Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I0 R1
|
76 |
110.5 |
2404748 |
96.5% |
2320581 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,749,331 |
C→A |
36.0% |
G40C (GGT→TGT) |
USA300HOU_RS08710 ← |
Heme uptake protein MmpL11 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,749,331 | 0 | C | A | 36.0%
| 118.8
/ 95.4
| 107 | G40C (GGT→TGT) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/30); new base A (17/21); total (55/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCATTATTTACGTA > USA300TCH1516_ALE/1749191‑1749471
|
ttcAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCAcc < 1:921139/141‑1 (MQ=255)
aaCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTg < 2:154077/141‑1 (MQ=255)
aaCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTg < 2:291207/141‑1 (MQ=255)
aCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGc < 1:603420/141‑1 (MQ=255)
cTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCa > 1:177044/1‑141 (MQ=255)
ttGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTACTGTTTGCGCTGTTTATTGTAAGGCTTTTTTATCTCTTTTGTCGCCTTTTTTTAAAGGATCGACTTTGTAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCaa < 2:209920/141‑1 (MQ=255)
tGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCaaa < 1:252474/141‑1 (MQ=255)
tGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCaaa > 1:441326/1‑141 (MQ=255)
ttttAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCaa > 2:747517/1‑141 (MQ=255)
aGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTcc > 1:1133139/1‑141 (MQ=255)
aGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTcc > 1:708533/1‑141 (MQ=255)
gTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTa > 2:583833/1‑141 (MQ=255)
ttCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTaa < 2:141790/141‑1 (MQ=255)
cGAATCACCTAATACGTTTACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAAtt < 2:19038/141‑1 (MQ=255)
cGAAACTCCTAAGCCGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTGTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGTATCGACTTGATAAAGCACCTTAAATTCACCCTGCAAATCAAGTCCTAAAtt < 2:850663/141‑1 (MQ=255)
cGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAAtt < 2:873472/141‑1 (MQ=255)
aaaCACCTAAAACGTTTACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGa < 2:609217/141‑1 (MQ=255)
cacCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTTCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAGGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGCCAt > 2:789881/1‑141 (MQ=255)
acCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACAtt > 1:733913/1‑141 (MQ=255)
ccTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAACGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCTAGTCCTAAATTGACATTc > 2:706448/1‑141 (MQ=255)
tAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCtt < 2:559604/141‑1 (MQ=255)
tAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATCTCTAATCAAGTCCTAAATTGACATTCtt < 2:848544/141‑1 (MQ=255)
tAAAACGTTAACACGATTTTCGCATGTTTTCGCTGTTGATTGTAAGGTTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTAAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCtt < 2:781268/141‑1 (MQ=255)
aaaCGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTta > 2:290242/1‑141 (MQ=255)
gTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGAAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTACTAAATTGACATTCTTTATAac > 1:829630/1‑141 (MQ=255)
ttcacacCATTTTCTGATGGTTTCGCGGTTGATTGTAAGGCGTCTCTCTCTCTTGTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCTCCTTGATAAAGCCTCTCAAATCCCCCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAaca < 2:69630/138‑1 (MQ=255)
ctAACCCTATTTTCTTATGTTTTGGTTGTTGATTGTAATGCTTTTTTATCTATTTTTTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAAGCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAaca < 1:466621/140‑1 (MQ=255)
tAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAacac > 1:483201/1‑141 (MQ=255)
aaCACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACt < 1:66628/141‑1 (MQ=255)
aaCACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACt < 1:66812/141‑1 (MQ=255)
acacGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACtt < 1:311281/141‑1 (MQ=255)
acGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACtttt > 1:204808/1‑141 (MQ=255)
gATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTtat < 2:153793/141‑1 (MQ=255)
ttCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGAGAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAACTTGACATTCTTTATACCACTTTTATaact > 2:582358/1‑139 (MQ=255)
ttCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTCGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGt > 2:134536/1‑141 (MQ=255)
tCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATGGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGtt > 2:600943/1‑141 (MQ=255)
tAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGGCTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGtttc > 1:327405/1‑139 (MQ=255)
aaTGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTAGCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCa < 1:814548/141‑1 (MQ=255)
ttGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAAGCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAg < 2:138735/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTGCGCTTTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAg < 2:409967/141‑1 (MQ=255)
aTGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATACTTTATAAACCTTATATAATTTGCAg > 1:455287/1‑141 (MQ=255)
aTGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAg > 2:23256/1‑141 (MQ=255)
aTGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAg < 1:1127257/141‑1 (MQ=255)
aTGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTGTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAg > 1:773703/1‑141 (MQ=255)
tGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGc < 1:233903/141‑1 (MQ=255)
cgcTTTTTATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCTAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTcc < 2:883431/141‑1 (MQ=255)
ttGATTGTAAGGCTTTTTTAACTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAACACACCGCAAATCCACCTTCCAAACCACGTCCTAACTTAACATTCTTTATGACACTTTTATATGTTGCAGCCATTCAGCCaa > 2:603867/1‑141 (MQ=255)
tGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCaaa < 1:855151/141‑1 (MQ=255)
tagtGTTAGGCTTTTTTGTCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAaac < 2:888587/138‑1 (MQ=255)
aTTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAaaca < 2:602586/141‑1 (MQ=255)
tGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAaacaac < 2:777381/141‑1 (MQ=255)
tAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAAcaacaa > 2:973002/1‑141 (MQ=255)
ggCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATAc < 2:343572/141‑1 (MQ=255)
cTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGa > 1:853579/1‑141 (MQ=255)
ttttttATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGAc < 2:632643/141‑1 (MQ=255)
ttttttATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGAc > 1:95751/1‑141 (MQ=255)
ttttATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCATCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCTTTCCGGCCAACAACAATACGACTa > 1:320288/1‑141 (MQ=255)
ttttATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTa > 1:534860/1‑141 (MQ=255)
tATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTaaaa > 1:329175/1‑141 (MQ=255)
tcgaTTTTGGTGCCTTTACTTAAAGGATCGACTCGATAAAGCACCTCAAATCCACTTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTCTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCATACAACAATACGACTAAAAGc < 2:654802/138‑1 (MQ=255)
tCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCa < 1:6028/141‑1 (MQ=255)
tCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCa < 2:335733/141‑1 (MQ=255)
cGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCaa > 2:877369/1‑141 (MQ=255)
tttatttaAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGTCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAattat < 1:525126/141‑1 (MQ=255)
atttaAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTct < 2:1042346/141‑1 (MQ=255)
tttaAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTcta > 2:960585/1‑141 (MQ=255)
ttaAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTctac < 2:893086/141‑1 (MQ=255)
tagaGGCTCGAGTGGACAGAGCACCGCACAGCCACATGGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTCTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAGTGATTctact < 2:499257/138‑1 (MQ=255)
aaaGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTctacta > 1:186936/1‑141 (MQ=255)
aaGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCtactac > 1:1132713/1‑141 (MQ=255)
aaGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATACTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCtactac > 1:164688/1‑141 (MQ=255)
aGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTactact > 1:660470/1‑141 (MQ=255)
cGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTttct < 1:290242/141‑1 (MQ=255)
gACTTTATAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTttctt > 2:1038320/1‑141 (MQ=255)
gACTTGATAAAGCACCTCAAGTCCACATTGCAAATCAAGTCCTAGATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTttctt > 2:652639/1‑141 (MQ=255)
cTTTATAAAGCACCTCAAAACCACCTTGCAAATCAAGTTCAAAATTGACATTCTTTATAACACTTGTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACGTTTATTca < 2:315494/141‑1 (MQ=255)
gATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAGTTATTCTGCTACTTTTCTCAACAt > 1:995758/1‑141 (MQ=255)
gATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACAt > 2:867606/1‑141 (MQ=255)
gATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACAt > 1:523059/1‑141 (MQ=255)
gATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACAt > 1:1193813/1‑141 (MQ=255)
aTAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATg > 2:67083/1‑141 (MQ=255)
tAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATCCGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGa > 1:454469/1‑141 (MQ=255)
tAAAGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGa > 1:631843/1‑141 (MQ=255)
aaaGCACCTCAAATGCACCTTGCAAATCTAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGaa > 1:781439/1‑141 (MQ=255)
aaaGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGaa > 1:1103589/1‑141 (MQ=255)
aGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCtactac > 2:665655/1‑124 (MQ=255)
aGCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCtactac < 1:665655/124‑1 (MQ=255)
gCACCTCAAATCCACCTTGCGAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTCTTCTACTACTTTTCTTCACCTGAgcac > 2:905805/1‑141 (MQ=255)
gCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAacac < 2:401550/141‑1 (MQ=255)
gCACCTCAAATCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAacac > 1:441674/1‑141 (MQ=255)
gCACCTCAAAGCCACATTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAacac < 1:23256/141‑1 (MQ=255)
cTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTACTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCa < 1:1172909/141‑1 (MQ=255)
cAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCatt > 2:833163/1‑141 (MQ=255)
cAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCatt > 2:833100/1‑141 (MQ=255)
aaaTCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCattt > 2:1049017/1‑140 (MQ=255)
aaaTCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCAAATGAACACTTCattt > 2:152484/1‑140 (MQ=255)
aTCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCattatt > 2:626406/1‑141 (MQ=255)
aTCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCattatt < 1:233452/141‑1 (MQ=255)
ccTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACACTACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCATTATTTACgt > 2:966129/1‑141 (MQ=255)
cTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCATTATTTACgta > 2:307072/1‑141 (MQ=255)
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TTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCATTATTTACGTA > USA300TCH1516_ALE/1749191‑1749471
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
