Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I1 R1
|
31 |
90.0 |
1985866 |
95.2% |
1890544 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,028,394 |
A→C |
F84C (TTT→TGT) |
USA300HOU_RS10230 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,028,394 | 0 | A | C | 96.5%
| 266.9
/ NA
| 86 | F84C (TTT→TGT) | USA300HOU_RS10230 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base C (43/39); total (45/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
TATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACATAAACTAATACACATCCCA > USA300TCH1516_ALE/2028256‑2028529
|
tataCATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAg > 2:435695/1‑141 (MQ=255)
ataCATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTTGTTTTAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGa > 2:248180/1‑141 (MQ=255)
cATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGa < 2:513276/141‑1 (MQ=255)
aaCTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACaa < 1:133722/141‑1 (MQ=255)
aaCTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACaa < 2:709611/141‑1 (MQ=255)
cTGGTTTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTGAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAga < 1:317449/141‑1 (MQ=255)
ggTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAgatg < 1:545525/141‑1 (MQ=255)
gtgtACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGTTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATATACAGGCGAACAAgatga > 2:599727/1‑141 (MQ=255)
tgtACGTTGCTCACCAAACCACTTTGGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTGTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAgatgat < 2:811637/141‑1 (MQ=255)
tgtACGTTGCCCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGCTGGTGAAGTCATACCCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAAAGCACACTAACTAATAACAAAACGACAACCAAgatgat > 2:265371/1‑141 (MQ=255)
tACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAgatgatga > 1:341750/1‑141 (MQ=255)
cGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGAtt < 1:789258/141‑1 (MQ=255)
gTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGTTGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTg < 2:392796/141‑1 (MQ=255)
gTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTg < 2:934862/141‑1 (MQ=255)
ttGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTGTTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAACCGAACCAgagaatgatatt > 2:85092/1‑138 (MQ=255)
gCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTACTAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGtat > 1:256873/1‑141 (MQ=255)
gCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGtat > 2:524010/1‑141 (MQ=255)
cTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGtata > 2:319074/1‑141 (MQ=255)
tCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAATAGACGAACAAGATGATGATTGTATAc < 2:612068/141‑1 (MQ=255)
cACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACt < 1:435695/141‑1 (MQ=255)
aCCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACtt > 1:873238/1‑141 (MQ=255)
aCCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTAAACtt > 1:531699/1‑141 (MQ=255)
aCCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATACGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACtt > 2:639221/1‑141 (MQ=255)
cACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAACAAGATGAACAAGATGTTGATTGTATACTAATTAGAc > 2:790136/1‑141 (MQ=255)
aCTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCTTCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGTTGATTGTATACTTATTAGACa > 2:738062/1‑141 (MQ=255)
ttttGTTTAATAAAGGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACaat < 2:155506/141‑1 (MQ=255)
tGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGCTGATTGTATACTTATTAGACaataat > 2:100863/1‑141 (MQ=255)
tGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACaataat < 2:115169/141‑1 (MQ=255)
tttAATAAAAGGTGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAGCTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAAtgt < 2:505036/141‑1 (MQ=255)
aataaAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGaa < 2:27350/141‑1 (MQ=255)
aataaAAGATGGTGAACGCATAACCTCATCCGCCGCAACTAATTTTTTTGGTTTAAACTTTGGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACAAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGaa < 2:270574/141‑1 (MQ=255)
aaaaGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTACTAGGCAATAATGTGAATGc < 1:738062/141‑1 (MQ=255)
aaGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTTTTTTAAATTTGTGTATTAAATAACGCCCAATAAGTACTAATAAACATACGAACTCGATGATGATTGGATCCTTATTAGACCATAATGTGAATGCac > 1:283154/1‑140 (MQ=255)
aaGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAAATTATGTATTAAATAACGCACAATAATTAAAAATAAACAGACGCACAAGCAAATGATTGCATACATATTAGACAATCAACTGAAtacca > 2:821553/1‑137 (MQ=255)
aaGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTATTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGAATGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCaa > 2:389808/1‑141 (MQ=255)
aGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAAt > 1:743103/1‑141 (MQ=255)
gATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAAtt > 1:756903/1‑141 (MQ=255)
aTGGTTAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTa < 2:935914/141‑1 (MQ=255)
ggTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTCTACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAAt > 2:554462/1‑141 (MQ=255)
ggTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAAATACCAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATGAGACAATAATTTGAATGCAATTAAt > 1:8681/1‑141 (MQ=255)
tGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAg < 1:964137/141‑1 (MQ=255)
tGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAAATACTTTTTTTGGTTTTAGATTGTGTATTAAATAACGTATAAAGAGTAATAATAAACAAACGATCAAGATCATTATTCTATAATGATTAGACCATAATGTGAATTCAAGTAATAg > 2:527719/1‑141 (MQ=255)
tAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTTTTTTTTTCTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGAAGAACAAGATGATGATTGTATACTTGTTAGACAATAATGTGCATGCAATTAATAGCCCGCCtt > 2:154463/1‑140 (MQ=255)
tAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACGATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAGTAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTa > 1:596835/1‑141 (MQ=255)
tAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATGAGGCGCCTa > 1:312176/1‑141 (MQ=255)
tAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTa > 2:315232/1‑141 (MQ=255)
cATCCGTCGCAACTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTATAAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATCATGTGAATGCAATTAATATCTCGCTTATCCaaa > 2:209531/1‑141 (MQ=255)
ccGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACg < 1:815380/141‑1 (MQ=255)
ccGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACg < 1:26339/141‑1 (MQ=255)
gTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGAACAATAAGTAATAATAAACAGAAGAAAAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAAGTACTAGTGCGCCTATACAAAAcccc > 2:104791/1‑141 (MQ=255)
tCGCAACTAC‑TTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCaa < 2:133915/141‑1 (MQ=255)
gCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCATAACGCCaaa < 1:725705/141‑1 (MQ=255)
aaCTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCAAAAAAGCCAAAAg > 2:815310/1‑141 (MQ=255)
tactTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGcc > 1:299831/1‑141 (MQ=255)
tactTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAACTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGcc > 1:426813/1‑141 (MQ=255)
taatttttttGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGcc < 1:171443/138‑1 (MQ=255)
tctTTTTTTGTTTAAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACCAGATGATGATTGTATATTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCa < 2:282637/140‑1 (MQ=255)
agtttttttGGTTTAAACGTGTGTATTTAATAACGCACAAGAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATAGTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGGGCGTATCCAAAACGCCAAAAGGcgg < 2:256873/139‑3 (MQ=255)
actTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCa < 1:524010/141‑1 (MQ=255)
actTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAAGAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCATATCAAAAACGCCAAAAGGCCa < 2:578873/141‑1 (MQ=255)
ttttttGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGt > 1:610285/1‑141 (MQ=255)
ggttAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAACAAACAGACAAACAAGATGATGATTTTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCTAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTAt < 2:615369/139‑1 (MQ=255)
gTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTAt < 1:471711/141‑1 (MQ=255)
gTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTAt < 2:951933/141‑1 (MQ=255)
tttAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAGCAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTGTATg > 1:208621/1‑141 (MQ=255)
aCTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAAt < 2:99264/141‑1 (MQ=255)
cTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATa < 1:319074/141‑1 (MQ=255)
gagtATTAAACAACGGACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAACCGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAg < 1:518688/139‑1 (MQ=255)
aTTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGatat > 2:237525/1‑141 (MQ=255)
tAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATcc < 1:248180/141‑1 (MQ=255)
tAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATcc < 1:248218/141‑1 (MQ=255)
aaaTAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGGCGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAACGCTTTGAAGAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCt > 1:972432/1‑141 (MQ=255)
tAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACa < 2:667540/141‑1 (MQ=255)
tAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATAAGAAAAAGATGAGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACa < 1:719911/141‑1 (MQ=255)
tAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAAATGATGATTGGATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACa < 2:447824/141‑1 (MQ=255)
tAACGCACAATAAGTAATAATAAACAGACAAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTATTAGCACGCCTATCCAATACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACa < 2:356362/141‑1 (MQ=255)
caATAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAAAAAAGATATCCTACATAAACTa > 1:689992/1‑141 (MQ=255)
aaTAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGGATGCAATTAATAGCGCGCCTATGAAAAACGCGAAAAGCCCACGTATTTTATGAAAATAAAAATATCCTCCATAAACTaa > 2:506354/1‑141 (MQ=255)
tAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAGAGGCCACGTATTCTATGAAAATAAAGATATCCTACATAAACGAATa > 2:289789/1‑141 (MQ=255)
tAAGTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACATAAACTAATa > 2:976623/1‑141 (MQ=255)
gTAATAATAAACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACATAAACTAATacac > 1:347775/1‑141 (MQ=255)
aataataaACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAACATAAAGATATCCTACATAAACTAATACACAt > 1:176162/1‑141 (MQ=255)
aataataaACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAACTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACATAACCTAATAcacaa > 2:564198/1‑140 (MQ=255)
aataaAAAAACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACATAAACTAATACACATccc < 2:810545/141‑1 (MQ=255)
ataaACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTGATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACATGAACTAATACACATGCCa > 2:661674/1‑141 (MQ=255)
ataaACAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACATAAACTAATACACATCCCa > 2:315754/1‑141 (MQ=255)
|
TATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGAACAAGATGATGATTGTATACTTATTAGACAATAATGTGAATGCAATTAATAGCGCGCCTATCCAAAACGCCAAAAGGCCACGTATTTTATGAAAATAAAGATATCCTACATAAACTAATACACATCCCA > USA300TCH1516_ALE/2028256‑2028529
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
