGCTTTTTgtttta > 1:121597/1‑136 (MQ=255)
aaTGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTaaa < 1:381372/141‑1 (MQ=255)
tgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAt > 1:866818/1‑141 (MQ=255)
tCCTTCTGCTCCTCATCCTAGCATTGTTCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTc < 1:248577/141‑1 (MQ=255)
tCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTc < 1:602842/141‑1 (MQ=255)
cATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGt < 1:313805/141‑1 (MQ=255)
cATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGt < 1:176689/141‑1 (MQ=255)
gCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACACTATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCa > 1:273855/1‑141 (MQ=255)
gCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTTGTCAGct > 2:743303/1‑140 (MQ=255)
gCTCCTAATTCTAGCATTTTGCGTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCa > 2:809039/1‑141 (MQ=255)
gCTCCTAATTCTAGCAGTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCCGCa > 2:285969/1‑141 (MQ=255)
cTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCtt < 2:581107/141‑1 (MQ=255)
cTAATTCTAACATTTTGCTTTCTAATATTGCCTGTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAAAGTTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTACGCAtttt > 2:690586/1‑141 (MQ=255)
aaTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTTAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTg > 2:742948/1‑141 (MQ=255)
aaTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTg > 1:147635/1‑141 (MQ=255)
aaTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCATCCTTTTACAACAGTTAAAATATCTTCATATGTTTCTTCCACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGAACT‑TTCGTCCGACTCTTTg > 2:547778/1‑141 (MQ=255)
ttCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGag > 2:553014/1‑140 (MQ=255)
ttCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGAc > 2:196292/1‑141 (MQ=255)
tCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACg > 1:69336/1‑141 (MQ=255)
tCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTAACg > 1:540132/1‑141 (MQ=255)
cTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGt > 1:1021815/1‑141 (MQ=255)
aGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTACTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGtct > 1:711704/1‑141 (MQ=255)
ttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtt < 2:285732/141‑1 (MQ=255)
gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTACtttt > 2:193290/1‑141 (MQ=255)
tttCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTAt > 1:1012648/1‑141 (MQ=255)
tCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTACAACAGTTAAAATAAATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTATCTAAtttttttt > 2:155249/1‑137 (MQ=255)
tCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCt < 1:348167/141‑1 (MQ=255)
cTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTa < 1:759718/141‑1 (MQ=255)
atatTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAg > 1:451141/1‑141 (MQ=255)
ttGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt < 1:211653/141‑1 (MQ=255)
ttGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAATTTATCTACAgggt > 2:224393/1‑138 (MQ=255)
ttccTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt < 2:552835/139‑1 (MQ=255)
tGCCTTTAATTCTGTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt < 2:23328/141‑1 (MQ=255)
tcgtttAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTATTAAAACAGTTACAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGCATTa < 2:197425/138‑1 (MQ=255)
gCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACATGTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCGGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTa < 1:141033/141‑1 (MQ=255)
gCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTa < 1:20283/141‑1 (MQ=255)
aTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTGTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGc < 2:69805/141‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTCAGTCATGGCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt < 1:964601/141‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAATAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGATGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt > 2:614898/1‑141 (MQ=255)
ttCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt < 2:338644/141‑1 (MQ=255)
ttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCGTATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTT‑ACACCTTGCAATGTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTATAGTATTAGAAGTGCttatt > 1:804173/1‑141 (MQ=255)
gTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGat > 1:650834/1‑141 (MQ=255)
gCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 2:738416/141‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 1:616900/141‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 2:174073/141‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 2:840349/141‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 2:377621/141‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCACATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 2:174324/141‑1 (MQ=255)
|
ATTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAT‑TTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646051‑1646325
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
