Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
35 |
102.1 |
2392160 |
96.4% |
2306042 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,125,066 |
G→C |
E729Q (GAG→CAG) |
cfiB_1 → |
2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,125,066 | 0 | G | C | 98.0%
| 332.2
/ NA
| 102 | E729Q (GAG→CAG) | cfiB_1 | 2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (39/60); total (40/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CTGAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTGAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1124929‑1125201
|
cTGAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCTCTTACGAATTGATTGGTCAGt > 2:688297/1‑141 (MQ=255)
ttaacGACCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGGCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGtt < 2:590106/137‑1 (MQ=255)
tGAGCGATAAATCATTTATACGTTAGGGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGtt < 2:731236/141‑1 (MQ=255)
gAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTa > 1:267969/1‑141 (MQ=255)
gAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGGTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATGGATTGGTGAGTTa > 2:895380/1‑141 (MQ=255)
aGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTaa > 2:1068998/1‑141 (MQ=255)
gATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTGTTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAAt > 2:421044/1‑141 (MQ=255)
aTCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCTATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATc < 1:829314/141‑1 (MQ=255)
aTCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATc < 1:1041953/141‑1 (MQ=255)
aaaCATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGc > 1:1077987/1‑141 (MQ=255)
aCATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTg < 2:1102818/141‑1 (MQ=255)
cATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGt < 2:1016420/141‑1 (MQ=255)
aCTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTa > 2:633483/1‑141 (MQ=255)
cTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTAc > 1:1006979/1‑141 (MQ=255)
tAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCaa < 1:974010/141‑1 (MQ=255)
agagTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAAt < 1:968492/141‑1 (MQ=255)
gagTATTATTGCAAACTAGCCAAAGAGTTAGAACGTTAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCATGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAAtt < 2:471938/141‑1 (MQ=255)
aagaattaaGTCAAACTAACTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTACCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCCCTTACGAATAGATTGGCCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAAtt < 2:404113/137‑1 (MQ=255)
gTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCa < 2:916943/141‑1 (MQ=255)
gTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCa < 2:172049/141‑1 (MQ=255)
ttatGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCt < 2:18260/141‑1 (MQ=255)
atGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTc < 1:560562/141‑1 (MQ=255)
tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGACTTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTca < 2:766635/141‑1 (MQ=255)
tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTca < 1:387800/141‑1 (MQ=255)
tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTca < 1:904901/141‑1 (MQ=255)
tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTca < 1:904933/141‑1 (MQ=255)
tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTAACAATTCATCTTca > 2:1119685/1‑141 (MQ=255)
tGTCAAACTAGCCAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGGCAGGTAAAATCAGCTGTCGATTTACCACTTCATCttac > 2:1027282/1‑139 (MQ=255)
gTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTATATTTACCAATTCATCTTcac > 1:211943/1‑141 (MQ=255)
gaaaCTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGGAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGGATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCGTTAGATTTACTTATTCATCTTCacac < 2:497474/140‑1 (MQ=255)
cAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:1159801/141‑1 (MQ=255)
cAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:1130544/141‑1 (MQ=255)
cAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:523008/141‑1 (MQ=255)
cAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATAGTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:622351/141‑1 (MQ=255)
aaaaCTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:622526/140‑1 (MQ=255)
aCTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATAATCTAGCTATTAAATATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCa < 1:920596/141‑1 (MQ=255)
gaGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTGCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATg < 1:244147/140‑1 (MQ=255)
aGCTAAAGAGTTAGACCGGGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGCTATGGCAGGCTTATTACAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGa < 1:237276/141‑1 (MQ=255)
aGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATGTTCACACTCATGa > 1:1078919/1‑141 (MQ=255)
aGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGa < 1:1087595/141‑1 (MQ=255)
cTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAGGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGGTGTGGATTTACCAGTTCTTCTTCGGACTCATGATa > 2:37939/1‑141 (MQ=255)
cTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATa > 1:506529/1‑141 (MQ=255)
cTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATa > 2:534675/1‑141 (MQ=255)
cTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACAAATTCATCTTCACACTCATGATa > 2:382359/1‑141 (MQ=255)
tAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATAc < 1:398175/141‑1 (MQ=255)
aaaGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACa < 1:196533/141‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCATTTCATCTTCACACTCATGATACaa < 1:766889/141‑1 (MQ=255)
agagTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAg < 2:1147751/141‑1 (MQ=255)
agtcaGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTg < 1:644082/137‑1 (MQ=255)
agTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTGAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCTATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTg < 1:773357/141‑1 (MQ=255)
agTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTg < 1:201154/141‑1 (MQ=255)
ttAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTggg > 1:104405/1‑140 (MQ=255)
ttAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGt > 1:1027783/1‑141 (MQ=255)
tAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTa > 1:219335/1‑141 (MQ=255)
tAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTa < 1:1068998/141‑1 (MQ=255)
agtaCGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCTCTTACGAATTGTTTGGTATTGTTTCGCCAGGTTTAGTTTTTACTATTCATCTTCACACTCCTCATACAAGTGTTaa < 2:545163/138‑1 (MQ=255)
gAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCCCACTCATGATACAAGTGGTAAt > 1:203122/1‑141 (MQ=255)
aCGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATgg > 1:1156236/1‑141 (MQ=255)
aCGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATgg < 1:1064300/141‑1 (MQ=255)
aCGTGAAGGGTTCCATATCTTAGCGATTAAATATAGGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCCGTAGATTTACCAATTCAGCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATgg < 1:279420/141‑1 (MQ=255)
aCGTGAAGATTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATgg < 1:1064349/141‑1 (MQ=255)
cGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAAtcat > 2:293032/1‑138 (MQ=255)
cGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGt > 2:622987/1‑141 (MQ=255)
cGTGAAGGCTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGt < 1:71232/141‑1 (MQ=255)
ggagggTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGttt < 2:115399/137‑1 (MQ=255)
gAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTtta > 1:674342/1‑141 (MQ=255)
ggTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGtttcaca > 2:293781/1‑137 (MQ=255)
gTTTCCATATTTTTGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTaa > 2:377006/1‑141 (MQ=255)
ttCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGTGTATTAAAACCTATAGTCGTTTACGAATTGATTGGGCAGGTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACCCATAATACCAGTGGTAATGGTTTATTAACa < 2:77363/141‑1 (MQ=255)
tCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACAt < 1:633483/141‑1 (MQ=255)
cATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCACCTTAACACTCATGATACAACTGGTAATGGTGTATTTACaaaa > 1:1045643/1‑138 (MQ=255)
tAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGATTTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGa < 2:965354/141‑1 (MQ=255)
aggagtGGCAGGGAAATTAAAACCTAAGTCCGCCTACGAATAGATTGGGCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTAGCAATTCATCTTCACACTCAGGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATGGATGc < 2:48594/136‑1 (MQ=255)
aGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCAGGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGc < 2:393208/141‑1 (MQ=255)
aatatGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCATACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCt < 1:794129/140‑1 (MQ=255)
aatacGGCAGGCATAATAAAACCCAAAGCCGCTTACGAAGTGATTGTTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCAACATCACACTCATTATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCt < 2:279463/140‑1 (MQ=255)
atatGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACACGCAATAGATGCTg > 1:88678/1‑141 (MQ=255)
tatGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACCAACACGCAATAGATGCTgg < 1:658082/141‑1 (MQ=255)
gggCTTATTACACCCTAAAGCCGCCTACGATTTGATTGGTCAGTTAAGATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGa < 2:339472/140‑1 (MQ=255)
gggCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACTAATTTATGTGTCAGTTAAAATTAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACCAACAATCAATAGATGCTGGTGCCGa < 2:837259/140‑1 (MQ=255)
tattaAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCa > 2:215477/1‑141 (MQ=255)
ccgaaaGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCAACTTCACACTCATGATACAAGGGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATAct < 1:344228/138‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATAct > 1:590747/1‑141 (MQ=255)
ccTAAAGACGCTTACGAATTGAGTGGTCAGTCAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATAct < 1:430370/141‑1 (MQ=255)
cTAAAGCCGCTGACTAATTGATTGGTCTGTTAAACTCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATActg < 2:897083/141‑1 (MQ=255)
tAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATActgc > 2:1138399/1‑141 (MQ=255)
tAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGAATTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATTCTGGTGTCGATATCATTGATActgc < 2:535673/141‑1 (MQ=255)
aaGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTTTCGCTATCATTGATActgcgg > 2:67341/1‑139 (MQ=255)
aaGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATActgctg < 2:527672/141‑1 (MQ=255)
gCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATGGATACGGCTGtt > 2:385292/1‑141 (MQ=255)
ccGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCAGTTg > 1:189956/1‑141 (MQ=255)
aCGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATGTCATTGATACTGATGTTGCTTCaa > 2:171947/1‑141 (MQ=255)
aCGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCaa > 2:404101/1‑141 (MQ=255)
aCGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCaa < 1:1110747/141‑1 (MQ=255)
aCGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACAATCATAATAAAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGGAATAGATGCTGGTGTCGGTGTCATTGATTCTGCCCTTGCGTCaa > 2:1095591/1‑141 (MQ=255)
atttattgGTCAGTTAAAATCATCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCAGGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAg < 2:715473/141‑1 (MQ=255)
ttgattgGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGt < 2:19636/141‑1 (MQ=255)
tagactgGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGt < 1:406449/136‑1 (MQ=255)
ttgGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGTGGtt > 1:688794/1‑141 (MQ=255)
ttgGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATAAAGGCCCTAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACGGCTGTTGCTTCAAAGAGTGGtt > 1:1171911/1‑141 (MQ=255)
|
CTGAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTGAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1124929‑1125201
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
